Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,494,199 – 18,494,319 |
Length | 120 |
Max. P | 0.611603 |
Location | 18,494,199 – 18,494,319 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.67 |
Mean single sequence MFE | -57.28 |
Consensus MFE | -25.23 |
Energy contribution | -27.12 |
Covariance contribution | 1.89 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.44 |
SVM decision value | 0.16 |
SVM RNA-class probability | 0.611603 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 18494199 120 + 22224390 UGUUGCGGCAACGUUCCUGUCAGCUGCUGCGCCUGCUGGCCCGCUUCAGCCUGCGCGGCGUGCAGCGCAUAUGGAAUGGAGAGCUGCGAUUUGCGCUGCAACAACUCUCUGAGCACCACU (((((((((..(((((((((..(((((.((((((((.(((........))).))).))))))))))..))).))))))....((........)))))))))))................. ( -51.90) >DroVir_CAF1 2429 120 + 1 UGUUGCGUCAGCGCGCCUGUCAAAUGCUGUUGCUAUUGGCACGCUUUAGCCUGCGCGGCGUACAGUGCAUCUGGAGUGGGGAGCUGAAGAGUGCGCUCCAGGCGCUGGCCGAGCAGCAAA ((((((((((((((((((((...(((((((.((....(((........))).))))))))))))).))..((((((((....(((....))).))))))))))))))))...)))))).. ( -57.40) >DroPse_CAF1 2469 120 + 1 UGUUGCGCCAGCGGGCCUGCCAACUGCUCCGGCUGCUGGCCCGGUUCAGUCUCCGCGGUGUGCACUGCAUGUGGGGCGCCGACCUGAGGGGCGCCCUGCAGGCACUGGCCGACCAGCAGC .(((((((((((((.((.((.....))...)))))))))).((((.((((..(((((((....))))).((..(((((((.........)))))))..)))).))))))))....))))) ( -63.70) >DroEre_CAF1 2428 120 + 1 UGUUGCGGCAACGUUCCUGCCAACUCCUGCGCCUGCUGGCUCGCUUCAGCCUGCGCGGAGUGCAGCGUAUCUGGAAUGCGGAGCUGCGCUUUGCGCUGCAGCAGCUGUCUGAGCACCACU (((((((((...((((((((..(((((.((((..(((((......)))))..)))))))))...))).....)))))(((((((...))))))))))))))))(((.....)))...... ( -53.10) >DroMoj_CAF1 2453 120 + 1 UGCUGCGGCAGCGCGCCUGCCAGAUGCUGUUGCUCUUGGCACGCUUCAGUCUGCGCGGCGUGCAGUGCAUUUGGAGUGGCGAGCUGAAGAGCGCCCUGCAGGCGCUGGCCGAGCAGCAAA (((((((((.(((((((((((((..((....))..))))))(((........))).)))))))(((((...((.((.((((..(....)..)))))).)).))))).)))..)))))).. ( -61.90) >DroAna_CAF1 2333 120 + 1 UGUUGCGCCAGCGCGCCUGCCAACUGCUCCGCCUCCUGGCCCGCUUCAGUCUGCGCGGUGUGCAGCGUAUUUGGGGCGUGGAGCUGCGACAGGCGCUGCAGGAACUGGCCGACAACUACA (((((.(((((((((((((.(....((((((((....))).((((((((..(((((........))))).)))))))).)))))...).))))))).))......)))))))))...... ( -55.70) >consensus UGUUGCGGCAGCGCGCCUGCCAACUGCUGCGCCUGCUGGCCCGCUUCAGCCUGCGCGGCGUGCAGCGCAUCUGGAGUGGGGAGCUGAGGAGUGCGCUGCAGGAACUGGCCGAGCACCACA ((((..((((..((((((.......(((((((.....(((........))).)))))))..(((((((......(((.....))).......)))))))))))))))))..))))..... (-25.23 = -27.12 + 1.89)
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