Locus 756

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,082,055 – 2,082,235
Length 180
Max. P 0.973399
window1224 window1225 window1226 window1227 window1228

overview

Window 4

Location 2,082,055 – 2,082,155
Length 100
Sequences 6
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.47
Mean single sequence MFE -30.67
Consensus MFE -23.73
Energy contribution -24.65
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.82
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.62
SVM RNA-class probability 0.968072
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2082055 100 + 22224390
UCAUA-GA-UCUU--CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUAUUGCGUGAUAACGAGCUUAACCAUACUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUC
.....-..-...(--(.((((((((.....(.(((((((.....)).)))))).)))))))).))...(.(((((.(((((....))))).))))).)...... ( -28.10)
>DroEre_CAF1 5625 101 + 1
UCUAACGU-CCAU--CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUACUGCGUGAUAACCAGCUUAACCAUUCUGAUGGUGAAGCUGGCCAAUC
........-..((--(.((((((((.....(.(((((((.....)).)))))).)))))))).)))..(((((((.(((((....))))).)))))))...... ( -36.00)
>DroWil_CAF1 1760 99 + 1
UCUC--AU-UUUU--UUUGCAGUAUUUUCCAAGCACUUGGCUGACAUGGUUUGUGUAUUGCUUUGUCACCAGCCUCACCAUUCUGAUGGUGAAGGUGGCCAAUU
....--..-....--...(((((((....(((((...((.....))..))))).)))))))...((((((....(((((((....))))))).))))))..... ( -28.40)
>DroYak_CAF1 8222 102 + 1
UCUAACGACCCGU--CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUACUGCGUGAUAACCAGCCUUACCAUUCUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUC
((....))...((--(.((((((((.....(.(((((((.....)).)))))).)))))))).)))..(((((.(((((((....))))))).)))))...... ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 1712 97 + 1
UC----CU-UCUUGUUU--CAGUAUUUUCCCAGCACAUGGCUAACCUGGUGUCUGUAUUGCGUGUUAACCAGCUGCACCAUAUUGAUGGUGAAGCUGGCGAAUU
..----..-......((--(.(((......((((((..((....))..))).)))...))).......((((((.((((((....)))))).)))))).))).. ( -26.70)
>DroAna_CAF1 5976 96 + 1
UCU------CUUU--UUUUCAGUACUUUCCCAGCACAUGGCUAACAUGGUGCCUGUACUGCAUGCUCACCAGCCUUACCAUUCUAAUGGUAAAGCUGGCCAAUC
...------....--....((((((.......(((((((.....))).))))..))))))........(((((.(((((((....))))))).)))))...... ( -28.50)
>consensus
UCU___GU_CCUU__CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGCUGACAUGGUGCCUGUACUGCGUGAUAACCAGCCUAACCAUUCUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUC
..................(((((((.......(((((((.....)).)))))..))))))).......(((((.(((((((....))))))).)))))...... (-23.73 = -24.65 +   0.92) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 2,082,055 – 2,082,155
Length 100
Sequences 6
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.47
Mean single sequence MFE -31.64
Consensus MFE -22.46
Energy contribution -23.43
Covariance contribution 0.97
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.04
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 1.71
SVM RNA-class probability 0.973399
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2082055 100 - 22224390
GAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGUAUGGUUAAGCUCGUUAUCACGCAAUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAG--AAGA-UC-UAUGA
(((.(((.(((((.(((((....))))).))))).))))))..((......(((.....))).....((((((.....))))))))...--....-..-..... ( -23.70)
>DroEre_CAF1 5625 101 - 1
GAUUGGCCAGCUUCACCAUCAGAAUGGUUAAGCUGGUUAUCACGCAGUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAG--AUGG-ACGUUAGA
(((.(((((((((.(((((....))))).))))))))))))..(((((((.(((.....)))..((........))...)))))))...--....-........ ( -36.40)
>DroWil_CAF1 1760 99 - 1
AAUUGGCCACCUUCACCAUCAGAAUGGUGAGGCUGGUGACAAAGCAAUACACAAACCAUGUCAGCCAAGUGCUUGGAAAAUACUGCAAA--AAAA-AU--GAGA
..(((((((.(((((((((....))))))))).)).(((((.................)))))))))).(((............)))..--....-..--.... ( -23.63)
>DroYak_CAF1 8222 102 - 1
GAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGAAUGGUAAGGCUGGUUAUCACGCAGUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAG--ACGGGUCGUUAGA
(((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))..(((((((.(((.....)))..((........))...)))))))..(--(((...))))... ( -40.70)
>DroMoj_CAF1 1712 97 - 1
AAUUCGCCAGCUUCACCAUCAAUAUGGUGCAGCUGGUUAACACGCAAUACAGACACCAGGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAAUACUG--AAACAAGA-AG----GA
..((((((((((.((((((....)))))).)))))))............(((.(((..((....))..))))))...........--......))-).----.. ( -28.60)
>DroAna_CAF1 5976 96 - 1
GAUUGGCCAGCUUUACCAUUAGAAUGGUAAGGCUGGUGAGCAUGCAGUACAGGCACCAUGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAGUACUGAAAA--AAAG------AGA
(.((.((((((((((((((....)))))))))))))).))).(.((((((((((.........))).))))))).).............--....------... ( -36.80)
>consensus
GAUUGGCCAGCUUCACCAUCAGAAUGGUAAAGCUGGUUAUCACGCAAUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAA__AAGA_AC___AGA
.....((((((((((((((....))))))))))))))......(((.....(((.....)))......(((((.....)))))))).................. (-22.46 = -23.43 +   0.97) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 2,082,075 – 2,082,195
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.39
Mean single sequence MFE -44.05
Consensus MFE -18.70
Energy contribution -22.57
Covariance contribution 3.86
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.42
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.602955
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2082075 120 + 22224390
CUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUAUUGCGUGAUAACGAGCUUAACCAUACUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUCUGGCGCUGCACAGGCUCUACGAUCGCGCACAGACCAUGUC
....((((....))))..((((((((..((((...(((((((...((((((.(((((....)))))...((.((((.....))).).))..))))))....))))))))))))))))))) ( -46.00)
>DroVir_CAF1 1406 120 + 1
CUUUCCAAGCACAUGGCUGACCUGGUGCCUGUAUUGUGUGCUAACCAGCGGCACCAUAUUGCUGGUAAAGCUUAUCAAUUUGGCGCUGCACCGGCUGUACGAUCGGGCGCAGACGAUGUC
..........((((.((((....((((((...((((...(((.((((((((.......))))))))..)))....))))..))))))((.(((..(....)..))))).))).).)))). ( -38.60)
>DroGri_CAF1 1368 120 + 1
CUUUCCGAGCACAUGGCUGACCUGGUGCCUGUACUGUGUGCUGACCAGCAGCACUAUAUUGCUGGUCAAGCUGAGCAAUUUGGCGCUUCAUCGAUUGUACGAUCGGGCACAGACUAUGUC
