Locus 7302

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 18,202,026 – 18,202,126
Length 100
Max. P 0.766625
window11959

overview

Window 9

Location 18,202,026 – 18,202,126
Length 100
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.30
Mean single sequence MFE -34.79
Consensus MFE -20.98
Energy contribution -23.07
Covariance contribution 2.09
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.766625
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18202026 100 - 22224390
---GCGCGCUAUCAGCUGGAAUGGGAGCUUGUGUUAUCA-----------UGUCGGCGU----AGUUGCCGGAUAAUUAUGCACGACGGUCCCAACCAGUUGAGCUCUCUACGUGUGC
---((((((..((((((((..(((((.(((((((.....-----------..((((((.----...))))))........)))))).).))))).)))))))).........)))))) ( -42.26)
>DroPse_CAF1 101473 100 - 1
UUUGAGCGUAAUCAGUGGGAAUGGGGGCCACCGUUAUCAGCUAUUCAGAAUGUGGUUG------UUUGUUGGUUAAUUAUGCAUGG-GUCCGAAACCCGUUGAGCG-----------A
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>DroSec_CAF1 62319 100 - 1
---GCGCGCUAUCAGCUGGAAUGGAAGCUUGUGUUAUCA-----------UGUCGGCGU----AGUUGCCGGAUAAUUAUGCACGACGGCCCCAACCAGUUGAGCUCUCUAAGUGUGC
---(((((((.((((((((..(((..(((.(((....))-----------)((((((((----(((((.....))))))))).))))))).))).))))))))........))))))) ( -37.30)
>DroSim_CAF1 61460 100 - 1
---GCGCGCUAUCAGCUGGAAUGGGAGCUUGUGUUAUCA-----------UGUCGGCGU----AGUUGCCGGAUAAUUAUGCACGACGGCCCCAACCAGUUGAGCUCUCUAAGUGUGC
---(((((((.((((((((..((((.(((.(((....))-----------)((((((((----(((((.....))))))))).))))))))))).))))))))........))))))) ( -42.40)
>DroEre_CAF1 56210 104 - 1
---GUGCGCUAUCAGCUGAAAUGGGUGUUUGUGUUAUCA-----------UGUCGACGUAUGUACUUGCCGGAUAAUUAUGCACGACGGCCCCAACCAGUGGAGCGCUUUAAGUGUGC
---..(((((....((((....((((..((((((.....-----------((((...(((......)))..)))).....))))))..))))....))))..)))))........... ( -29.40)
>DroYak_CAF1 56312 99 - 1
---GCGCGCUAUCAGAUGGAAUGGA-ACUUGUGUUAUCA-----------UGUCGGCGU----AGUUGCCGGAUAAUUAUGCACGACGGCCCAAACCAGUUGAGCUCUUUAAGUGUGU
---(((((((.((((.(((..(((.-.(((((((.....-----------..((((((.----...))))))........)))))).)..)))..))).))))........))))))) ( -31.36)
>consensus
___GCGCGCUAUCAGCUGGAAUGGGAGCUUGUGUUAUCA___________UGUCGGCGU____AGUUGCCGGAUAAUUAUGCACGACGGCCCCAACCAGUUGAGCUCUCUAAGUGUGC
...(((((((.((((((((...(((...((((((..................((((((........))))))........))))))...)))...))))))))........))))))) (-20.98 = -23.07 +   2.09)

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