Locus 7787

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 19,392,684 – 19,392,786
Length 102
Max. P 0.995668
window12776

overview

Window 6

Location 19,392,684 – 19,392,786
Length 102
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.78
Mean single sequence MFE -30.04
Consensus MFE -19.02
Energy contribution -19.00
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.54
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 2.60
SVM RNA-class probability 0.995668
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19392684 102 + 22224390
--CAAUAUUGAAUUUUUGAUUUUAAACACUUCCUACAUCCUGUAUGUGUUUUG-C---AUCCGGUAC-AGAUGUGGGAGUCGUUUGCACUCAGAGAUUUCACAGA--AUUC-------
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>DroVir_CAF1 40909 115 + 1
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>DroSec_CAF1 25857 102 + 1
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>DroEre_CAF1 24386 102 + 1
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>DroYak_CAF1 23718 102 + 1
--CAAUAUUGAAUUCUUGACUUUAAACACUGCCUACAUACUGUAUGUGUUUUG-C---ACCCGAUAC-AGAUGUGGGGGUCGUUUGCAAUCAGAGAUUCCGCAGG--CUAC-------
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>DroAna_CAF1 37162 108 + 1
--CGACAAUGAAUAUUUGAUUUUAAACACUACCUACAUCCAGUAUGUUACUUGAC---UCCCAAUAC-GGAUGUGGAGGGCGUUUACACUCAGAGAUUCUGGAGCCACUGCCGU----
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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