Locus 761

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	2,099,261 – 2,099,409
Length	148
Max. P	0.907528

overview

Window 5

Location	2,099,261 – 2,099,369
Length	108
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	70.44
Mean single sequence MFE	-53.94
Consensus MFE	-25.58
Energy contribution	-28.46
Covariance contribution	2.88
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.863800
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2099261 108 - 22224390
GGACCUGG---ACCGGGUCCGUUGCGACGCAUAAAGAGCGGUGGCGGCGGCGGUGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGGUCCGGGACCGCGCAUACC------AGG---CACCGGUGGC
((.(((((---((((...(((((((.((((.......)).)).))))))))))).(((((((((((((((...))))))))...))))))).....))------)))---..))...... ( -55.10)
>DroPse_CAF1 27587 108 - 1
UGGAUUGGUGCACCGCGACCGUUGUGGCGCAUGAAGUGAGGCGG------UGGCGGUGGACCACCCAUCGGUGGCAUGGGG------CAACGCAUGGCCAUGGGCGGCACCAUCUGUGGU
.....((((.((((((.((((((....(((.....))).)))))------).)))))).)))).((((.(((((((((.(.------...).))))(((......))).))))).)))). ( -55.60)
>DroSim_CAF1 24070 102 - 1
GGACCUGG---ACCGGGUCCGUUGCGACGCAUAAAAAGUGGUGG------CGGUGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGGUCCGGGACCGCGCAUACC------AGG---CAUCGGUGGC
((.(((((---(((((((((((..(.((.........)).)..)------)(((((....)))))....))))))...)))))))).))..((.((((------...---....)))))) ( -49.40)
>DroYak_CAF1 25424 108 - 1
GGACCUGG---ACCGGGUCCGUUGCGCCGCUAAAAAUGCGGUGGUGGCGGCGGCGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGGCCCGGGACCGCGCAUACC------GGG---CAUCGGUGGU
..(((...---(((((((((((..((((((.......))))).)..))((..(((.((((((.(((((((...)))))))....)))))))))...))------)))---).)))))))) ( -56.30)
>DroPer_CAF1 27667 108 - 1
UGGAUUGGUGCACCGCGACCGUUGUGGCGCAUGAAGUGAGGCGG------UGGCGGUGGACCACCCAUCGGUGGCAUGGGG------CAACGCAUGGCCAUGGGCGGCACUAUCUGUGGU
.....((((.((((((.((((((....(((.....))).)))))------).)))))).)))).((((.(((((((((.(.------...).))))(((......))).))))).)))). ( -53.30)
>consensus
GGACCUGG___ACCGGGUCCGUUGCGACGCAUAAAGUGAGGUGG______CGGCGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGGGCCGGGACCGCGCAUACC______AGG___CAUCGGUGGU
((((((((....))))))))..(((..(((..........)))............(((((((.((((((.....))))))....)))))))))).......................... (-25.58 = -28.46 +   2.88)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	2,099,292 – 2,099,409
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.29
Mean single sequence MFE	-45.86
Consensus MFE	-26.68
Energy contribution	-30.68
Covariance contribution	4.00
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.92
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.58
SVM RNA-class probability	0.788588
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2099292 117 + 22224390
CCCAUGGGCCCCAUGGGUGGACCACCACCGCCGCCGCCACCGCUCUUUAUGCGUCGCAACGGACCCGGU---CCAGGUCCUAUGAUGGGUGUCCCACCGCCCAUGCACAUGAUGGGUCCA
....(((((((((((.(((((((...(((((((..((...(((.......)))..))..)))...))))---...)))))....(((((((......))))))))).))))..))))))) ( -47.70)
>DroPse_CAF1 27621 111 + 1
CCCAUGCCACCGAUGGGUGGUCCACCGCCA------CCGCCUCACUUCAUGCGCCACAACGGUCGCGGUGCACCAAUCCACAUGAUGGGCGGUCCAC---CUAUGCACUUGAUGGGUCCU
(((((.......((((((((.(((((((.(------(((....................)))).)))))((.(((.((.....))))))))).))))---)))).......))))).... ( -39.99)
>DroSim_CAF1 24101 111 + 1
