Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,082,055 – 2,082,235 |
Length | 180 |
Max. P | 0.973399 |
Location | 2,082,055 – 2,082,155 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.47 |
Mean single sequence MFE | -30.67 |
Consensus MFE | -23.73 |
Energy contribution | -24.65 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.82 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 1.62 |
SVM RNA-class probability | 0.968072 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2082055 100 + 22224390 UCAUA-GA-UCUU--CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUAUUGCGUGAUAACGAGCUUAACCAUACUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUC .....-..-...(--(.((((((((.....(.(((((((.....)).)))))).)))))))).))...(.(((((.(((((....))))).))))).)...... ( -28.10) >DroEre_CAF1 5625 101 + 1 UCUAACGU-CCAU--CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUACUGCGUGAUAACCAGCUUAACCAUUCUGAUGGUGAAGCUGGCCAAUC ........-..((--(.((((((((.....(.(((((((.....)).)))))).)))))))).)))..(((((((.(((((....))))).)))))))...... ( -36.00) >DroWil_CAF1 1760 99 + 1 UCUC--AU-UUUU--UUUGCAGUAUUUUCCAAGCACUUGGCUGACAUGGUUUGUGUAUUGCUUUGUCACCAGCCUCACCAUUCUGAUGGUGAAGGUGGCCAAUU ....--..-....--...(((((((....(((((...((.....))..))))).)))))))...((((((....(((((((....))))))).))))))..... ( -28.40) >DroYak_CAF1 8222 102 + 1 UCUAACGACCCGU--CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUACUGCGUGAUAACCAGCCUUACCAUUCUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUC ((....))...((--(.((((((((.....(.(((((((.....)).)))))).)))))))).)))..(((((.(((((((....))))))).)))))...... ( -36.30) >DroMoj_CAF1 1712 97 + 1 UC----CU-UCUUGUUU--CAGUAUUUUCCCAGCACAUGGCUAACCUGGUGUCUGUAUUGCGUGUUAACCAGCUGCACCAUAUUGAUGGUGAAGCUGGCGAAUU ..----..-......((--(.(((......((((((..((....))..))).)))...))).......((((((.((((((....)))))).)))))).))).. ( -26.70) >DroAna_CAF1 5976 96 + 1 UCU------CUUU--UUUUCAGUACUUUCCCAGCACAUGGCUAACAUGGUGCCUGUACUGCAUGCUCACCAGCCUUACCAUUCUAAUGGUAAAGCUGGCCAAUC ...------....--....((((((.......(((((((.....))).))))..))))))........(((((.(((((((....))))))).)))))...... ( -28.50) >consensus UCU___GU_CCUU__CUUGCAGUACUUUCCGAGCACUUGGCUGACAUGGUGCCUGUACUGCGUGAUAACCAGCCUAACCAUUCUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUC ..................(((((((.......(((((((.....)).)))))..))))))).......(((((.(((((((....))))))).)))))...... (-23.73 = -24.65 + 0.92)
Location | 2,082,055 – 2,082,155 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.47 |
Mean single sequence MFE | -31.64 |
Consensus MFE | -22.46 |
Energy contribution | -23.43 |
Covariance contribution | 0.97 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -3.04 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 1.71 |
