Locus 7455

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,612,086 – 18,612,256
Length 170
Max. P 0.998189
window12225 window12226 window12227 window12228 window12229

overview

Window 5

Location 18,612,086 – 18,612,198
Length 112
Sequences 5
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.85
Mean single sequence MFE -40.38
Consensus MFE -30.33
Energy contribution -32.22
Covariance contribution 1.89
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -4.01
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 3.03
SVM RNA-class probability 0.998189
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18612086 112 + 22224390
GAUGCAUCGCCGGCCCGCUCAUUGCCAGAUAUCGAUGGA--UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUAUAUCUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA
............((((((((((((((((.....((((.(--(.(((((((((...))))))))).)).))))...))))))))).)))((((.........))))....)))). ( -46.30)
>DroSec_CAF1 73199 112 + 1
GAUGCAUCGCCGGCCCGCUCAUUGCCAGAUAUCGAUGGA--UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUACACAUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA
............((((((((((((((((......(((.(--(.(((((((((...))))))))).))...)))..))))))))).)))((((.........))))....)))). ( -44.90)
>DroSim_CAF1 71547 112 + 1
GAUGCAUCGCCGGCCCGCUCAUUGCCAGAUAUCGAUGGA--UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUACAUAUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA
............((((((((((((((((......(((.(--(.(((((((((...))))))))).)).)))....))))))))).)))((((.........))))....)))). ( -45.80)
>DroEre_CAF1 59562 98 + 1
GAUGCAUCGCCGGCUCGCUCAUUGCCAGAUAUCGAUGGA------------UAU---ACACCUAUGUAUAUAAA-GUGGCAAUGCAACGUGCUGUAUGAAUGCACAUAUGGGCA
........((((((.((..(((((((((....).....(------------(((---(((....)))))))...-.))))))))...)).)))(((((......))))).))). ( -27.70)
>DroYak_CAF1 64199 110 + 1
GAUGCAUCGCCGGUCCGCUCAUUGCCAGAUAUCGAUGGAGCUAUAUCCAUCUAU---AUACAUAUAGAUAUAUA-CUGGCAAUGCAAUGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA
............((((...((((((((((((((((((((......))))))(((---(....)))))))))...-)))))))))..(((((.((((....))))))))))))). ( -37.20)
>consensus
GAUGCAUCGCCGGCCCGCUCAUUGCCAGAUAUCGAUGGA__UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUAUAUAUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA
............((((((((((((((((......(((......((((((((.....))))))))....)))....))))))))).)))((((.........))))....)))). (-30.33 = -32.22 +   1.89)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 18,612,086 – 18,612,198
Length 112
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.85
Mean single sequence MFE -42.30
Consensus MFE -30.75
Energy contribution -33.48
Covariance contribution 2.73
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -4.61
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 2.94
SVM RNA-class probability 0.997826
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18612086 112 - 22224390
UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAGAUAUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA--UCCAUCGAUAUCUGGCAAUGAGCGGGCCGGCGAUGCAUC
.(((..((((((....))))))((.((((.(((((((((...(((..((((((((((((...)))))))))))--)..))).....))))))))))))).)).)))........ ( -48.10)
>DroSec_CAF1 73199 112 - 1
UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAUGUGUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA--UCCAUCGAUAUCUGGCAAUGAGCGGGCCGGCGAUGCAUC
.(((..((((((....))))))((.((((.(((((((((.((((((.((((((((((((...)))))))))))--).)))..))).))))))))))))).)).)))........ ( -49.20)
>DroSim_CAF1 71547 112 - 1
UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAUAUGUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA--UCCAUCGAUAUCUGGCAAUGAGCGGGCCGGCGAUGCAUC
.(((..((((((....))))))((.((((.(((((((((.((((((.((((((((((((...)))))))))))--).)))..))).))))))))))))).)).)))........ ( -48.90)
>DroEre_CAF1 59562 98 - 1
UGCCCAUAUGUGCAUUCAUACAGCACGUUGCAUUGCCAC-UUUAUAUACAUAGGUGU---AUA------------UCCAUCGAUAUCUGGCAAUGAGCGAGCCGGCGAUGCAUC
.......((((((.........))))))(((((((((..-..(((((((....))))---)))------------.............(((.........)))))))))))).. ( -29.10)
>DroYak_CAF1 64199 110 - 1
UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACAUUGCAUUGCCAG-UAUAUAUCUAUAUGUAU---AUAGAUGGAUAUAGCUCCAUCGAUAUCUGGCAAUGAGCGGACCGGCGAUGCAUC
.(((...((((((.........))))))..(((((((((-(((((((......))))---)))((((((......)))))).....)))))))))........)))........ ( -36.20)
>consensus
UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAUAUAUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA__UCCAUCGAUAUCUGGCAAUGAGCGGGCCGGCGAUGCAUC
.(((..((((((....))))))((.((((.(((((((((.(((.....((((((((((.....)))))))))).........))).))))))))))))).)).)))........ (-30.75 = -33.48 +   2.73)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 18,612,125 – 18,612,234
Length 109
Sequences 4
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.91
Mean single sequence MFE -28.00
Consensus MFE -18.98
Energy contribution -20.10
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.34
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.86
SVM RNA-class probability 0.869752
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18612125 109 + 22224390
-UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUAUAUCUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA----UAUAUGGCUCAUUACGUACGAAUCCACAUAUAUAGA
-..(((((((((...))))))))).((((((...((((......))))(((.((((((((((..(.((((....----..)))))..)))).))))))....)))))))))... ( -27.40)
>DroSec_CAF1 73238 107 + 1
-UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUACACAUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA----UAUAUGGCUCAUUACGUACGAAUCCACAUAGAUA--
-..(((((((((...)))))))))(((((((((.((((......))))))).))))))..(((....((((((.----......))))))...)))................-- ( -28.90)
>DroSim_CAF1 71586 109 + 1
-UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUACAUAUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA----UAUAUGGCUCACUACGUACGAAUCCGCAUAGAUAGA
-..(((((((((...)))))))))....((((((((..((......))..)))))))).((((.....(((((.----......)))))...(....).....))))....... ( -29.00)
>DroYak_CAF1 64239 108 + 1
CUAUAUCCAUCUAU---AUACAUAUAGAUAUAUA-CUGGCAAUGCAAUGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCAUACAUAUAUGGCUCAUUACGUACGAGUCCGCAUUGAAA--
.(((((..((((((---(....))))))))))))-....((((((.(((((.((((((.(((....)))...)))))))))))(((((.........))))).))))))...-- ( -26.70)
>consensus
_UAUAGCUAUAGAUACUAUAGCUACAUACAUAUAGCUGGCAAUGCAGCGUGCUGUAUGAAUGCACACAUGGGCA____UAUAUGGCUCAUUACGUACGAAUCCACAUAGAUA__
...(((((((((...)))))))))..........((((......))))(.((((((((..(((........)))....)))))))).).......................... (-18.98 = -20.10 +   1.12)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 18,612,125 – 18,612,234
Length 109
Sequences 4
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.91
Mean single sequence MFE -31.78
Consensus MFE -25.33
Energy contribution -25.08
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -3.06
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 2.30
SVM RNA-class probability 0.992059
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18612125 109 - 22224390
UCUAUAUAUGUGGAUUCGUACGUAAUGAGCCAUAUA----UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAGAUAUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA-
(((((((((((((.(((((.....))))))))))))----)).......((((.........))))((((......))))))))....(((((((((((...)))))))))))- ( -33.20)
>DroSec_CAF1 73238 107 - 1
--UAUCUAUGUGGAUUCGUACGUAAUGAGCCAUAUA----UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAUGUGUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA-
--....(((((((.(((((.....))))))))))))----(((.((((.((((.........))))((((......)))))))).)))(((((((((((...)))))))))))- ( -33.10)
>DroSim_CAF1 71586 109 - 1
UCUAUCUAUGCGGAUUCGUACGUAGUGAGCCAUAUA----UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAUAUGUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA-
...((((....)))).((((((((...(((.....(----(((....((((((.........)))))).)))).....))).))))))))(((((((((...)))))))))..- ( -32.30)
>DroYak_CAF1 64239 108 - 1
--UUUCAAUGCGGACUCGUACGUAAUGAGCCAUAUAUGUAUGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACAUUGCAUUGCCAG-UAUAUAUCUAUAUGUAU---AUAGAUGGAUAUAG
--...((((((((...(((((((((((...))).)))))))).))..((((((.........)))))).))))))...(-(((.((((((((....)---))))))).)))).. ( -28.50)
>consensus
__UAUCUAUGCGGAUUCGUACGUAAUGAGCCAUAUA____UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUUGCCAGCUAUAUAUAUGUAGCUAUAGUAUCUAUAGCUAUA_
.......((((((.(((((.....))))))))))).....(((....((((((.........)))))).)))................(((((((((((...))))))))))). (-25.33 = -25.08 +  -0.25)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 18,612,164 – 18,612,256
Length 92
Sequences 4
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.94
Mean single sequence MFE -22.55
Consensus MFE -16.70
Energy contribution -16.45
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 1.41
SVM RNA-class probability 0.951159
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18612164 92 - 22224390
AUGUAC--AUAUGUAUUAUAUCUAUCUAUAUAUGUGGAUUCGUACGUAAUGAGCCAUAUA----UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUU
((((((--(((((...((((......))))(((((((.(((((.....))))))))))))----....))))))))))).....(((....))).... ( -23.30)
>DroSec_CAF1 73277 83 - 1
----AC--GUAUGUAU-CUAUC----UAUCUAUGUGGAUUCGUACGUAAUGAGCCAUAUA----UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUU
----((--(((((.((-((((.----.......)))))).)))))))............(----(((....((((((.........)))))).)))). ( -22.90)
>DroSim_CAF1 71625 87 - 1
----AC--GUAUGUAU-CUAUCUAUCUAUCUAUGCGGAUUCGUACGUAGUGAGCCAUAUA----UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUU
----..--(((((.((-(..(.((......)).)..))).)))))((((((.((..((((----(((.(....).))))..)))..)).))))))... ( -19.80)
>DroYak_CAF1 64275 89 - 1
----AUAGAUAUGUAC-ACAUG----UUUCAAUGCGGACUCGUACGUAAUGAGCCAUAUAUGUAUGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACAUUGCAUU
----...((.((((((-(((((----.((((.((((........)))).)))).((((....))))..))))))))))))).....((.....))... ( -24.20)
>consensus
____AC__AUAUGUAU_AUAUC____UAUCUAUGCGGAUUCGUACGUAAUGAGCCAUAUA____UGCCCAUGUGUGCAUUCAUACAGCACGCUGCAUU
..........(((((................((((((.(((((.....)))))))))))............((((((.........))))))))))). (-16.70 = -16.45 +  -0.25)

alignment

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secondary structure

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