CCCAUGGGCCCCAUGGGUGGACCACCACCG------CCACCACUUUUUAUGCGUCGCAACGGACCCGGU---CCAGGUCCUAUGAUGGGUGUUCCGCCGCCCAUGCACAUGAUGGGUCCA
....(((((((((((((((((.((((...(------(.((((.......)).)).))...(((((....---...))))).......)))).))))))((....)).))))..))))))) ( -44.40)
>DroYak_CAF1 25455 117 + 1
CCCAUGGGCCCCAUGGGUGGACCACCGCCGCCGCCACCACCGCAUUUUUAGCGGCGCAACGGACCCGGU---CCAGGUCCCAUGAUGGGUGGCCCACCGCCCAUGCAUAUGAUGGGUCCA
....(((((((((((((((((((.(((.((((((................))))))...)))....)))---)))...))))))((((((((....)))))))).........))))))) ( -56.59)
>DroPer_CAF1 27701 111 + 1
CCCAUGCCACCGAUGGGUGGUCCACCGCCA------CCGCCUCACUUCAUGCGCCACAACGGUCGCGGUGCACCAAUCCACAUGAUGGGGGGUCCAC---CCAUGCACUUGAUGGGUCCU
(((((((.((((.(((((((....))))).------.(((..........)))...)).)))).))((((((((.(((.....))).))(((....)---)).))))))..))))).... ( -40.60)
>consensus
CCCAUGGGCCCCAUGGGUGGACCACCGCCG______CCACCGCACUUUAUGCGCCGCAACGGACCCGGU___CCAGGUCCCAUGAUGGGUGGUCCACCGCCCAUGCACAUGAUGGGUCCA
.....((((((....(((((....))))).....................((........(((((.((....)).)))))....((((((((....)))))))))).......)))))). (-26.68 = -30.68 +   4.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	2,099,292 – 2,099,409
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.29
Mean single sequence MFE	-54.42
Consensus MFE	-31.30
Energy contribution	-33.82
Covariance contribution	2.52
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	1.05
SVM RNA-class probability	0.907528
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2099292 117 - 22224390
UGGACCCAUCAUGUGCAUGGGCGGUGGGACACCCAUCAUAGGACCUGG---ACCGGGUCCGUUGCGACGCAUAAAGAGCGGUGGCGGCGGCGGUGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGG
((((((.(((((.(((......((((((...))))))...(((((((.---..)))))))(((((.((((.......)).)).))))).))))))))))))))(((((((...))))))) ( -55.60)
>DroPse_CAF1 27621 111 - 1
AGGACCCAUCAAGUGCAUAG---GUGGACCGCCCAUCAUGUGGAUUGGUGCACCGCGACCGUUGUGGCGCAUGAAGUGAGGCGG------UGGCGGUGGACCACCCAUCGGUGGCAUGGG
....(((((...((.(((.(---((((.((((.......))))..((((.((((((.((((((....(((.....))).)))))------).)))))).)))).))))).)))))))))) ( -50.10)
>DroSim_CAF1 24101 111 - 1
UGGACCCAUCAUGUGCAUGGGCGGCGGAACACCCAUCAUAGGACCUGG---ACCGGGUCCGUUGCGACGCAUAAAAAGUGGUGG------CGGUGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGG
((((((((((.((((.(((((.(......).)))))))))(((((((.---..)))))))((..(.((.........)).)..)------)))))..))))))(((((((...))))))) ( -51.70)
>DroYak_CAF1 25455 117 - 1
UGGACCCAUCAUAUGCAUGGGCGGUGGGCCACCCAUCAUGGGACCUGG---ACCGGGUCCGUUGCGCCGCUAAAAAUGCGGUGGUGGCGGCGGCGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGG
((((((.(((.((((.(((((.((....)).)))))))))(((((((.---..)))))))((((((((((((.........))))))).))))))))))))))(((((((...))))))) ( -61.70)
>DroPer_CAF1 27701 111 - 1
AGGACCCAUCAAGUGCAUGG---GUGGACCCCCCAUCAUGUGGAUUGGUGCACCGCGACCGUUGUGGCGCAUGAAGUGAGGCGG------UGGCGGUGGACCACCCAUCGGUGGCAUGGG
...(((((((....).))))---))...(((.((((((((.((..((((.((((((.((((((....(((.....))).)))))------).)))))).))))))))).)))))...))) ( -53.00)
>consensus
UGGACCCAUCAUGUGCAUGGGCGGUGGACCACCCAUCAUGGGACCUGG___ACCGGGUCCGUUGCGACGCAUAAAGUGAGGUGG______CGGCGGUGGUCCACCCAUGGGGCCCAUGGG
.(((((.(((....(((.....(((((.....)))))...((((((((....))))))))..)))..(((..........)))...........)))))))).((((((.....)))))) (-31.30 = -33.82 +   2.52)

alignment

secondary structure

dotplot

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