SVM RNA-class probability | 0.973399 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2082055 100 - 22224390 GAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGUAUGGUUAAGCUCGUUAUCACGCAAUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAG--AAGA-UC-UAUGA (((.(((.(((((.(((((....))))).))))).))))))..((......(((.....))).....((((((.....))))))))...--....-..-..... ( -23.70) >DroEre_CAF1 5625 101 - 1 GAUUGGCCAGCUUCACCAUCAGAAUGGUUAAGCUGGUUAUCACGCAGUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAG--AUGG-ACGUUAGA (((.(((((((((.(((((....))))).))))))))))))..(((((((.(((.....)))..((........))...)))))))...--....-........ ( -36.40) >DroWil_CAF1 1760 99 - 1 AAUUGGCCACCUUCACCAUCAGAAUGGUGAGGCUGGUGACAAAGCAAUACACAAACCAUGUCAGCCAAGUGCUUGGAAAAUACUGCAAA--AAAA-AU--GAGA ..(((((((.(((((((((....))))))))).)).(((((.................)))))))))).(((............)))..--....-..--.... ( -23.63) >DroYak_CAF1 8222 102 - 1 GAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGAAUGGUAAGGCUGGUUAUCACGCAGUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAG--ACGGGUCGUUAGA (((.(((((((((((((((....))))))))))))))))))..(((((((.(((.....)))..((........))...)))))))..(--(((...))))... ( -40.70) >DroMoj_CAF1 1712 97 - 1 AAUUCGCCAGCUUCACCAUCAAUAUGGUGCAGCUGGUUAACACGCAAUACAGACACCAGGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAAUACUG--AAACAAGA-AG----GA ..((((((((((.((((((....)))))).)))))))............(((.(((..((....))..))))))...........--......))-).----.. ( -28.60) >DroAna_CAF1 5976 96 - 1 GAUUGGCCAGCUUUACCAUUAGAAUGGUAAGGCUGGUGAGCAUGCAGUACAGGCACCAUGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAGUACUGAAAA--AAAG------AGA (.((.((((((((((((((....)))))))))))))).))).(.((((((((((.........))).))))))).).............--....------... ( -36.80) >consensus GAUUGGCCAGCUUCACCAUCAGAAUGGUAAAGCUGGUUAUCACGCAAUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAGUACUGCAAA__AAGA_AC___AGA .....((((((((((((((....))))))))))))))......(((.....(((.....)))......(((((.....)))))))).................. (-22.46 = -23.43 + 0.97)
Location | 2,082,075 – 2,082,195 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.39 |
Mean single sequence MFE | -44.05 |
Consensus MFE | -18.70 |
Energy contribution | -22.57 |
Covariance contribution | 3.86 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.65 |
Structure conservation index | 0.42 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.602955 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2082075 120 + 22224390 CUUUCCGAGCACUUGGUUGACAUGGUGCCUGUAUUGCGUGAUAACGAGCUUAACCAUACUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUCUGGCGCUGCACAGGCUCUACGAUCGCGCACAGACCAUGUC ....((((....))))..((((((((..((((...(((((((...((((((.(((((....)))))...((.((((.....))).).))..))))))....))))))))))))))))))) ( -46.00) >DroVir_CAF1 1406 120 + 1 CUUUCCAAGCACAUGGCUGACCUGGUGCCUGUAUUGUGUGCUAACCAGCGGCACCAUAUUGCUGGUAAAGCUUAUCAAUUUGGCGCUGCACCGGCUGUACGAUCGGGCGCAGACGAUGUC ..........((((.((((....((((((...((((...(((.((((((((.......))))))))..)))....))))..))))))((.(((..(....)..))))).))).).)))). ( -38.60) >DroGri_CAF1 1368 120 + 1 CUUUCCGAGCACAUGGCUGACCUGGUGCCUGUACUGUGUGCUGACCAGCAGCACUAUAUUGCUGGUCAAGCUGAGCAAUUUGGCGCUUCAUCGAUUGUACGAUCGGGCACAGACUAUGUC ..........(((((((((.(((((((((.....(((..((((((((((((.......))))))))).)))...)))....)))))...((((......))))))))