Locus 7475

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,660,493 – 18,660,589
Length 96
Max. P 0.703740
window12263

overview

Window 3

Location 18,660,493 – 18,660,589
Length 96
Sequences 4
Columns 98
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.91
Mean single sequence MFE -18.73
Consensus MFE -17.41
Energy contribution -17.48
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.703740
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18660493 96 + 22224390
GGGAGUAUCUAUUAUAAUACGUACA--CAUGCAAACAUAUUAUGUAAAUGUAAGUAUUUGAAUAAUUGAGUGUAUGCAUAUGUAAAUAUUAAAUGCUU
..((((((.((.(((..((((((..--((((((..((.(((((.((((((....)))))).)))))))..))))))..)))))).))).)).)))))) ( -20.30)
>DroSec_CAF1 5562 96 + 1
GGGAGUAUCUAUUAUAAUACGUACA--CAUGCAAACAUAUUAUGUAAAUGUAAGUAUUUGAAUAAUUGAGUGUAUGCAUAUGUAAAUGUUAAAUGCUU
..((((((......(((((..((((--.(((((.(((((((((.((((((....)))))).)))))...)))).))))).))))..))))).)))))) ( -19.90)
>DroSim_CAF1 3761 96 + 1
GGGAGUAUCUAUUAUAAUACGUACA--CAUGCAAACAUAUUAUGUAAAUGUAAGUAUUUGAAUAAUUGAGUGUAUGCAUAUGUAAAUGUUAAAUGCUU
..((((((......(((((..((((--.(((((.(((((((((.((((((....)))))).)))))...)))).))))).))))..))))).)))))) ( -19.90)
>DroYak_CAF1 5768 97 + 1
-GGAGUAUCUAUUAUAAUACCUACACACAUGCAAACAUAUUAUGUAAAUGUAAGUAUUUGAUUAAUUGAGUGUAUGCAUAUGUAAAUGUUAAAUGCUU
-.((((((......(((((..((((...(((((.((((((((..((((((....))))))..))))...)))).))))).))))..))))).)))))) ( -14.80)
>consensus
GGGAGUAUCUAUUAUAAUACGUACA__CAUGCAAACAUAUUAUGUAAAUGUAAGUAUUUGAAUAAUUGAGUGUAUGCAUAUGUAAAUGUUAAAUGCUU
..((((((......(((((..((((...(((((.(((((((((.((((((....)))))).)))))...)))).))))).))))..))))).)))))) (-17.41 = -17.48 +   0.06)

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secondary structure

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