Locus 7798

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,435,174 – 19,435,318
Length	144
Max. P	0.939470

overview

Window 3

Location	19,435,174 – 19,435,294
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.56
Mean single sequence MFE	-39.59
Consensus MFE	-27.72
Energy contribution	-27.95
Covariance contribution	0.23
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939470
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19435174 120 + 22224390
UUAGCUGGCUGUCCAGCUUCUUCACGCGCUUCAAGUACUCCGGAUGCACCAGCUGGCCCAGUUCCUCCAUCUGCUUCUGCAGGUUGAACAGCUUGUGCUGGUACAUUCUACGGCAGUGAA
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>DroVir_CAF1 12870 120 + 1
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>DroPse_CAF1 22057 120 + 1
UCAGCUGGUUGUCCAGCUUCUUAACUCGUUUUAUAUACUCUGGAUGGAUGAGCUGAUUCAGUUCCUCCAUUUGCUUUUGCAGAUUGAGAAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGUGGAAAAGGG
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>DroGri_CAF1 7203 120 + 1
UCAGCUGGUUGUCCAGCUUGCGCAAACGCUUCAUAUACUCCGGGUGCAUUAGCUGAUUCAGCUCCUCCAGCUGCUUCUGCAGAUUGAUCAGUUUGUGCUGGUACAUUCUGCAAAAACGCA
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>DroEre_CAF1 6207 120 + 1
UCAGCUGGUUGUCCAGCUUCUUCACGCGCUUUAUGUACUCCGGGUGCACCAGCUGGCUUAGUUCUUCCAUCUGCUUCUGCAGGUUCAGCAGCUUGUGCUGAUACAUUCUGCGGGAGUUAA
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>DroPer_CAF1 24125 120 + 1
UCAGCUGGUUGUCCAGCUUCUUAACGCGUUUUAUAUACUCUGGAUGGAUGAGCUGAUUCAGUUCCUCCAUUUGCUUUUGCAGAUUGAGAAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGUGGAAAAGGG
..((((((....))))))...................(((((((((((.((((((...)))))).)))))))..(((..((((.((...(((....)))....)).))))..))).)))) ( -38.50)
>consensus
UCAGCUGGUUGUCCAGCUUCUUCACGCGCUUCAUAUACUCCGGAUGCAUCAGCUGAUUCAGUUCCUCCAUCUGCUUCUGCAGAUUGAGCAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGCGGAAAAGAA
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	19,435,214 – 19,435,318
Length	104
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.83
Mean single sequence MFE	-33.35
Consensus MFE	-25.83
Energy contribution	-25.45
Covariance contribution	-0.38
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.14
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.51
SVM RNA-class probability	0.763470
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19435214 104 + 22224390
CGGAUGCACCAGCUGGCCCAGUUCCUCCAUCUGCUUCUGCAGGUUGAACAGCUUGUGCUGGUACAUUCUACGGCAGUGAAAUGAUUAUGGAUCGA--AGAUAGG--AG
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>DroSec_CAF1 2842 104 + 1
CGGGUGCACCAGCUGGCCCAGUUCCUCAAUCUGCUUCUGCAGAUUGAGCAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGCGGCAGAGAAAUGAUGAUGGAUCGA--AGAUAGG--AG
.(((((.((((((....(.((((.((((((((((....)))))))))).)))).).)))))).))))).............((((.....)))).--.......--.. ( -35.00)
>DroSim_CAF1 3194 104 + 1
CGGGUGCACCAGCUGGCCCAGUUCCUCAAUCUGCUUCUGCAGGUUGAGCAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGCGGCAGAGAAAUGAUGAUGGAUCGA--AGAUGGG--AG
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>DroEre_CAF1 6247 106 + 1
CGGGUGCACCAGCUGGCUUAGUUCUUCCAUCUGCUUCUGCAGGUUCAGCAGCUUGUGCUGAUACAUUCUGCGGGAGUUAAAUGACAAUGAGAGGCAGAAGUAAG--AA
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>DroYak_CAF1 3970 101 + 1
CGGGUGCACCAGUUGGCCCAGUUCCUCCAUCUGCUUCUGCAGGUUCAGCAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGCGGGAGUGAAAUUAUUUUGAUA-----AAGUAGG--AA
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>DroPer_CAF1 24165 105 + 1
UGGAUGGAUGAGCUGAUUCAGUUCCUCCAUUUGCUUUUGCAGAUUGAGAAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGUGGAAAAGGGAA---CACAGAAGGCGUAAGCAAUUUCA
.(((((((.((((((...)))))).)))))))((....))....(((((.(((((((((......(((((((..........---))))))))))))))))..))))) ( -33.70)
>consensus
CGGGUGCACCAGCUGGCCCAGUUCCUCCAUCUGCUUCUGCAGGUUGAGCAGCUUGUGCUGGUACAUUCUGCGGCAGAGAAAUGAUGAUGGAACGA__AAAUAGG__AA
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alignment

secondary structure

dotplot

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