..))).)))))). ( -43.70) >DroWil_CAF1 1779 120 + 1 UUUUCCAAGCACUUGGCUGACAUGGUUUGUGUAUUGCUUUGUCACCAGCCUCACCAUUCUGAUGGUGAAGGUGGCCAAUUUGGCUCUCCAUCGGCUCUACGACAGAGCGCAGACCAUGUC ....((((....))))..((((((((((((.....((((((((...(((((((((((....))))))).((.((((.....))))..))...))))....)))))))))))))))))))) ( -52.80) >DroMoj_CAF1 1729 120 + 1 UUUUCCCAGCACAUGGCUAACCUGGUGUCUGUAUUGCGUGUUAACCAGCUGCACCAUAUUGAUGGUGAAGCUGGCGAAUUUGGCAUUGCAUCGCCUCUACGAUCGGGCCCAAACCAUGUC ..........((((((......(((.(((((((.(((..(((..((((((.((((((....)))))).))))))..)))...))).)))((((......)))).)))))))..)))))). ( -40.50) >DroAna_CAF1 5992 120 + 1 CUUUCCCAGCACAUGGCUAACAUGGUGCCUGUACUGCAUGCUCACCAGCCUUACCAUUCUAAUGGUAAAGCUGGCCAAUCUGGCACUGCAUCGGCUUUACGACCGGGCGCAGACCAUGUC ..........((((((((......(((((((...(((((((.(((((((.(((((((....))))))).)))))......))))).))))(((......))).))))))))).)))))). ( -42.70) >consensus CUUUCCAAGCACAUGGCUGACAUGGUGCCUGUAUUGCGUGCUAACCAGCCGCACCAUACUGAUGGUAAAGCUGGCCAAUUUGGCGCUGCAUCGGCUCUACGAUCGGGCGCAGACCAUGUC ..........((((((........(((((((...(((((((((((((((...(((((....)))))...))))).....))))))).)))(((......))).)))))))...)))))). (-18.70 = -22.57 + 3.86)
Location | 2,082,075 – 2,082,195 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.39 |
Mean single sequence MFE | -43.18 |
Consensus MFE | -22.83 |
Energy contribution | -23.70 |
Covariance contribution | 0.87 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -2.35 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | 0.47 |
SVM RNA-class probability | 0.748620 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2082075 120 - 22224390 GACAUGGUCUGUGCGCGAUCGUAGAGCCUGUGCAGCGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGUAUGGUUAAGCUCGUUAUCACGCAAUACAGGCACCAUGUCAACCAAGUGCUCGGAAAG ((((((((.(.((((....)))).)(((((((..(((...(((.(((.(((((.(((((....))))).))))).)))))).)))..)))))))))))))))..((........)).... ( -44.50) >DroVir_CAF1 1406 120 - 1 GACAUCGUCUGCGCCCGAUCGUACAGCCGGUGCAGCGCCAAAUUGAUAAGCUUUACCAGCAAUAUGGUGCCGCUGGUUAGCACACAAUACAGGCACCAGGUCAGCCAUGUGCUUGGAAAG ....((((.(((((......))..((((((((..((((((.((((..............)))).)))))))))))))).))).))....(((((((..((....))..)))))))))... ( -37.24) >DroGri_CAF1 1368 120 - 1 GACAUAGUCUGUGCCCGAUCGUACAAUCGAUGAAGCGCCAAAUUGCUCAGCUUGACCAGCAAUAUAGUGCUGCUGGUCAGCACACAGUACAGGCACCAGGUCAGCCAUGUGCUCGGAAAG ((((((((((((((.((((......)))).(((.(((......))))))(((.((((((((.........))))))))))).....))))))))....((....)).)))).))...... ( -39.10) >DroWil_CAF1 1779 120 - 1 GACAUGGUCUGCGCUCUGUCGUAGAGCCGAUGGAGAGCCAAAUUGGCCACCUUCACCAUCAGAAUGGUGAGGCUGGUGACAAAGCAAUACACAAACCAUGUCAGCCAAGUGCUUGGAAAA ((((((((.((.(((((((((......)))))))).((.....(.((((.(((((((((....))))))))).)))).)....))....).)).))))))))..((((....)))).... ( -46.20) >DroMoj_CAF1 1729 120 - 1 GACAUGGUUUGGGCCCGAUCGUAGAGGCGAUGCAAUGCCAAAUUCGCCAGCUUCACCAUCAAUAUGGUGCAGCUGGUUAACACGCAAUACAGACACCAGGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAA .(((((((...((((.((((((....)))))....(((.......(((((((.((((((....)))))).)))))))......)))