Locus 743

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	2,016,962 – 2,017,082
Length	120
Max. P	0.926186

overview

Window 3

Location	2,016,962 – 2,017,082
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.50
Mean single sequence MFE	-44.60
Consensus MFE	-27.01
Energy contribution	-26.99
Covariance contribution	-0.02
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-1.51
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.652229
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2016962 120 + 22224390
GUGGCCAUGGCCGACCAGCGGCAGCACGGGAGGACCCGGCAUGUAGCUGAUGAGGUCAAUCAGCCGCUUGAAUUUUAGAUGGUAGAGCAGCAGGCCCACGAAGAGGGCGCUGGCCAGGAU
.(((((((((((...((((.(((((.((((....)))))).))).))))....)))))....((.((((..(((......))).)))).))..((((.......))))..)))))).... ( -48.90)
>DroVir_CAF1 7147 120 + 1
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.((((((((.(((......(((((.((......))))))).....((..((((((....((((.(......).))))...))).)))..)).............))))).)))))).... ( -39.90)
>DroPse_CAF1 6411 120 + 1
AUGGCCAUGCCCCACCAGCGGCAGAACCGGGGGGCCCGGCAUAUAGCUGAUCACCUCAAUCACACGCUUGAACUUGAGCUGGUAGACCAGCAGGGCCACAAAUAGGCCGCUGGCCAGCAA
...(((..(((((.((...((.....)))))))))..))).....((((((((.((((((((......)))..))))).))))...(((((..((((.......))))))))).)))).. ( -46.80)
>DroWil_CAF1 1923 120 + 1
AUGGGCAUGACCCACUAGAGGCAAUGUUGGUGGUCCCGGCAUAUAGCUGAUCACAUCGAUAAUAUGCUUGUAUUUCAACUGAUAGAGUAGUAGGCCAGCAAAUAUGGCGCUGGCCAAAAC
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>DroAna_CAF1 1621 120 + 1
GUGGCCAUGACCCACCAGCGGCAGGGCGGGCGGACCCGGCAUGUAGCUGAUGAUGUUGAUCAGGCGCUUGAACUUGAGCUGGUAGAGCAGCAGGCCCACAAAGAGGGCGCUGGCCAGGAC
.((((((((..(.((((((..((((.((((((..((((((.....)))).((((....))))))))))))..)))).)))))).)..))((..((((.......)))))))))))).... ( -47.70)
>DroPer_CAF1 6526 120 + 1
AUGGCCAUGCCCCACCAGCGGCAGAACCGGGGGGCCCGGCAUAUAGCUGAUCACCUCAAUCACACGCUUGAACUUGAGCUGGUAGACCAGCAGGGCCACAAAUAGGCCGCUGGCCAGCAA
...(((..(((((.((...((.....)))))))))..))).....((((((((.((((((((......)))..))))).))))...(((((..((((.......))))))))).)))).. ( -46.80)
>consensus
AUGGCCAUGACCCACCAGCGGCAGAACCGGCGGGCCCGGCAUAUAGCUGAUCACCUCAAUCAGACGCUUGAACUUGAGCUGGUAGAGCAGCAGGCCCACAAAGAGGGCGCUGGCCAGGAA
.((((((.........((((........((((....((((.....))))....)))).......)))).........((((......))))..((((.......))))..)))))).... (-27.01 = -26.99 +  -0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	2,016,962 – 2,017,082
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.50
Mean single sequence MFE	-46.22
Consensus MFE	-29.33
Energy contribution	-29.45
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.926186
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2016962 120 - 22224390
AUCCUGGCCAGCGCCCUCUUCGUGGGCCUGCUGCUCUACCAUCUAAAAUUCAAGCGGCUGAUUGACCUCAUCAGCUACAUGCCGGGUCCUCCCGUGCUGCCGCUGGUCGGCCAUGGCCAC
.....(((((((((((.......)))).....((...................(..((((((.(....)))))))..)..((((((....)))).)).)).)))))))(((....))).. ( -46.40)
>DroVir_CAF1 7147 120 - 1
UUCUUGGCCAGCGCCCUCUUUUUGGGUUUGCUCAUCUACCAGCUGAAGUUCAAGCAUCUCAUCGAGGUGACUCGCGAUUUGGCCAGCCCGCCUGCGUGGCCGCUAUUGGGUCAUGGCCAU
....((((((..((((.......(((((.(((.(((.....(((........))).......((((....)))).)))..))).)))))(((.....))).......))))..)))))). ( -44.80)
>DroPse_CAF1 6411 120 - 1
UUGCUGGCCAGCGGCCUAUUUGUGGCCCUGCUGGUCUACCAGCUCAAGUUCAAGCGUGUGAUUGAGGUGAUCAGCUAUAUGCCGGGCCCCCCGGUUCUGCCGCUGGUGGGGCAUGGCCAU
..((((((((((((((.......))))..))))))....((.(((((...((....))...))))).))..)))).....((((.((((((((((......))))).))))).))))... ( -54.80)
>DroWil_CAF1 1923 120 - 1
GUUUUGGCCAGCGCCAUAUUUGCUGGCCUACUACUCUAUCAGUUGAAAUACAAGCAUAUUAUCGAUGUGAUCAGCUAUAUGCCGGGACCACCAACAUUGCCUCUAGUGGGUCAUGCCCAU
((...((((((((.......)))))))).))..........((((.....(..((((((....(((...)))....))))))..)......))))..........(((((.....))))) ( -30.10)
>DroAna_CAF1 1621 120 - 1
GUCCUGGCCAGCGCCCUCUUUGUGGGCCUGCUGCUCUACCAGCUCAAGUUCAAGCGCCUGAUCAACAUCAUCAGCUACAUGCCGGGUCCGCCCGCCCUGCCGCUGGUGGGUCAUGGCCAC
....((((((((((((.......))))..))((..((((((((.........(((...((((....))))...)))....((.((((......)))).)).))))))))..)))))))). ( -46.40)
>DroPer_CAF1 6526 120 - 1
UUGCUGGCCAGCGGCCUAUUUGUGGCCCUGCUGGUCUACCAGCUCAAGUUCAAGCGUGUGAUUGAGGUGAUCAGCUAUAUGCCGGGCCCCCCGGUUCUGCCGCUGGUGGGGCAUGGCCAU
..((((((((((((((.......))))..))))))....((.(((((...((....))...))))).))..)))).....((((.((((((((((......))))).))))).))))... ( -54.80)
>consensus
UUCCUGGCCAGCGCCCUAUUUGUGGGCCUGCUGCUCUACCAGCUCAAGUUCAAGCGUCUGAUCGAGGUGAUCAGCUAUAUGCCGGGCCCCCCCGCGCUGCCGCUGGUGGGUCAUGGCCAU
....((((((((((((.......))))..))((.(((((((((.........(((...((((....))))...)))....(.(((((......)).))).)))))))))).)))))))). (-29.33 = -29.45 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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