Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,159,226 – 2,159,319 |
Length | 93 |
Max. P | 0.997744 |
Location | 2,159,226 – 2,159,319 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.10 |
Mean single sequence MFE | -24.96 |
Consensus MFE | -24.73 |
Energy contribution | -24.46 |
Covariance contribution | -0.28 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 2.92 |
SVM RNA-class probability | 0.997744 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2159226 93 - 22224390 AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG .(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -25.30) >DroSec_CAF1 39577 93 - 1 AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUUAAGGUUGUGUAU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG .(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -23.10) >DroSim_CAF1 37263 93 - 1 AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG .(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -25.30) >DroEre_CAF1 40689 100 - 1 AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUUUUUUUUUUUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG .(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((................)))))))))).))))))))))........ ( -24.69) >DroYak_CAF1 42226 93 - 1 AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG .(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -25.30) >DroAna_CAF1 46468 93 - 1 AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAAAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCAGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAUUGUCCG .(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -26.10) >consensus AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU_______AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG .(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((................)))))))))).))))))))))........ (-24.73 = -24.46 + -0.28)
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