Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,078,947 – 2,079,052 |
Length | 105 |
Max. P | 0.738458 |
Location | 2,078,947 – 2,079,052 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.30 |
Mean single sequence MFE | -26.88 |
Consensus MFE | -22.25 |
Energy contribution | -22.92 |
Covariance contribution | 0.67 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.08 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.44 |
SVM RNA-class probability | 0.738458 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2078947 105 + 22224390 CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCUCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC (((.((((.--------------....(((.....)))((((((...(((((.......)))))....))))))))))........(((((((...............)))))))))). ( -25.86) >DroSec_CAF1 2403 105 + 1 CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGUGUUACGUGC (((.(((..--------------....(((.....))).(((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))).............)))....))). ( -25.50) >DroSim_CAF1 4750 105 + 1 CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGUGUUACGUGC (((.(((..--------------....(((.....))).(((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))).............)))....))). ( -25.50) >DroEre_CAF1 2455 105 + 1 CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAUAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC (((.(((..--------------....(((.....))).(((((.(((((.(((((((.(((((((...)))))))..))))))))))))))))).............)))....))). ( -29.10) >DroYak_CAF1 5146 105 + 1 CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUAUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC (((.(((..--------------....(((.....)))((((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))))............)))....))). ( -28.80) >DroAna_CAF1 2849 111 + 1 CACCCGCAAAUCGCAAAUUGCAAAUCUUGCAAAUCGCUAGUACGAUUGCAUAACACAAAUAUGAACCAUAUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAU--------UUCUAGCGUUACGUGC ....(((..((((((...(((......(((((.(((......))))))))........(((((...))))))))))))))......(((((((..--------.....)))))))))). ( -26.50) >consensus CACCCGCAA______________AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC (((.(((....................(((.....))).(((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))).............)))....))). (-22.25 = -22.92 + 0.67)
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