Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,105,257 – 19,105,377 |
Length | 120 |
Max. P | 0.671829 |
Location | 19,105,257 – 19,105,377 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.22 |
Mean single sequence MFE | -44.62 |
Consensus MFE | -30.47 |
Energy contribution | -29.75 |
Covariance contribution | -0.72 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.67 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.609395 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 19105257 120 + 22224390 UCGCCACCGCUCUCUACGACUACGAACCAAAGGCGGGCAGCAAUCAGCUGCAGCUGCGCACUGACUGCCAGGUGCUGGUCAUUGGCAAGGAUGGGGACAGCAAGGGCUGGUGGCGUGGCA .((((((((((((....(((((.........(((..(((((.....))))).)))((((.(((.....))))))))))))...........((....))...))))).)))))))..... ( -48.70) >DroPse_CAF1 2015 120 + 1 UAGCCACUGCCCUGUACGAUUACGAACCGAAGCCAGGGAGCAAUCAAUUGCAGCUGCGCACCGACUGCCAGAUAUUGGUUAUUGGCAAAGAUGGGGACAGCAAGGGCUGGUGGCGAGGAA ..(((((((((((((...........((((((((((...((((....))))..(((.(((.....))))))...)))))).))))......((....)))).))))).))))))...... ( -41.10) >DroGri_CAF1 3824 120 + 1 UCGCCACCGCCCUAUACGACUUUGAUCCGAAGGCGGGCAGCAAUCAGCUGCAACUGCGUACCGAUUGCCAGGUACUUGUAAUUGGCAAGGAUGGCGACAGCAAAGGCUGGUGGCGUGGUA .((((((((((...(((..(((((...)))))(((((((((.....)))))..)))))))..(.((((((....(((((.....)))))..)))))))......))).)))))))..... ( -47.80) >DroWil_CAF1 3723 120 + 1 UUGCCACCGCCCUCUAUGACUAUGAACCAAAGGCGGGUAGUAACCAACUGCAAUUGCGGACCGAUUGUCAGGUUCUGGUGAUUGGCAAAGAUGGCGAUAGUAAGGGCUGGUGGCGUGGCA ..(((((((((((.....(((((...(((...(((.(((((.....)))))...))).(.(((((..((((...))))..)))))).....)))..))))).))))).))))))...... ( -45.30) >DroAna_CAF1 4025 120 + 1 UUGCCACUGCCCUGUAUGAUUACGAACCAAAGGCUGGAAGCAAUCAACUGCAAUUGAGGACCGACUGCCAGGUCCUGGUCAUUGGCAAGGAUGGCGACAGCAAAGGCUGGUGGCGCGGCA ..(((((((((.((((....))))........((((...((.(((...(((...((((((((........)))))...)))...)))..))).))..))))...))).))))))...... ( -42.60) >DroPer_CAF1 2024 120 + 1 UAGCCACUGCCCUGUACGAUUACGAACCGAAGCCAGGGAGCAAUCAAUUGCAGCUGCGCACUGAUUGCCAGAUAUUGGUUAUUGGCAAAGAUGGGGACAGCAAGGGCUGGUGGCNNNNNN ..(((((((((((((...........((((((((((.(.(((((((..(((......))).)))))))).....)))))).))))......((....)))).))))).))))))...... ( -42.20) >consensus UAGCCACCGCCCUGUACGACUACGAACCAAAGGCGGGCAGCAAUCAACUGCAACUGCGCACCGACUGCCAGGUACUGGUCAUUGGCAAAGAUGGCGACAGCAAGGGCUGGUGGCGUGGCA ..(((((((((((.............((.......))..(((......)))...(((...((((..(((((...)))))..))))......((....)))))))))).))))))...... (-30.47 = -29.75 + -0.72)
Location | 19,105,257 – 19,105,377 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.22 |
Mean single sequence MFE | -41.31 |
Consensus MFE | -28.03 |
Energy contribution | -27.87 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.87 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.29 |
SVM RNA-class probability | 0.671829 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 19105257 120 - 22224390 UGCCACGCCACCAGCCCUUGCUGUCCCCAUCCUUGCCAAUGACCAGCACCUGGCAGUCAGUGCGCAGCUGCAGCUGAUUGCUGCCCGCCUUUGGUUCGUAGUCGUAGAGAGCGGUGGCGA .....(((((((.((.(((((.............))..(((((..(.(((.(((.(.((((...((((....))))...)))).).)))...))).)...))))).))).))))))))). ( -43.22) >DroPse_CAF1 2015 120 - 1 UUCCUCGCCACCAGCCCUUGCUGUCCCCAUCUUUGCCAAUAACCAAUAUCUGGCAGUCGGUGCGCAGCUGCAAUUGAUUGCUCCCUGGCUUCGGUUCGUAAUCGUACAGGGCAGUGGCUA ......(((((..(((((.(((((...((((.(((((((((.....))).))))))..)))).))))).......((((((.....(((....))).))))))....))))).))))).. ( -41.00) >DroGri_CAF1 3824 120 - 1 UACCACGCCACCAGCCUUUGCUGUCGCCAUCCUUGCCAAUUACAAGUACCUGGCAAUCGGUACGCAGUUGCAGCUGAUUGCUGCCCGCCUUCGGAUCAAAGUCGUAUAGGGCGGUGGCGA .....(((((((.(((((.(((((.(((....((((((..((....))..))))))..)))..))))).(((((.....)))))(((....))).............)))))))))))). ( -45.40) >DroWil_CAF1 3723 120 - 1 UGCCACGCCACCAGCCCUUACUAUCGCCAUCUUUGCCAAUCACCAGAACCUGACAAUCGGUCCGCAAUUGCAGUUGGUUACUACCCGCCUUUGGUUCAUAGUCAUAGAGGGCGGUGGCAA ......((((((.(((((((((((.((((.....((((((.....(.(((........))).)((....)).)))))).............))))..)))))....)))))))))))).. ( -37.97) >DroAna_CAF1 4025 120 - 1 UGCCGCGCCACCAGCCUUUGCUGUCGCCAUCCUUGCCAAUGACCAGGACCUGGCAGUCGGUCCUCAAUUGCAGUUGAUUGCUUCCAGCCUUUGGUUCGUAAUCAUACAGGGCAGUGGCAA ((((((.....((((....))))..(((.....(((.(((....((((((........))))))..))))))(((((((((..((((...))))...))))))).))..))).)))))). ( -41.30) >DroPer_CAF1 2024 120 - 1 NNNNNNGCCACCAGCCCUUGCUGUCCCCAUCUUUGCCAAUAACCAAUAUCUGGCAAUCAGUGCGCAGCUGCAAUUGAUUGCUCCCUGGCUUCGGUUCGUAAUCGUACAGGGCAGUGGCUA ......(((((..(((((.(((((...(((..(((((((((.....))).))))))...))).))))).......((((((.....(((....))).))))))....))))).))))).. ( -39.00) >consensus UGCCACGCCACCAGCCCUUGCUGUCCCCAUCCUUGCCAAUAACCAGUACCUGGCAAUCGGUGCGCAGCUGCAGUUGAUUGCUCCCCGCCUUCGGUUCGUAAUCGUACAGGGCAGUGGCAA ......(((((..(((((.(((((.(((....((((((............))))))..)).).)))))......(((((((...(((....)))...)))))))...))))).))))).. (-28.03 = -27.87 + -0.16)
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