Locus 7626

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,027,386 – 19,027,488
Length	102
Max. P	0.985612

overview

Window 7

Location	19,027,386 – 19,027,488
Length	102
Sequences	5
Columns	104
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.15
Mean single sequence MFE	-37.49
Consensus MFE	-25.72
Energy contribution	-26.84
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.75
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975634
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19027386 102 + 22224390
UUCCUGUGCCUAUCGAGGCUAUCGAUAGCAGGCUAGCGUAGCCGGAAAUCUGGCGAAUUGUAGCCAGACAUCUGGCUAGU--CCUUAGUCAAGCCAAUCGCCAG
((((..(((.((((((.....)))))))))(((((...)))))))))..(((((((.((((((((((....)))))))..--.(((....))).)))))))))) ( -41.10)
>DroSec_CAF1 958 100 + 1
-UCCUGUGCCUAUCGAAGCUAUCGAUACCAGGCUAGCGUAGUCCGAAAUCUGGCGACUUUUAGCCAGACAUCUGUCUAGU--CGUU-GUCAGACCAAUCGCCAG
-..(((.(((((((((.....)))))...))))..(((..........(((((((((..((((.(((....))).)))).--.)))-)))))).....)))))) ( -29.76)
>DroSim_CAF1 957 100 + 1
-UCCUGUGCCUAUCGAAGCUAUCGAUACCAGGCUAGAGUAGGCGGAAAUCUGGCUACUUUUAGCCAGACAUCUGUCUAGU--CGUU-GUCAGGCCAAUCGUCAG
-...((.(((((((((.....)))))....(((..((.((((((((..((((((((....))))))))..)))))))).)--)...-)))))))))........ ( -40.40)
>DroEre_CAF1 1590 102 + 1
UGUCUGGGCCUAUCGUGGCUAUCGAUAGCAGGCUAUCGUAGCCGAAAA-CUGGCGAUUUGUAGCCAGACAUUUGGCUAGUACCGCA-GUCAAGCCAAUCGUCAG
((((((((((.....((((((.((((((....))))))))))))....-..))).........))))))).((((((.(.((....-))).))))))....... ( -37.40)
>DroYak_CAF1 954 101 + 1
UGUCUGGGCCUAUCGCAGCAAUCGAUAGCAGGCUAUCGUUUCCGAAAAUCUGGCGAUUUGUAGCCAGAGAUCUGGCUAGU--CGUA-GUGAAGGCAGUCGCCAG
.(((((...((((((.(....))))))))))))..(((....)))....(((((((((..(((((((....)))))))((--(...-.....)))))))))))) ( -38.80)
>consensus
UUCCUGUGCCUAUCGAAGCUAUCGAUAGCAGGCUAGCGUAGCCGGAAAUCUGGCGACUUGUAGCCAGACAUCUGGCUAGU__CGUU_GUCAAGCCAAUCGCCAG
...(((.(((((((((.....)))))...)))).....((((((((..((((((........))))))..)))))))).......................))) (-25.72 = -26.84 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	19,027,386 – 19,027,488
Length	102
Sequences	5
Columns	104
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.15
Mean single sequence MFE	-37.56
Consensus MFE	-24.82
Energy contribution	-26.02
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.05
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	2.01
SVM RNA-class probability	0.985612
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19027386 102 - 22224390
CUGGCGAUUGGCUUGACUAAGG--ACUAGCCAGAUGUCUGGCUACAAUUCGCCAGAUUUCCGGCUACGCUAGCCUGCUAUCGAUAGCCUCGAUAGGCACAGGAA
((((((((((.(((.....)))--..(((((((....)))))))))).)))))))..(((((((((...)))))(((((((((.....)))))).)))..)))) ( -42.20)
>DroSec_CAF1 958 100 - 1
CUGGCGAUUGGUCUGAC-AACG--ACUAGACAGAUGUCUGGCUAAAAGUCGCCAGAUUUCGGACUACGCUAGCCUGGUAUCGAUAGCUUCGAUAGGCACAGGA-
((((((..((((((((.-....--.((....))..(((((((........))))))).))))))))))))))((((.((((((.....))))))....)))).- ( -37.00)
>DroSim_CAF1 957 100 - 1
CUGACGAUUGGCCUGAC-AACG--ACUAGACAGAUGUCUGGCUAAAAGUAGCCAGAUUUCCGCCUACUCUAGCCUGGUAUCGAUAGCUUCGAUAGGCACAGGA-
...........((((..-...(--(.(((.(.((.(((((((((....))))))))).)).).))).))..((((...(((((.....))))))))).)))).- ( -34.40)
>DroEre_CAF1 1590 102 - 1
CUGACGAUUGGCUUGAC-UGCGGUACUAGCCAAAUGUCUGGCUACAAAUCGCCAG-UUUUCGGCUACGAUAGCCUGCUAUCGAUAGCCACGAUAGGCCCAGACA
(((......((((((((-((((((..((((((......))))))...)))).)))-)....(((((((((((....)))))).)))))....)))))))))... ( -38.80)
>DroYak_CAF1 954 101 - 1
CUGGCGACUGCCUUCAC-UACG--ACUAGCCAGAUCUCUGGCUACAAAUCGCCAGAUUUUCGGAAACGAUAGCCUGCUAUCGAUUGCUGCGAUAGGCCCAGACA
((((.....((((....-....--..(((((((....)))))))...(((((.((....(((....)(((((....)))))))...)))))))))))))))... ( -35.40)
>consensus
CUGGCGAUUGGCUUGAC_AACG__ACUAGCCAGAUGUCUGGCUACAAAUCGCCAGAUUUCCGGCUACGCUAGCCUGCUAUCGAUAGCUUCGAUAGGCACAGGAA
(((.......................(((((.((.(((((((........))))))).)).))))).....((((...(((((.....))))))))).)))... (-24.82 = -26.02 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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