Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,342,424 – 18,342,524 |
Length | 100 |
Max. P | 0.564160 |
Location | 18,342,424 – 18,342,524 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.13 |
Mean single sequence MFE | -45.78 |
Consensus MFE | -29.81 |
Energy contribution | -29.65 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.68 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.564160 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 18342424 100 - 22224390 CGGGACACGCUGUACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAAUGGCAUCGGAUGUGCUGCGGUCGGCGGUGAAAUGCUGACCGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG ((((((.(((((((((((.(((....)))((((((....)))))).)))))))..(((((((((......)))))))))..))))))))))......... ( -47.90) >DroVir_CAF1 21462 100 - 1 AGGGAUACGCGCUAUAUAACUGGAGCCGUGGUCUCCAAUGGCAUCGGCUGUGCCGAGGUUGGCGGCUCGAUGCUACAGGAGGGCGGCUCCGCGGUGGAUG .....(((.(((.........((((((((..(((((..(((((((((((((((....))..))))).))))))))..))))))))))))))))))).... ( -46.80) >DroSec_CAF1 20324 100 - 1 CGGGAUGCGCUGUACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAAUGGCAUCGGAUGUGCUGCGGUCGGCGGUGAAAUGCUGACCGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG (((..(.(((((.....))))).).)))....(((((.((((...(((..((((((((((((((......))))))))).)))))..)))))))))))). ( -46.80) >DroEre_CAF1 20031 100 - 1 CGGGAUGCGCUGUACAUCAGCGGCGCCGUGGUGUCCAACGGCAUCGGUUGUGCGGCGGUCGGCGGAGAUGCGCUAUCCGAUGGCGGUUCCGCGGUGGAUG .......(((((.....))))).((((((((.......((.((((((..(((((.(.(....).)...)))))...)))))).))...)))))))).... ( -43.40) >DroYak_CAF1 20188 100 - 1 CGGGAUGCGCUGAACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAACGGCAUCGGAUGUGCUGCCGUCGGCGGUGAGACGCUAACGGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG (((..(.(((((.....))))).).)))....(((((.((((...(((..(((((((((..(((......)))..)))).)))))..)))))))))))). ( -46.90) >DroMoj_CAF1 20504 100 - 1 AGGGAUACGCGGUAUAUUACGGGAGCCGUUGUCUCCAAUGGCAUCGGCUGCGCCGAGGUCGGUGGCAACAUGUUGCAGGAGGGCGGCUCCGCGGUGGAUG .......(((.(((...))).((((((((..(((((..((((.(((((...))))).))))(..((.....))..).))))))))))))))))....... ( -42.90) >consensus CGGGAUACGCUGUACAUCAGCGGAGCCGUGGUGUCCAAUGGCAUCGGAUGUGCUGCGGUCGGCGGUGAAAUGCUAACCGAUGGCGGUUCCGCCGUGGAUG ..............((((.((((((((((..((((...((((((.....)))))).((.(((((......))))).))))))))))))))))....)))) (-29.81 = -29.65 + -0.16)
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