Locus 7759

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 19,308,322 – 19,308,442
Length 120
Max. P 0.723380
window12738

overview

Window 8

Location 19,308,322 – 19,308,442
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.67
Mean single sequence MFE -53.02
Consensus MFE -29.15
Energy contribution -27.79
Covariance contribution -1.35
Combinations/Pair 1.49
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.723380
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19308322 120 - 22224390
UACAGCUGCUUGGCCGAACAGCAGUGGACGACGGCCAUGGAUGCGACUCUACGGGCAGAGCCAUGGCAGUGUACGCGCUGCGAUUUCGAGCUGGAGGAGUUCGAUGUGCUGGAGCAGCUG
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>DroVir_CAF1 1790 120 - 1
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>DroGri_CAF1 2370 120 - 1
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>DroEre_CAF1 217 120 - 1
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>DroYak_CAF1 235 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 1352 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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