..........(((((((((.(((((((((.....(((..((((((((((((.......))))))))).)))...)))....)))))...((((......))))))))..))).)))))). ( -43.70)
>DroWil_CAF1 1779 120 + 1
UUUUCCAAGCACUUGGCUGACAUGGUUUGUGUAUUGCUUUGUCACCAGCCUCACCAUUCUGAUGGUGAAGGUGGCCAAUUUGGCUCUCCAUCGGCUCUACGACAGAGCGCAGACCAUGUC
....((((....))))..((((((((((((.....((((((((...(((((((((((....))))))).((.((((.....))))..))...))))....)))))))))))))))))))) ( -52.80)
>DroMoj_CAF1 1729 120 + 1
UUUUCCCAGCACAUGGCUAACCUGGUGUCUGUAUUGCGUGUUAACCAGCUGCACCAUAUUGAUGGUGAAGCUGGCGAAUUUGGCAUUGCAUCGCCUCUACGAUCGGGCCCAAACCAUGUC
..........((((((......(((.(((((((.(((..(((..((((((.((((((....)))))).))))))..)))...))).)))((((......)))).)))))))..)))))). ( -40.50)
>DroAna_CAF1 5992 120 + 1
CUUUCCCAGCACAUGGCUAACAUGGUGCCUGUACUGCAUGCUCACCAGCCUUACCAUUCUAAUGGUAAAGCUGGCCAAUCUGGCACUGCAUCGGCUUUACGACCGGGCGCAGACCAUGUC
..........((((((((......(((((((...(((((((.(((((((.(((((((....))))))).)))))......))))).))))(((......))).))))))))).)))))). ( -42.70)
>consensus
CUUUCCAAGCACAUGGCUGACAUGGUGCCUGUAUUGCGUGCUAACCAGCCGCACCAUACUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUUUGGCGCUGCAUCGGCUCUACGAUCGGGCGCAGACCAUGUC
..........((((((........(((((((...(((((((((((((((...(((((....)))))...))))).....))))))).)))(((......))).)))))))...)))))). (-18.70 = -22.57 +   3.86) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 2,082,075 – 2,082,195
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.39
Mean single sequence MFE -43.18
Consensus MFE -22.83
Energy contribution -23.70
Covariance contribution 0.87
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.748620
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2082075 120 - 22224390
GACAUGGUCUGUGCGCGAUCGUAGAGCCUGUGCAGCGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGUAUGGUUAAGCUCGUUAUCACGCAAUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAG
((((((((.(.((((....)))).)(((((((..(((...(((.(((.(((((.(((((....))))).))))).)))))).)))..)))))))))))))))..((........)).... ( -44.50)
>DroVir_CAF1 1406 120 - 1
GACAUCGUCUGCGCCCGAUCGUACAGCCGGUGCAGCGCCAAAUUGAUAAGCUUUACCAGCAAUAUGGUGCCGCUGGUUAGCACACAAUACAGGCACCAGGUCAGCCAUGUGCUUGGAAAG
....((((.(((((......))..((((((((..((((((.((((..............)))).)))))))))))))).))).))....(((((((..((....))..)))))))))... ( -37.24)
>DroGri_CAF1 1368 120 - 1
GACAUAGUCUGUGCCCGAUCGUACAAUCGAUGAAGCGCCAAAUUGCUCAGCUUGACCAGCAAUAUAGUGCUGCUGGUCAGCACACAGUACAGGCACCAGGUCAGCCAUGUGCUCGGAAAG
((((((((((((((.((((......)))).(((.(((......))))))(((.((((((((.........))))))))))).....))))))))....((....)).)))).))...... ( -39.10)
>DroWil_CAF1 1779 120 - 1
GACAUGGUCUGCGCUCUGUCGUAGAGCCGAUGGAGAGCCAAAUUGGCCACCUUCACCAUCAGAAUGGUGAGGCUGGUGACAAAGCAAUACACAAACCAUGUCAGCCAAGUGCUUGGAAAA
((((((((.((.(((((((((......)))))))).((.....(.((((.(((((((((....))))))))).)))).)....))....).)).))))))))..((((....)))).... ( -46.20)
>DroMoj_CAF1 1729 120 - 1
GACAUGGUUUGGGCCCGAUCGUAGAGGCGAUGCAAUGCCAAAUUCGCCAGCUUCACCAUCAAUAUGGUGCAGCUGGUUAACACGCAAUACAGACACCAGGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAA
.(((((((...((((.((((((....)))))....(((.......(((((((.((((((....)))))).)))))))......)))..........).)))).))))))).......... ( -39.32)
