Locus 7685

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,151,712 – 19,151,822
Length	110
Max. P	0.935709

overview

Window 8

Location	19,151,712 – 19,151,822
Length	110
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.71
Mean single sequence MFE	-25.82
Consensus MFE	-8.81
Energy contribution	-11.01
Covariance contribution	2.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.31
Structure conservation index	0.34
SVM decision value	1.25
SVM RNA-class probability	0.935709
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19151712 110 + 22224390
AUUAUUAUAAUCACCCACUGGUAUGGAUGGCUAUACUAUAUG-GGAGAUAUCAUCCAUC--------UAUCAAUGAGAUACAUAUUUGCCCGAAGAGCUUACCUCUU-UUUCAGAAGAUU
.........(((.((((.((((((((....))))))))..))-)).)))(((((((((.--------.....))).))).....((((...((((((.....)))))-)..)))).))). ( -22.40)
>DroSec_CAF1 8293 108 + 1
AUUAUUAUAAUCACCCACUGGUAUAGAUGGAUAUACUAUAUA--GAGAUAUCAUCCAUCCAUC----UCUCAAUGGGAU----UGCUGCCCGAAGAGCUUAGCUCUU--UUCAGAAGAUU
........((((.((((.(((...((((((((.....((((.--...)))).....)))))))----).))).))))..----..(((...(((((((...))))))--).)))..)))) ( -27.20)
>DroSim_CAF1 6261 114 + 1
AUUAUUAUAAUCACCCACUGGUAUGGAUGGAUAUACUAUAUG--GAGCUAUCAUCCAUCCAUCUAUCUAUCAAUGGGAU----UGCUGCCCGAAGAGCUUAGCUCUUUUUUCAGAAGAUU
........((((.((((.(((((((((((((((((((.....--.)).))).)))))))))......))))).))))..----..(((...(((((((...)))))))...)))..)))) ( -33.60)
>DroEre_CAF1 11426 99 + 1
ACUAUCAUAAUCACCCACUGGUACGGAUGGCUAU-----AUG--GAGAUAGCAUCCAUC--------CAUCAAUGGGAA----AGCGCCACGAAGAGCUUACGUCUU--UUCAGAAGAUU
........((((.((((.((((..((((((((((-----...--...)))))...))))--------))))).))))..----........(((((((....).)))--)))....)))) ( -25.20)
>DroYak_CAF1 8533 91 + 1
ACUAUUAUAUUCACCCACUGGUAGGGAUGUCUAU-----AUGAAGAGAUAUCAUCCAUC--------UAUCCACGAGAU--------------AGAGCUUACCUCUU--UUCAGAAGAUU
...................(((((((((((((..-----......))))))).....((--------((((.....)))--------------))).))))))((((--(...))))).. ( -20.70)
>consensus
AUUAUUAUAAUCACCCACUGGUAUGGAUGGCUAUACUAUAUG__GAGAUAUCAUCCAUC________UAUCAAUGGGAU____AGCUGCCCGAAGAGCUUACCUCUU__UUCAGAAGAUU
........((((.((((.(((((((((((......................)))))))..........)))).))))...............(((((.....))))).........)))) ( -8.81 = -11.01 +   2.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	19,151,712 – 19,151,822
Length	110
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.71
Mean single sequence MFE	-27.66
Consensus MFE	-13.39
Energy contribution	-13.71
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	1.10
SVM RNA-class probability	0.914761
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19151712 110 - 22224390
AAUCUUCUGAAA-AAGAGGUAAGCUCUUCGGGCAAAUAUGUAUCUCAUUGAUA--------GAUGGAUGAUAUCUCC-CAUAUAGUAUAGCCAUCCAUACCAGUGGGUGAUUAUAAUAAU
...(((((....-.)))))...((.(....)))...((((...(((((((...--------.(((((((.(((((..-.....)).)))..)))))))..)))))))....))))..... ( -24.80)
>DroSec_CAF1 8293 108 - 1
AAUCUUCUGAA--AAGAGCUAAGCUCUUCGGGCAGCA----AUCCCAUUGAGA----GAUGGAUGGAUGAUAUCUC--UAUAUAGUAUAUCCAUCUAUACCAGUGGGUGAUUAUAAUAAU
((((.(((...--.)))(((..((.(....)))))).----..(((((((..(----((((((((....((((...--.))))....)))))))))....))))))).))))........ ( -32.10)
>DroSim_CAF1 6261 114 - 1
AAUCUUCUGAAAAAAGAGCUAAGCUCUUCGGGCAGCA----AUCCCAUUGAUAGAUAGAUGGAUGGAUGAUAGCUC--CAUAUAGUAUAUCCAUCCAUACCAGUGGGUGAUUAUAAUAAU
((((..(((....((((((...))))))....)))..----..(((((((........(((((((((((...(((.--.....))).)))))))))))..))))))).))))........ ( -32.60)
>DroEre_CAF1 11426 99 - 1
AAUCUUCUGAA--AAGACGUAAGCUCUUCGUGGCGCU----UUCCCAUUGAUG--------GAUGGAUGCUAUCUC--CAU-----AUAGCCAUCCGUACCAGUGGGUGAUUAUGAUAGU
.....(((...--.)))(((((((.((....)).)).----..(((((((...--------.(((((((((((...--...-----)))).)))))))..)))))))...)))))..... ( -28.00)
>DroYak_CAF1 8533 91 - 1
AAUCUUCUGAA--AAGAGGUAAGCUCU--------------AUCUCGUGGAUA--------GAUGGAUGAUAUCUCUUCAU-----AUAGACAUCCCUACCAGUGGGUGAAUAUAAUAGU
.......(((.--.(((((((...(((--------------((((.......)--------))))))...))))))))))(-----(((..((((((.....).)))))..))))..... ( -20.80)
>consensus
AAUCUUCUGAA__AAGAGGUAAGCUCUUCGGGCAGCA____AUCCCAUUGAUA________GAUGGAUGAUAUCUC__CAUAUAGUAUAGCCAUCCAUACCAGUGGGUGAUUAUAAUAAU
((((.........(((((.....)))))...............(((((((............(((((((......................)))))))..))))))).))))........ (-13.39 = -13.71 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

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