Locus 7852

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 19,561,411 – 19,561,544
Length 133
Max. P 0.920256
window12874 window12875 window12876

overview

Window 4

Location 19,561,411 – 19,561,508
Length 97
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.62
Mean single sequence MFE -30.77
Consensus MFE -16.43
Energy contribution -17.69
Covariance contribution 1.25
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.76
SVM RNA-class probability 0.843721
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19561411 97 + 22224390
UAUGUACCACACCACA--UGGCA---GUGAGGUGGUCGGGUCGUCGGGGUGCUACCAUGCACAACUGUACAUUUUAGGCACC-------AUCACCCCCACACUCGCAAC
(((((........)))--))...---(((((((((..((((.(....((((((...(((.((....)).)))....))))))-------..))))))))).)))))... ( -31.40)
>DroPse_CAF1 28189 93 + 1
AACACCUCU----GUG---GGUAAGUGUGGGGUG-----UGUGUGAGAGUGCGGGUGUGCACACCUGUACAUUUUAUACACUUAAUAUCAUCGCACGCACACACA----
.........----(((---.((..((((((((((-----((((((((((((((((((....))))))))).)))))))))).....))).))))))..)).))).---- ( -37.70)
>DroSec_CAF1 25262 96 + 1
UAUGUACCACACAACC---GGGA---GUGAGGUGGUCGGGUCGUCGGGGUGCUACCAUGCACAACUGUACAUUUUAGGCACC-------AUCACCCCCACACUCGCAAC
......((........---))..---(((((((((..((((.(....((((((...(((.((....)).)))....))))))-------..))))))))).)))))... ( -31.00)
>DroSim_CAF1 21873 99 + 1
UAUGUACCAAACAACCAGUGGCA---GUGAGGUGGUCGGGUCGUCGGGGUGCUACCAUGCACAACUGUACAUUUUAGGCACC-------AUCACCCCCACACUCGCAAC
......(((.........)))..---(((((((((..((((.(....((((((...(((.((....)).)))....))))))-------..))))))))).)))))... ( -30.20)
>DroEre_CAF1 25010 88 + 1
UACAUCCCA----UCC---GGCA-------GGUGGUCGGGGUGUCGGGGUGCUAGCAUGCACAACUGUACAUUUUAAUCACC-------AUCACCCCCACACUCGCAAC
.........----...---.((.-------.(((...((((((....((((.(((.(((.((....)).))).)))..))))-------..))))))..)))..))... ( -27.60)
>DroYak_CAF1 24328 92 + 1
UACAUCCCA----UCC---GGCA---GUGAGGUGGUCGCGGCGUCGGGGUGCUACCAUGCACAACUGUACAUUUUAGGCACC-------AUCACCCCCACACUCGCAAC
.........----...---....---(((((((((....((.((...((((((...(((.((....)).)))....))))))-------...)))))))).)))))... ( -26.70)
>consensus
UACAUACCA____ACC___GGCA___GUGAGGUGGUCGGGGCGUCGGGGUGCUACCAUGCACAACUGUACAUUUUAGGCACC_______AUCACCCCCACACUCGCAAC
..........................(((((((((..(((.......((((((...(((.((....)).)))....))))))...........))))))).)))))... (-16.43 = -17.69 +   1.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 19,561,411 – 19,561,508
Length 97
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.62
Mean single sequence MFE -35.34
Consensus MFE -18.87
Energy contribution -19.82
Covariance contribution 0.95
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 1.13
SVM RNA-class probability 0.920256
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19561411 97 - 22224390
GUUGCGAGUGUGGGGGUGAU-------GGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGACCCGACCACCUCAC---UGCCA--UGUGGUGUGGUACAUA
....((.((((.((((((..-------..((((....((((((....)))))))))).)))))).)).)).))(((((.((((---.....--.)))).)))))..... ( -37.90)
>DroPse_CAF1 28189 93 - 1
----UGUGUGUGCGUGCGAUGAUAUUAAGUGUAUAAAAUGUACAGGUGUGCACACCCGCACUCUCACACA-----CACCCCACACUUACC---CAC----AGAGGUGUU
----((((((((.(((((...........(((((.....)))))((((....)))))))))...))))))-----))....((((((...---...----..)))))). ( -30.60)
>DroSec_CAF1 25262 96 - 1
