Locus 7845

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,549,109 – 19,549,200
Length	91
Max. P	0.999889

overview

Window 1

Location	19,549,109 – 19,549,200
Length	91
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.47
Mean single sequence MFE	-26.40
Consensus MFE	-26.44
Energy contribution	-26.44
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.80
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	4.40
SVM RNA-class probability	0.999889
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19549109 91 + 22224390
UGCAGAUACAGCCACAGAUACGUACACUUAUUUUGGAUUACAAAUAGAAUACGAUCGUUGCCAGAGCAUGCG-UUGCUACGACUGUAUCUGU
.((((((((((.(...(((.((((..((...((((.....)))).))..)))))))........((((....-.))))..).)))))))))) ( -26.40)
>DroSec_CAF1 12702 91 + 1
UGCAGAUACAGCCACAGAUACGUACACUUAUUUUGGAUUACAAAUAGAAUACGAUCGUUGCCAGAGCAUGCG-UUGCUACGACUGUAUCUGU
.((((((((((.(...(((.((((..((...((((.....)))).))..)))))))........((((....-.))))..).)))))))))) ( -26.40)
>DroSim_CAF1 13638 91 + 1
UGCAGAUACAGCCACAGAUACGUACACUUAUUUUGGAUUACAAAUAGAAUACGAUCGUUGCCAGAGCAUGCG-UUGCUACGACUGUAUCUGU
.((((((((((.(...(((.((((..((...((((.....)))).))..)))))))........((((....-.))))..).)))))))))) ( -26.40)
>DroEre_CAF1 12654 91 + 1
UGCAGAUACAGCCACAGAUACGUACACUUAUUUUGGAUUACAAAUAGAAUACGAUCGUUGCCAGAGCAUACG-UUGCUACGACUGUAUCUGU
.((((((((((.(...(((.((((..((...((((.....)))).))..)))))))........((((....-.))))..).)))))))))) ( -26.40)
>DroYak_CAF1 12339 92 + 1
UGCAGAUACAGCCACAGAUACGUACACUUAUUUUGGAUUACAAAUAGAAUACGAUCGUUGCCAGAGCAUACGACUGCUACGACUGUAUCUGU
.(((((((((((..(((...((((..((...((((.....)))).))..)))).(((((((....))).)))))))....).)))))))))) ( -26.40)
>consensus
UGCAGAUACAGCCACAGAUACGUACACUUAUUUUGGAUUACAAAUAGAAUACGAUCGUUGCCAGAGCAUGCG_UUGCUACGACUGUAUCUGU
.((((((((((.(...(((.((((..((...((((.....)))).))..)))))))........((((......))))..).)))))))))) (-26.44 = -26.44 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	19,549,109 – 19,549,200
Length	91
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.47
Mean single sequence MFE	-29.84
Consensus MFE	-28.86
Energy contribution	-28.86
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.67
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	4.36
SVM RNA-class probability	0.999881
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19549109 91 - 22224390
ACAGAUACAGUCGUAGCAA-CGCAUGCUCUGGCAACGAUCGUAUUCUAUUUGUAAUCCAAAAUAAGUGUACGUAUCUGUGGCUGUAUCUGCA
.((((((((((((.((((.-....))))).(....)((((((((.((((((........)))).)).))))).)))...))))))))))).. ( -28.50)
>DroSec_CAF1 12702 91 - 1
ACAGAUACAGUCGUAGCAA-CGCAUGCUCUGGCAACGAUCGUAUUCUAUUUGUAAUCCAAAAUAAGUGUACGUAUCUGUGGCUGUAUCUGCA
.((((((((((((.((((.-....))))).(....)((((((((.((((((........)))).)).))))).)))...))))))))))).. ( -28.50)
>DroSim_CAF1 13638 91 - 1
ACAGAUACAGUCGUAGCAA-CGCAUGCUCUGGCAACGAUCGUAUUCUAUUUGUAAUCCAAAAUAAGUGUACGUAUCUGUGGCUGUAUCUGCA
.((((((((((((.((((.-....))))).(....)((((((((.((((((........)))).)).))))).)))...))))))))))).. ( -28.50)
>DroEre_CAF1 12654 91 - 1
ACAGAUACAGUCGUAGCAA-CGUAUGCUCUGGCAACGAUCGUAUUCUAUUUGUAAUCCAAAAUAAGUGUACGUAUCUGUGGCUGUAUCUGCA
.(((((((((((((((..(-((((((((..(....)(((..((.......))..))).......)))))))))..))))))))))))))).. ( -32.00)
>DroYak_CAF1 12339 92 - 1
ACAGAUACAGUCGUAGCAGUCGUAUGCUCUGGCAACGAUCGUAUUCUAUUUGUAAUCCAAAAUAAGUGUACGUAUCUGUGGCUGUAUCUGCA
.(((((((((((((((..(((((.(((....))))))))(((((.((((((........)))).)).)))))...))))))))))))))).. ( -31.70)
>consensus
ACAGAUACAGUCGUAGCAA_CGCAUGCUCUGGCAACGAUCGUAUUCUAUUUGUAAUCCAAAAUAAGUGUACGUAUCUGUGGCUGUAUCUGCA
.((((((((((((.((((......))))).(....)((((((((.((((((........)))).)).))))).)))...))))))))))).. (-28.86 = -28.86 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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