Locus 7340

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,321,696 – 18,321,813
Length 117
Max. P 0.693739
window12026 window12027

overview

Window 6

Location 18,321,696 – 18,321,813
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.14
Mean single sequence MFE -49.45
Consensus MFE -35.07
Energy contribution -36.93
Covariance contribution 1.87
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.20
Structure conservation index 0.71
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.509925
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18321696 117 + 22224390
CAGCGACCUCCGCCCGGUCGCACCAGAUGGAGUACACUGCCCACGGAAGCCGGACAGGCGGCGCAGGUGCUGCUGUUGGAGAACCGCUGCAGCUCCCUUUCGCCGUCCAUCGGCUCC
..((((((.......))))))......(((.((.....))))).(((.(((((...(((((((.(((.(((((.((.((....)))).)))))..)))..)))))))..)))))))) ( -51.30)
>DroSec_CAF1 113 117 + 1
CAGCGCCCUCCGCCCGGUCGCACCAGAUGGAGUACACUGCCCACGGAAGCCGGACAGGCGGCACAGGUGCUGCUGUUGGAGAACCGCUGCAGCUCCCUUUCGCCGUCCAUCGGCUCC
(((.(..(((((.(.((.....)).).)))))..).))).....(((.(((((...((((((..(((.(((((.((.((....)))).)))))..)))...))))))..)))))))) ( -47.50)
>DroSim_CAF1 115 117 + 1
CAGCGACCUCCGCCCGGUCGCACCAGAUGGAGUACACUGCCCACGGUAGCCGGACAGGCGGCACAGGUGCUGCUGUUGGAGAACCGCUGCAGCUCCCUUUCGCCGUCCAUCGGUUCC
..((((((.......))))))(((.((((((((...(((((...)))))....)).(((((....((.(((((.((.((....)))).))))).))...))))).)))))))))... ( -49.50)
>DroEre_CAF1 113 117 + 1
CAACGACCUCCACCCGGGCGCACCAGAUGGAGUACACUGCUCACUGAAGCCGGGCAGGCGGCGCAGGUGCUGCUGUUGGAGAACCUCUGCAGUUCCCUGGCGCCGCCCAUCGGCUCC
....(..(((((.(.((.....)).).)))))..)............((((((...(((((((((((.(((((....((....))...)))))..))).))))))))..)))))).. ( -50.80)
>DroYak_CAF1 158 117 + 1
CAGCGACCACCACCUGGUCGCACCAGAUGGAGCACACUGCUCACGGAAGCCGGACAGGCGGCGCAGGUGCUGCUGUUGGAGAACCGCUGCAGCUCCCUGUCGCCGCCCAGCGGCUCC
..(((((((.....)))))))........((((.....))))..(((.((((....(((((((((((.(((((.((.((....)))).)))))..)))).)))))))...))))))) ( -61.90)
>DroMoj_CAF1 22557 111 + 1
CAACGCCUGCCGCUGGGGCGAAGCAAAUGAAGCACACUGGCCACGGCAGUGGGACACGGAGCACACGAGCUAGAAUUGCUGGCAA---UCAGAGC---AUUGGCAUGAAUGGGCUCC
....(((..(.((((.(((.(.((.......))....).))).)))).)..)).)..(((((.((...(((((.....)))))..---(((..((---....)).))).)).))))) ( -35.70)
>consensus
CAGCGACCUCCGCCCGGUCGCACCAGAUGGAGUACACUGCCCACGGAAGCCGGACAGGCGGCACAGGUGCUGCUGUUGGAGAACCGCUGCAGCUCCCUUUCGCCGUCCAUCGGCUCC
..((((((.......))))))..(((.((.....))))).....((.((((((...(((((((..((.(((((...(((....)))..))))).))....)))))))..)))))))) (-35.07 = -36.93 +   1.87)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 7

Location 18,321,696 – 18,321,813
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.14
Mean single sequence MFE -55.55
Consensus MFE -39.47
Energy contribution -40.67
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.693739
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18321696 117 - 22224390
GGAGCCGAUGGACGGCGAAAGGGAGCUGCAGCGGUUCUCCAACAGCAGCACCUGCGCCGCCUGUCCGGCUUCCGUGGGCAGUGUACUCCAUCUGGUGCGACCGGGCGGAGGUCGCUG
(((((((((((.(((((...(((.(((((...((....))....))))).))).))))).)))).)))))))......(((((..((((..((((.....))))..))))..))))) ( -58.50)
>DroSec_CAF1 113 117 - 1
GGAGCCGAUGGACGGCGAAAGGGAGCUGCAGCGGUUCUCCAACAGCAGCACCUGUGCCGCCUGUCCGGCUUCCGUGGGCAGUGUACUCCAUCUGGUGCGACCGGGCGGAGGGCGCUG
(((((((((((.(((((...(((.(((((...((....))....))))).))).))))).)))).)))))))......(((((..((((..((((.....))))..))))..))))) ( -59.00)
>DroSim_CAF1 115 117 - 1
GGAACCGAUGGACGGCGAAAGGGAGCUGCAGCGGUUCUCCAACAGCAGCACCUGUGCCGCCUGUCCGGCUACCGUGGGCAGUGUACUCCAUCUGGUGCGACCGGGCGGAGGUCGCUG
...(((((((((.((((...(((.(((((...((....))....))))).))).))))(((((((((.(....)))))))).))..)))))).)))((((((.......)))))).. ( -53.20)
>DroEre_CAF1 113 117 - 1
GGAGCCGAUGGGCGGCGCCAGGGAACUGCAGAGGUUCUCCAACAGCAGCACCUGCGCCGCCUGCCCGGCUUCAGUGAGCAGUGUACUCCAUCUGGUGCGCCCGGGUGGAGGUCGUUG
(((((((.((((((((((.(((...((((...((....))....))))..)))))))))))))..)))))))......(((((..((((((((((.....))))))))))..))))) ( -60.90)
>DroYak_CAF1 158 117 - 1
GGAGCCGCUGGGCGGCGACAGGGAGCUGCAGCGGUUCUCCAACAGCAGCACCUGCGCCGCCUGUCCGGCUUCCGUGAGCAGUGUGCUCCAUCUGGUGCGACCAGGUGGUGGUCGCUG
(((((((.(((((((((.((((..(((((...((....))....))))).)))))))))))))..)))))))(....)(((((.(((((((((((.....)))))))).)))))))) ( -66.60)
>DroMoj_CAF1 22557 111 - 1
GGAGCCCAUUCAUGCCAAU---GCUCUGA---UUGCCAGCAAUUCUAGCUCGUGUGCUCCGUGUCCCACUGCCGUGGCCAGUGUGCUUCAUUUGCUUCGCCCCAGCGGCAGGCGUUG
(((((.....((((.....---(((..((---(((....)))))..))).)))).)))))........(((((((((...(((.((.......))..))).))).))))))...... ( -35.10)
>consensus
GGAGCCGAUGGACGGCGAAAGGGAGCUGCAGCGGUUCUCCAACAGCAGCACCUGCGCCGCCUGUCCGGCUUCCGUGGGCAGUGUACUCCAUCUGGUGCGACCGGGCGGAGGUCGCUG
(((((((..((.(((((...(((.(((((...((....))....))))).))).)))))))....))))).)).....(((((..((((.(((((.....))))).))))..))))) (-39.47 = -40.67 +   1.20)

alignment

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