Locus 7789

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,392,957 – 19,393,057
Length	100
Max. P	0.997411

overview

Window 9

Location	19,392,957 – 19,393,057
Length	100
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	67.78
Mean single sequence MFE	-32.35
Consensus MFE	-18.44
Energy contribution	-17.58
Covariance contribution	-0.86
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-3.51
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	2.85
SVM RNA-class probability	0.997411
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19392957 100 + 22224390
-ACG-A-AUCAACAAACAAGGUAUGCUUUAGAUAACUCGAAUAUCACAUCUUCA---GUG-UUCGAAAUCUGAUGAGAUA-UUCACGUUGUCUAAAUCAUGUU-UUGU-A
-...-.-........((((..((((.((((((((((..(((((((.((((....---...-..........)))).))))-)))..)))))))))).))))..-))))-. ( -30.63)
>DroSec_CAF1 26110 99 + 1
GAAA-A-UUCAUC--CCAAGGUAUGGUUUAGAUAACUCGAAUAUCACAUCUUCA---GUG-UUCGAUAUCUGGUGAGAUA-UUCACGUUGUCUAAACCAUGGU-UUGU-U
....-.-......--.((((.(((((((((((((((..(((((((.((((....---...-..........)))).))))-)))..))))))))))))))).)-))).-. ( -34.73)
>DroEre_CAF1 24689 101 + 1
CAGA-A-UUCAAC--CCAAGGUAUGGCCUAGAUAACUCGGGUAUCACAUCUUUAU--GCA-UUCGAUAUCUGGUGAGAUAAUUCACGUUGUCUAAACCAUGUU-UUGU-A
....-.-......--.(((..(((((..((((((((.((((((((..........--...-...))))))))(((((....)))))))))))))..)))))..-))).-. ( -29.29)
>DroYak_CAF1 24036 100 + 1
CAGA-G-UUCACC--CCAAGGUAUGGCCUAGAUAACACGGGUAUCACAUCUUUAU--GCA-UUCGAUAUCUGGUGAGAUA-UUCACGUUGUCUAAACCAUGUU-UUGU-A
....-.-......--.(((..(((((..((((((((.((((((((..........--...-...))))))))(((((...-)))))))))))))..)))))..-))).-. ( -29.79)
>DroMoj_CAF1 32524 99 + 1
---UUGUUCUGGC--CCA--GCCCGGUUCCGAUUGCGCGGACAUCUCAUCGUCUG-ACCA-UUCGAUAACCGAUGAGAUA-UUCACGUUAUCGAGACUGCGACAGCGGC-
---........((--((.--.(.((((..((((.(((.(((.(((((((((..((-.(..-...).))..))))))))).-))).))).))))..)))).)...).)))- ( -32.30)
>DroAna_CAF1 37408 100 + 1
-ACG-C-GU--ACCGCCGAGGUUCGGCCUCGAUCACGAGAACGUCGCAUCUUAGUU-ACAUUUCC--AUAUGAUGAGAUA-UUCACGUCGUCGAAACCGUGUC-UCGGCU
-...-.-..--...(((((((..(((..(((((.(((.(((..((.((((......-........--....)))).))..-))).))).)))))..)))..))-))))). ( -37.37)
>consensus
_ACA_A_UUCAAC__CCAAGGUAUGGCCUAGAUAACUCGAAUAUCACAUCUUCAU__GCA_UUCGAUAUCUGAUGAGAUA_UUCACGUUGUCUAAACCAUGUU_UUGU_A
................(((..(((((..((((((((..(((((((.((((.....................)))).)))).)))..))))))))..)))))...)))... (-18.44 = -17.58 +  -0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	19,392,957 – 19,393,057
Length	100
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	67.78
Mean single sequence MFE	-28.88
Consensus MFE	-14.78
Energy contribution	-14.84
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	2.20
SVM RNA-class probability	0.990122
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19392957 100 - 22224390
U-ACAA-AACAUGAUUUAGACAACGUGAA-UAUCUCAUCAGAUUUCGAA-CAC---UGAAGAUGUGAUAUUCGAGUUAUCUAAAGCAUACCUUGUUUGUUGAU-U-CGU-
.-((((-...(((.((((((.(((.((((-((((.((((....((((..-...---)))))))).)))))))).))).)))))).)))...))))........-.-...- ( -23.60)
>DroSec_CAF1 26110 99 - 1
A-ACAA-ACCAUGGUUUAGACAACGUGAA-UAUCUCACCAGAUAUCGAA-CAC---UGAAGAUGUGAUAUUCGAGUUAUCUAAACCAUACCUUGG--GAUGAA-U-UUUC
.-.((.-.((((((((((((.(((.((((-((((.((.(((........-..)---))....)).)))))))).))).))))))))).....)))--..))..-.-.... ( -27.30)
>DroEre_CAF1 24689 101 - 1
U-ACAA-AACAUGGUUUAGACAACGUGAAUUAUCUCACCAGAUAUCGAA-UGC--AUAAAGAUGUGAUACCCGAGUUAUCUAGGCCAUACCUUGG--GUUGAA-U-UCUG
.-.(((-..(((((((((((.(((((((......))))......(((..-..(--(((....)))).....)))))).))))))))).....)).--.)))..-.-.... ( -22.00)
>DroYak_CAF1 24036 100 - 1
U-ACAA-AACAUGGUUUAGACAACGUGAA-UAUCUCACCAGAUAUCGAA-UGC--AUAAAGAUGUGAUACCCGUGUUAUCUAGGCCAUACCUUGG--GGUGAA-C-UCUG
.-....-...((((((((((.(((((((.-....))))...(((((...-...--.....))))).........))).)))))))))).....((--((....-)-))). ( -23.60)
>DroMoj_CAF1 32524 99 - 1
-GCCGCUGUCGCAGUCUCGAUAACGUGAA-UAUCUCAUCGGUUAUCGAA-UGGU-CAGACGAUGAGAUGUCCGCGCAAUCGGAACCGGGC--UGG--GCCAGAACAA---
-(((.(.(((.(.((..((((..((((.(-((((((((((...(((...-.)))-....))))))))))).))))..))))..)).))))--.))--))........--- ( -36.70)
>DroAna_CAF1 37408 100 - 1
AGCCGA-GACACGGUUUCGACGACGUGAA-UAUCUCAUCAUAU--GGAAAUGU-AACUAAGAUGCGACGUUCUCGUGAUCGAGGCCGAACCUCGGCGGU--AC-G-CGU-
.(((((-(...(((((((((..(((.(((-..((.((((((((--....))))-......)))).))..))).)))..)))))))))...))))))...--..-.-...- ( -40.10)
>consensus
U_ACAA_AACAUGGUUUAGACAACGUGAA_UAUCUCACCAGAUAUCGAA_UGC__AUGAAGAUGUGAUAUCCGAGUUAUCUAAACCAUACCUUGG__GUUGAA_U_UCU_
...(((....((((((((((.(((((((......))))...(((((..............))))).........))).))))))))))...)))................ (-14.78 = -14.84 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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