Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,354,721 – 18,354,841 |
Length | 120 |
Max. P | 0.757578 |
Location | 18,354,721 – 18,354,841 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.58 |
Mean single sequence MFE | -58.26 |
Consensus MFE | -45.50 |
Energy contribution | -47.78 |
Covariance contribution | 2.28 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.49 |
SVM RNA-class probability | 0.757578 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 18354721 120 + 22224390 AGCGCCGAGGAGCAGAGGUCGGUGCCGUCUGAAGCGGUGGCCAGCAUGCCGGAGACGCUGCCCGCCACUGCGACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGACUGCACCGUGGCGGUGCUCAAGGUG ..((((...((((.(((.(((..((((((((..((((((((..(((.((.(....))))))..))))))))..))..))))))..))).).)).(((((......)))))))))..)))) ( -62.90) >DroSec_CAF1 7566 120 + 1 AGCGCCGAGGAGCAGAGGGCGGUGCCGUCUGAAGCGGUGGCCAGCAUGCCGGAGACGCUGCCCGCCACUGCGACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGACUGCACCGUGGCGGUGCUCAAGGUG (((((((.((.((((.((.((..((((((((..((((((((..(((.((.(....))))))..))))))))..))..))))))..))....))..)))).))....)))))))....... ( -61.50) >DroAna_CAF1 18028 111 + 1 ----ACCAGGAGUGGAG-----AGGCGUCUGAAGACCUGGCCAAGAUGCCGGAGACGCUGCCCGCGACAGCCACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGAUUGCACCGUCGCGGUGCUGAAGGUG ----(((....((((.(-----.(((((((......(((((......)))))))))))).)))))..((((.((.(((((((.((((.....))))....))))))).))))))..))). ( -49.80) >DroEre_CAF1 7133 120 + 1 AGUGCCGAGGAGCAGAGGGCGGUGCCGUCUGAAGCGGUGGCCAGCAUGCCGGAGACGCUGCCCGCAACUGCGACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGACUGCACCGUGGCGGUGCUCAAGGUG ...(((...((((.(.((((((((((((.....)))))(((......)))(....)))))))).).(((((.((((((.((..((((.....)))))))))))).)))))))))..))). ( -59.90) >DroYak_CAF1 6758 120 + 1 AGCGCCGAGGAGCAGAGGGCGGUGCCAUCUGAAACGGUGGCCAGCAUGCCGGAGACGCUGCCCGCAACUGCGACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGACUGCACCGUGGCGGUGCUAAAGGUG ..((((..((.((((..((((((((((((......))))))..)).))))(....).))))))(((.((((.((((((.((..((((.....)))))))))))).)))))))....)))) ( -57.20) >consensus AGCGCCGAGGAGCAGAGGGCGGUGCCGUCUGAAGCGGUGGCCAGCAUGCCGGAGACGCUGCCCGCAACUGCGACGGUGACGGCGUCGAGCAUCGACUGCACCGUGGCGGUGCUCAAGGUG ..((((...((((...((((((((((((.....)))))(((......)))(....))))))))...(((((.((((((.((..((((.....)))))))))))).)))))))))..)))) (-45.50 = -47.78 + 2.28)
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