Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,351,479 – 18,351,586 |
Length | 107 |
Max. P | 0.970469 |
Location | 18,351,479 – 18,351,586 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.13 |
Mean single sequence MFE | -46.75 |
Consensus MFE | -41.51 |
Energy contribution | -42.35 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.52 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.66 |
SVM RNA-class probability | 0.970469 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 18351479 107 + 22224390 -------AAAAUAACAUGUUGCGUUCAA---UUGGCCGCCAGUGGCGCUGUAGUGCUGCGUUUCAG---UGUGCAACGUUCCAGACGGCGCCCUCUGGCGGCGGACGCGUCAGCUCGUCC -------.........((.(((((((..---...((((((((.((((((((..((..(((((.(..---...).)))))..)).))))))))..))))))))))))))).))........ ( -48.70) >DroSec_CAF1 4387 105 + 1 -------AAA--CACAUGUUGCGUUCAA---UUGGCCGCCAGUGGCGCUGUAGUGCUGCGUUUCAG---UGUGCAACGUUCCAGACGGCGCCCUCUGGCGGCGGACGCGUCAGCUCGUCC -------...--....((.(((((((..---...((((((((.((((((((..((..(((((.(..---...).)))))..)).))))))))..))))))))))))))).))........ ( -48.70) >DroAna_CAF1 14936 109 + 1 A-ACA--AAA--CACAUGUUGCGUUCAA---UUGGCCGCCAGUGGCGCUGUAGUGCUGCGUUUCAG---UGUGCAACGUUCCAGACGGCGCCCUCUGGCGGCGGGCGUUCAAGCUCUGCC .-...--...--........((......---...((((((((.((((((((..((..(((((.(..---...).)))))..)).))))))))..))))))))((((......)))).)). ( -47.20) >DroSim_CAF1 3166 105 + 1 -------AAA--CACAUGUUGCGUUCAA---UUGGCCGCCAGUGGCGCUGUAGUGCUGCGUUUCAG---UGUGCAACGUUCCAGACGGCGCCCUCUGGCGGCGGACGCGUCAGCUCGUCC -------...--....((.(((((((..---...((((((((.((((((((..((..(((((.(..---...).)))))..)).))))))))..))))))))))))))).))........ ( -48.70) >DroWil_CAF1 1741 111 + 1 AUUUAAAAAAUUUCAAUGUUGCGUUCAGUAUUUGGCCGCCAGUGGCGCUGUAGUGCUACGUUUCAGUGGUGUGCAAUGUUCCAG------CCCUCUGGCGGCGAA---GUUGGUAAAACC .((((...((((((.....(((.....)))....((((((((.((.((((..(..((((......))))..).........)))------))).)))))))))))---)))..))))... ( -39.00) >DroYak_CAF1 3974 105 + 1 -------AAA--CACAUGUUGCGUUCAA---UUGGCCGCCAGUGGCGCUGUAGUGCUGCGUUUCAG---UGUGCAACGUUCCAGACGGCGCCCUCUGGCGGCGGGCGCGUCAGCUCGUCC -------...--....((.(((((((..---...((((((((.((((((((..((..(((((.(..---...).)))))..)).))))))))..))))))))))))))).))........ ( -48.20) >consensus _______AAA__CACAUGUUGCGUUCAA___UUGGCCGCCAGUGGCGCUGUAGUGCUGCGUUUCAG___UGUGCAACGUUCCAGACGGCGCCCUCUGGCGGCGGACGCGUCAGCUCGUCC ................((.(((((((........((((((((.((((((((..((..(((((.((......)).)))))..)).))))))))..))))))))))))))).))........ (-41.51 = -42.35 + 0.84)
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