..........).)))).))))))).......... ( -39.32) >DroAna_CAF1 5992 120 - 1 GACAUGGUCUGCGCCCGGUCGUAAAGCCGAUGCAGUGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUUAGAAUGGUAAGGCUGGUGAGCAUGCAGUACAGGCACCAUGUUAGCCAUGUGCUGGGAAAG ....(((((((((..((((......)))).))))).))))(.((.((((((((((((((....)))))))))))))).))).(.((((((((((.........))).))))))).).... ( -52.70) >consensus GACAUGGUCUGCGCCCGAUCGUAGAGCCGAUGCAGCGCCAAAUUGGCCAGCUUUACCAUCAAUAUGGUGAAGCUGGUUAGCACGCAAUACAGGCACCAGGUCAGCCAUGUGCUCGGAAAG (((.((((..((((...((((......))))...)))).......(((((((.(((((......))))).))))))).................)))).)))..((........)).... (-22.83 = -23.70 + 0.87)
Location | 2,082,115 – 2,082,235 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.94 |
Mean single sequence MFE | -41.04 |
Consensus MFE | -26.63 |
Energy contribution | -27.88 |
Covariance contribution | 1.26 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.579767 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2082115 120 - 22224390 CUUGGUGACCUUCACGAACUGCCCCUUUAGGUUCCCCUCGGACAUGGUCUGUGCGCGAUCGUAGAGCCUGUGCAGCGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUCAGUAUGGUUAAGCUCGUUAU .((((((........(((((.........))))).....(.(((.((.((.((((....)))).))))))).)..))))))..((((.(((((.(((((....))))).))))).)))). ( -34.90) >DroVir_CAF1 1446 120 - 1 CUUGGUGACUUUAAAGAAUUGACUCUUUAGAUUCACCUCGGACAUCGUCUGCGCCCGAUCGUACAGCCGGUGCAGCGCCAAAUUGAUAAGCUUUACCAGCAAUAUGGUGCCGCUGGUUAG ...(((((.((((((((......)))))))).)))))((((....((....)).))))......((((((((..((((((.((((..............)))).)))))))))))))).. ( -39.14) >DroGri_CAF1 1408 120 - 1 CUUGGUGACCUUGAAGAACUGACUCUUGAGAUUCACCUCGGACAUAGUCUGUGCCCGAUCGUACAAUCGAUGAAGCGCCAAAUUGCUCAGCUUGACCAGCAAUAUAGUGCUGCUGGUCAG ...(((((..((.((((......)))).))..)))))((((.(((.....))).))))(((......)))(((.(((......))))))...(((((((((.........))))))))). ( -35.30) >DroWil_CAF1 1819 120 - 1 CUUGGUGACCUUGAAGAACUGACUCUUUAGAUUCACCUCGGACAUGGUCUGCGCUCUGUCGUAGAGCCGAUGGAGAGCCAAAUUGGCCACCUUCACCAUCAGAAUGGUGAGGCUGGUGAC ...(((((..(((((((......)))))))..)))))..((((...))))((.((((((((......)))))))).)).......((((.(((((((((....))))))))).))))... ( -44.10) >DroMoj_CAF1 1769 120 - 1 CUUGGUGACCUUGAAGAAGUGACUCUUCAGAUUCACCUCGGACAUGGUUUGGGCCCGAUCGUAGAGGCGAUGCAAUGCCAAAUUCGCCAGCUUCACCAUCAAUAUGGUGCAGCUGGUUAA ...(((((..(((((((......)))))))..)))))..(((..((((....((...(((((....)))))))...))))..)))(((((((.((((((....)))))).)))))))... ( -45.70) >DroAna_CAF1 6032 120 - 1 CUUGGUGACCUUGAAGAACUGCCCCUUCAGAUUGACCUCGGACAUGGUCUGCGCCCGGUCGUAAAGCCGAUGCAGUGCCAGAUUGGCCAGCUUUACCAUUAGAAUGGUAAGGCUGGUGAG ...(((.(..((((((........))))))..).))).......(((((((((..((((......)))).))))).))))...(.((((((((((((((....)))))))))))))).). ( -47.10) >consensus CUUGGUGACCUUGAAGAACUGACUCUUUAGAUUCACCUCGGACAUGGUCUGCGCCCGAUCGUAGAGCCGAUGCAGCGCCAAAUUGGCCAGCUUUACCAUCAAUAUGGUGAAGCUGGUUAG ...(((((..((((((........))))))..)))))..((((...))))((((...((((......))))...)))).......(((((((.(((((......))))).)))))))... (-26.63 = -27.88 + 1.26)
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