Locus 7432

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,545,350 – 18,545,467
Length 117
Max. P 0.941904
window12191 window12192

overview

Window 1

Location 18,545,350 – 18,545,467
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.43
Mean single sequence MFE -52.98
Consensus MFE -37.27
Energy contribution -37.50
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.68
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.862795
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18545350 117 + 22224390
CUACUGCAGGACCACUGCGUCCAGCUGGCGGAUGAGGAUCAGUGCAGGGUGGAGGUGUCUCCGCUCACCUUCCUCACCGCCAGCAGGAAUGGCAUUUGGCUGAGUUUCAAGAGAAGG---
..(((.(((..(((.(((.(((.((((((((.((((((...(((...(((((((....))))))))))..)))))))))))))).)))...)))..)))))))))............--- ( -52.00)
>DroPse_CAF1 16702 120 + 1
CUGCUCCGGGACUACUCCUUCUCUCUCGCAGAUCAAGCUCAAGAUCCGGUGCAGGUCUCGCCGCUCACCUUCCUGACGGCCAGUAAGCACGGAAUUUGGCUGCAGCUCCAAAAGCGAUAG
((((...((((........))))....))))(((.(((.((((.((((.(((....((.((((.(((......))))))).))...))))))).)))))))...(((.....)))))).. ( -35.30)
>DroSec_CAF1 10166 117 + 1
CUCCUGCAGGACCACUGCGUCCUGCUGGCGGAUGAGGAUCAGUGCAGGGUGGAGGUGUCUCCGCUCACCUUCCUCACCGCCAGCAGAAAAGGCAUUUGGCUGCGUUUCAAGAGAAGG---
(((..((((.....))))...((((((((((.((((((...(((...(((((((....))))))))))..)))))))))))))))).(((.(((......))).)))...)))....--- ( -54.80)
>DroSim_CAF1 10226 117 + 1
CUCCUGCAGGACCACUGCGUCCUGCUGGCGGAUGAGGAUCAGUGCAGGGUGGAGGUGUCUCCGCUCACCUUCCUCACCGCCAGCAGAAAAGGCAUUUGGCUGCGUUUCAAGAGAAGG---
(((..((((.....))))...((((((((((.((((((...(((...(((((((....))))))))))..)))))))))))))))).(((.(((......))).)))...)))....--- ( -54.80)
>DroEre_CAF1 2628 117 + 1
CUCCUGCAGGAGCACUGCGUCCUGCUGGCGGAUGAGGACGAGUGCGGAGUGGAGGUGUCGCCGCGCACUUUCCUCACCGCCAGCAGCAAGGGCAUUUGGCUGCGUUUCCAGAGGAGG---
((((.((((.....))))(((((((((((((.((((((.(((((((..((((.....))))..)))))))))))))))))))))....))))).(((((........))))))))).--- ( -61.90)
>DroYak_CAF1 2695 117 + 1
CUGCUGCAGGAUCACUGCGUCCUGCUGGCGGAUGAGGGGCAGUGCAGGGUGGAGGUGUCGCCGCUCACUUUCCUCACCGCCAGCAGGAAGGGCAUUUGGCUGCGUUUUGAGAGAAGG---
.((((((((.....)))).((((((((((((.(((((((.((((.(((((((.....))))).)))))))))))))))))))))))))..))))..........((((....)))).--- ( -59.10)
>consensus
CUCCUGCAGGACCACUGCGUCCUGCUGGCGGAUGAGGAUCAGUGCAGGGUGGAGGUGUCGCCGCUCACCUUCCUCACCGCCAGCAGGAAAGGCAUUUGGCUGCGUUUCAAGAGAAGG___
.....((((.....))))(((((((((((((.((((((........(((((..((.....))...)))))))))))))))))))))....)))........................... (-37.27 = -37.50 +   0.23)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 18,545,350 – 18,545,467
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.43
Mean single sequence MFE -52.73
Consensus MFE -38.56
Energy contribution -38.35
Covariance contribution -0.21
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -3.60
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.32
SVM RNA-class probability 0.941904
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18545350 117 - 22224390
---CCUUCUCUUGAAACUCAGCCAAAUGCCAUUCCUGCUGGCGGUGAGGAAGGUGAGCGGAGACACCUCCACCCUGCACUGAUCCUCAUCCGCCAGCUGGACGCAGUGGUCCUGCAGUAG
---..(((....)))(((((((((..(((...(((.((((((((((((((.((((.(.((((....)))).)....))))..)))))).)))))))).))).))).)))..))).))).. ( -51.00)
>DroPse_CAF1 16702 120 - 1
CUAUCGCUUUUGGAGCUGCAGCCAAAUUCCGUGCUUACUGGCCGUCAGGAAGGUGAGCGGCGAGACCUGCACCGGAUCUUGAGCUUGAUCUGCGAGAGAGAAGGAGUAGUCCCGGAGCAG
.....((((..(((.((((((((((..((((((((((((..((....))..))))))))(((.....)))..))))..))).)))...(((.(....))))....)))))))..)))).. ( -44.20)
>DroSec_CAF1 10166 117 - 1
---CCUUCUCUUGAAACGCAGCCAAAUGCCUUUUCUGCUGGCGGUGAGGAAGGUGAGCGGAGACACCUCCACCCUGCACUGAUCCUCAUCCGCCAGCAGGACGCAGUGGUCCUGCAGGAG
---....((((((.......((((..(((...((((((((((((((((((.((((.(.((((....)))).)....))))..)))))).)))))))))))).))).))))....)))))) ( -56.00)
>DroSim_CAF1 10226 117 - 1
---CCUUCUCUUGAAACGCAGCCAAAUGCCUUUUCUGCUGGCGGUGAGGAAGGUGAGCGGAGACACCUCCACCCUGCACUGAUCCUCAUCCGCCAGCAGGACGCAGUGGUCCUGCAGGAG
---....((((((.......((((..(((...((((((((((((((((((.((((.(.((((....)))).)....))))..)))))).)))))))))))).))).))))....)))))) ( -56.00)
>DroEre_CAF1 2628 117 - 1
---CCUCCUCUGGAAACGCAGCCAAAUGCCCUUGCUGCUGGCGGUGAGGAAAGUGCGCGGCGACACCUCCACUCCGCACUCGUCCUCAUCCGCCAGCAGGACGCAGUGCUCCUGCAGGAG
---.(((((..(....)((((.....(((...(.((((((((((((((((.((((((.((.(.......).)).))))))..)))))).)))))))))).).)))......))))))))) ( -58.00)
>DroYak_CAF1 2695 117 - 1
---CCUUCUCUCAAAACGCAGCCAAAUGCCCUUCCUGCUGGCGGUGAGGAAAGUGAGCGGCGACACCUCCACCCUGCACUGCCCCUCAUCCGCCAGCAGGACGCAGUGAUCCUGCAGCAG
---..............((((.....(((...(((((((((((((((((..((((((.((.(.......).)))).))))...))))).)))))))))))).)))......))))..... ( -51.20)
>consensus
___CCUUCUCUUGAAACGCAGCCAAAUGCCCUUCCUGCUGGCGGUGAGGAAGGUGAGCGGAGACACCUCCACCCUGCACUGAUCCUCAUCCGCCAGCAGGACGCAGUGGUCCUGCAGGAG
.................((((.....(((...(((((((((((((((((..((((...((.(.......).))...))))...))))).)))))))))))).)))......))))..... (-38.56 = -38.35 +  -0.21)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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