Locus 7830

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 19,507,239 – 19,507,358
Length 119
Max. P 0.609797
window12842

overview

Window 2

Location 19,507,239 – 19,507,358
Length 119
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.34
Mean single sequence MFE -44.18
Consensus MFE -35.32
Energy contribution -35.40
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.609797
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19507239 119 + 22224390
UAAAUCCGUCGAUCCCGGAUGUCGCUCAGUCUGGGCACCUCCAGCUGGCUGCUCUCCAGCGAUCGACCGACGACAUUGCUGCUCCACACAGACACUGUGGCCGGUUGCGUGUCAUCCCA
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>DroSec_CAF1 668 119 + 1
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>DroSim_CAF1 2151 119 + 1
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................(((((((((((.....))))..((.((((((((.......((((((.((((....)))))))))).....(((((...))))))))))))))).))))))).. ( -49.60)
>DroEre_CAF1 1076 119 + 1
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>DroYak_CAF1 671 119 + 1
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>consensus
UAAAUCCGUCGAUCCCGGAUGGCGCUCAGUCUGGGCACCUCCAGCUGGCUGCUCUCCAGCGAUCGACCCACGACGUUGCUGCUCCACACAGACACUGUGGCCGGUUGCGUGUCAUCCCA
................(((((((((.(((.((((.(((......(((..((.....(((((((((.....)))..))))))...))..))).....))).))))))).))))))))).. (-35.32 = -35.40 +   0.08)

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