Locus 7750

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,282,168 – 19,282,278
Length	110
Max. P	0.879399

overview

Window 3

Location	19,282,168 – 19,282,278
Length	110
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.55
Mean single sequence MFE	-36.47
Consensus MFE	-24.40
Energy contribution	-26.02
Covariance contribution	1.62
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.81
SVM RNA-class probability	0.856292
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19282168 110 + 22224390
GU--CGCUCUCUUGAUGGCACUUUGCAUGCAAAUUGUGUUCUAUUUGCAUACUUUUUUGCA-GCACCGGGAUGCAUAUGCAUGUACGCCGUGCAGACAGCAGAC---AGUGCACGG
((--((((.(((..(((((....((((((((...((((((((..(((((........))))-)....))))))))..)))))))).)))))..))).))).)))---......... ( -37.20)
>DroPse_CAF1 95530 110 + 1
GGCCUGCUCCCUUGGAGGCACUUUGCCUGCAAAUUGCACUCAAUUUGCAUACUU-UUCGCAUGCACUAUGCUGCCUUUCCAGGUGC-CGGUGCCGGUGCCGGG-GCUGGUGCU---
.(((.(((((..(((((((.....)))(((((((((....))))))))).....-...(((.((.....)))))...))))((..(-((....)))..)))))-)).)))...--- ( -47.10)
>DroSec_CAF1 61273 105 + 1
GU--CGCUCUCUUGAUGGCACUUUGCAUGCAAAUUGUGUUCUAUUUGCAUACUU-UUUGCA-GCACUGGGAUGCAUAUGCAUGUACGCCAUGCAGACAGC-------CGUGCACUG
..--.(((.(((..(((((....((((((((...(((((((((.(((((.....-..))))-)...)))))))))..)))))))).)))))..))).)))-------......... ( -34.80)
>DroSim_CAF1 65564 105 + 1
GU--CGCUCUCUUGAUGGCACUUUGCAUGCAAAUUGUGUUCUAUUUGCAUUCUU-UUUGCA-GCACUGGGAUGCAUAUGCAUGUACGCCGUGCAGACAGC-------CGUGCACUG
..--.(((.(((..(((((....((((((((...(((((((((.(((((.....-..))))-)...)))))))))..)))))))).)))))..))).)))-------......... ( -34.40)
>DroEre_CAF1 57846 93 + 1
GU--CGCUCUCUUGAUGGCACUUUGCAUGCAAAUUGUGUUCUAUUUGCAUACUU-UUUGCA-GCACUGGGAUGCAUAUGCAUGUACGCCGU-------------------GCACGG
((--(((((....)).(((....((((((((...(((((((((.(((((.....-..))))-)...)))))))))..)))))))).)))))-------------------).)).. ( -28.90)
>DroYak_CAF1 62191 105 + 1
GU--CGCUCUCUUGAUGGCACUUUGCAUGCAAAUUGUGUUCUAUUUGCAUACUU-UUUGCA-GCACUGGGAUGCAUAUGCAUGUACGCCGUGCAGACAGU-------CGUGCACGG
((--((.((....))))))....((((((((...(((((((((.(((((.....-..))))-)...)))))))))..))))))))..((((((((.....-------).))))))) ( -36.40)
>consensus
GU__CGCUCUCUUGAUGGCACUUUGCAUGCAAAUUGUGUUCUAUUUGCAUACUU_UUUGCA_GCACUGGGAUGCAUAUGCAUGUACGCCGUGCAGACAGC_______CGUGCACGG
.....(((.(((..(((((....((((((((...(((((((((..((((........)))).....)))))))))..)))))))).)))))..))).)))................ (-24.40 = -26.02 +   1.62)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	19,282,168 – 19,282,278
Length	110
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.55
Mean single sequence MFE	-33.08
Consensus MFE	-23.40
Energy contribution	-25.23
Covariance contribution	1.84
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.39
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.91
SVM RNA-class probability	0.879399
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19282168 110 - 22224390
CCGUGCACU---GUCUGCUGUCUGCACGGCGUACAUGCAUAUGCAUCCCGGUGC-UGCAAAAAAGUAUGCAAAUAGAACACAAUUUGCAUGCAAAGUGCCAUCAAGAGAGCG--AC
.........---(((.(((.(((....((((....((((...((((....))))-)))).....((((((((((........))))))))))....))))....))).))))--)) ( -34.90)
>DroPse_CAF1 95530 110 - 1
---AGCACCAGC-CCCGGCACCGGCACCG-GCACCUGGAAAGGCAGCAUAGUGCAUGCGAA-AAGUAUGCAAAUUGAGUGCAAUUUGCAGGCAAAGUGCCUCCAAGGGAGCAGGCC
---....((.((-(((((..(((....))-)..))((((..((((((((.....))))...-..((.(((((((((....))))))))).))....)))))))).))).)).)).. ( -41.40)
>DroSec_CAF1 61273 105 - 1
CAGUGCACG-------GCUGUCUGCAUGGCGUACAUGCAUAUGCAUCCCAGUGC-UGCAAA-AAGUAUGCAAAUAGAACACAAUUUGCAUGCAAAGUGCCAUCAAGAGAGCG--AC
.........-------(((.(((..((((((....((((...((((....))))-))))..-..((((((((((........))))))))))....))))))..))).))).--.. ( -34.30)
>DroSim_CAF1 65564 105 - 1
CAGUGCACG-------GCUGUCUGCACGGCGUACAUGCAUAUGCAUCCCAGUGC-UGCAAA-AAGAAUGCAAAUAGAACACAAUUUGCAUGCAAAGUGCCAUCAAGAGAGCG--AC
.........-------(((.(((((((.((.....((((...((((....))))-))))..-....((((((((........))))))))))...)))).....))).))).--.. ( -28.30)
>DroEre_CAF1 57846 93 - 1
CCGUGC-------------------ACGGCGUACAUGCAUAUGCAUCCCAGUGC-UGCAAA-AAGUAUGCAAAUAGAACACAAUUUGCAUGCAAAGUGCCAUCAAGAGAGCG--AC
.(((((-------------------((.((((((((((....))))....))))-.))...-..((((((((((........))))))))))...))))..((....)))))--.. ( -26.90)
>DroYak_CAF1 62191 105 - 1
CCGUGCACG-------ACUGUCUGCACGGCGUACAUGCAUAUGCAUCCCAGUGC-UGCAAA-AAGUAUGCAAAUAGAACACAAUUUGCAUGCAAAGUGCCAUCAAGAGAGCG--AC
(((((((.(-------.....)))))))).((((.((((...((((....))))-))))..-..((((((((((........))))))))))...)))).............--.. ( -32.70)
>consensus
CCGUGCACG_______GCUGUCUGCACGGCGUACAUGCAUAUGCAUCCCAGUGC_UGCAAA_AAGUAUGCAAAUAGAACACAAUUUGCAUGCAAAGUGCCAUCAAGAGAGCG__AC
................(((.(((.....(.((((.((((...((((....)))).)))).....((((((((((........))))))))))...)))))....))).)))..... (-23.40 = -25.23 +   1.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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