>DroAna_CAF1 5992 120 - 1
GACAUGGUCUGCGCCCGGUCGUAAAGCCGAUGCAGUGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUUAGAAUGGUAAGGCUGGUGAGCAUGCAGUACAGGCACCAUGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAG
....(((((((((..((((......)))).))))).))))(.((.((((((((((((((....)))))))))))))).))).(.((((((((((.........))).))))))).).... ( -52.70)
>consensus
GACAUGGUCUGCGCCCGAUCGUAGAGCCGAUGCAGCGCCAAAUUGGCCAGCUUUACCAUCAAUAUGGUGAAGCUGGUUAGCACGCAAUACAGGCACCAGGUCAGCCAUGUGCUCGGAAAG
(((.((((..((((...((((......))))...)))).......(((((((.(((((......))))).))))))).................)))).)))..((........)).... (-22.83 = -23.70 +   0.87) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 2,082,115 – 2,082,235
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.94
Mean single sequence MFE -41.04
Consensus MFE -26.63
Energy contribution -27.88
Covariance contribution 1.26
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.579767
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2082115 120 - 22224390
CUUGGUGACCUUCACGAACUGCCCCUUUAGGUUCCCCUCGGACAUGGUCUGUGCGCGAUCGUAGAGCCUGUGCAGCGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGUAUGGUUAAGCUCGUUAU
.((((((........(((((.........))))).....(.(((.((.((.((((....)))).))))))).)..))))))..((((.(((((.(((((....))))).))))).)))). ( -34.90)
>DroVir_CAF1 1446 120 - 1
CUUGGUGACUUUAAAGAAUUGACUCUUUAGAUUCACCUCGGACAUCGUCUGCGCCCGAUCGUACAGCCGGUGCAGCGCCAAAUUGAUAAGCUUUACCAGCAAUAUGGUGCCGCUGGUUAG
...(((((.((((((((......)))))))).)))))((((....((....)).))))......((((((((..((((((.((((..............)))).)))))))))))))).. ( -39.14)
>DroGri_CAF1 1408 120 - 1
CUUGGUGACCUUGAAGAACUGACUCUUGAGAUUCACCUCGGACAUAGUCUGUGCCCGAUCGUACAAUCGAUGAAGCGCCAAAUUGCUCAGCUUGACCAGCAAUAUAGUGCUGCUGGUCAG
...(((((..((.((((......)))).))..)))))((((.(((.....))).))))(((......)))(((.(((......))))))...(((((((((.........))))))))). ( -35.30)
>DroWil_CAF1 1819 120 - 1
CUUGGUGACCUUGAAGAACUGACUCUUUAGAUUCACCUCGGACAUGGUCUGCGCUCUGUCGUAGAGCCGAUGGAGAGCCAAAUUGGCCACCUUCACCAUCAGAAUGGUGAGGCUGGUGAC
...(((((..(((((((......)))))))..)))))..((((...))))((.((((((((......)))))))).)).......((((.(((((((((....))))))))).))))... ( -44.10)
>DroMoj_CAF1 1769 120 - 1
CUUGGUGACCUUGAAGAAGUGACUCUUCAGAUUCACCUCGGACAUGGUUUGGGCCCGAUCGUAGAGGCGAUGCAAUGCCAAAUUCGCCAGCUUCACCAUCAAUAUGGUGCAGCUGGUUAA
...(((((..(((((((......)))))))..)))))..(((..((((....((...(((((....)))))))...))))..)))(((((((.((((((....)))))).)))))))... ( -45.70)
>DroAna_CAF1 6032 120 - 1
CUUGGUGACCUUGAAGAACUGCCCCUUCAGAUUGACCUCGGACAUGGUCUGCGCCCGGUCGUAAAGCCGAUGCAGUGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUUAGAAUGGUAAGGCUGGUGAG
...(((.(..((((((........))))))..).))).......(((((((((..((((......)))).))))).))))...(.((((((((((((((....)))))))))))))).). ( -47.10)
>consensus
CUUGGUGACCUUGAAGAACUGACUCUUUAGAUUCACCUCGGACAUGGUCUGCGCCCGAUCGUAGAGCCGAUGCAGCGCCAAAUUGGCCAGCUUUACCAUCAAUAUGGUGAAGCUGGUUAG
...(((((..((((((........))))))..)))))..((((...))))((((...((((......))))...)))).......(((((((.(((((......))))).)))))))... (-26.63 = -27.88 +   1.26) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:53:05 2006