Locus 7816

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 19,481,818 – 19,481,938
Length 120
Max. P 0.708844
window12821

overview

Window 1

Location 19,481,818 – 19,481,938
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.92
Mean single sequence MFE -52.02
Consensus MFE -42.88
Energy contribution -44.32
Covariance contribution 1.44
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.708844
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19481818 120 - 22224390
CACGGCCUUUACCGCCGUCCUGCAGGGCAUGCAGGUGCACGGUCAGCACGAGGCCAACCAAUCGGGCCUGGUGACGCUGGGCGUGCAGUUCUACGAGCUGCUCCGUCCGCAGUUCCCCAU
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>DroSec_CAF1 3801 120 - 1
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>DroSim_CAF1 3865 120 - 1
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>DroEre_CAF1 3484 120 - 1
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>DroYak_CAF1 3039 120 - 1
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>consensus
CACUGCCUUCACCGCCGUCCUGCAGGGCAUGCAGGUGCACGGUCAGCACGAGGCCAACCAAUCGGGCCUGGUGACGCUGGGCGUGCAGUUCUACGAGCUGCUGCGUCCGCAGUUCCCCAU
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alignment

Postscript

secondary structure

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