GUUGCGAGUGUGGGGGUGAU-------GGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGACCCGACCACCUCAC---UCCC---GGUUGUGUGGUACAUA
((((.(..(((.((((((..-------..((((....((((((....)))))))))).)))))).)))..))))).(((.(((---....---....))).)))..... ( -35.30)
>DroSim_CAF1 21873 99 - 1
GUUGCGAGUGUGGGGGUGAU-------GGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGACCCGACCACCUCAC---UGCCACUGGUUGUUUGGUACAUA
((((.(..(((.((((((..-------..((((....((((((....)))))))))).)))))).)))..))))).(((..((---.(((...))).))..)))..... ( -34.30)
>DroEre_CAF1 25010 88 - 1
GUUGCGAGUGUGGGGGUGAU-------GGUGAUUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGCUAGCACCCCGACACCCCGACCACC-------UGCC---GGA----UGGGAUGUA
..((((.((((.((((((.(-------(((.......((((((....)))))))))).)))))).))))((((.((...-------....---)).----)))).)))) ( -34.51)
>DroYak_CAF1 24328 92 - 1
GUUGCGAGUGUGGGGGUGAU-------GGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGCCGCGACCACCUCAC---UGCC---GGA----UGGGAUGUA
((((((.((((.((((((..-------..((((....((((((....)))))))))).)))))).))))))))))((.(((((---....---.).----)))).)).. ( -39.40)
>consensus
GUUGCGAGUGUGGGGGUGAU_______GGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGACCCGACCACCUCAC___UGCC___GGU____UGGGACAUA
.....(((.((((..............((((.(((..((((((....))))))..)))))))............)))))))............................ (-18.87 = -19.82 +   0.95)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 19,561,446 – 19,561,544
Length 98
Sequences 5
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.03
Mean single sequence MFE -33.72
Consensus MFE -28.28
Energy contribution -28.04
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.827794
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19561446 98 - 22224390
GUCUCUGGUAUUGGAGCGUGUCAGUGAGUGAGUGCGGUUGCGAGUGUGGGGGUGAUGGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGA
(((((...((((((......))))))...))).)).........(((.((((((....((((....((((((....)))))))))).)))))).))). ( -31.20)
>DroSec_CAF1 25296 98 - 1
GUCUCUGGCAUUGGAGCGUGUCGGUGAGUGAGUGCGGUUGCGAGUGUGGGGGUGAUGGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGA
.((.(((((((......))))))).)).....(((....)))..(((.((((((....((((....((((((....)))))))))).)))))).))). ( -33.90)
>DroSim_CAF1 21910 98 - 1
GUCGCUGGCAUUGGAGCGUGUCGGUGAGUGAGUGCGGUUGCGAGUGUGGGGGUGAUGGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGA
.((((((((((......)))))))))).....(((....)))..(((.((((((....((((....((((((....)))))))))).)))))).))). ( -37.50)
>DroEre_CAF1 25036 94 - 1
GUCUCUGGCAUUGGAGCGUGU----GAGUGAGUGUGGUUGCGAGUGUGGGGGUGAUGGUGAUUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGCUAGCACCCCGACAC
.((.((.((((......))))----.)).))............((((.((((((.((((.......((((((....)))))))))).)))))).)))) ( -32.31)
>DroYak_CAF1 24358 94 - 1
AUCUCUGGCAUUGGAGCGUGU----GGGUGAGUGCGGUUGCGAGUGUGGGGGUGAUGGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGC
.((.((.((((......))))----.)).)).(((....))).((((.((((((....((((....((((((....)))))))))).)))))).)))) ( -33.70)
>consensus
GUCUCUGGCAUUGGAGCGUGUC_GUGAGUGAGUGCGGUUGCGAGUGUGGGGGUGAUGGUGCCUAAAAUGUACAGUUGUGCAUGGUAGCACCCCGACGA
((..(((.((((.(..(........)..).)))))))..))...(((.((((((....((((....((((((....)))))))))).)))))).))). (-28.28 = -28.04 +  -0.24)

alignment

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