Locus 7193

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	18,009,694 – 18,009,835
Length	141
Max. P	0.984174

overview

Window 1

Location	18,009,694 – 18,009,807
Length	113
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.14
Mean single sequence MFE	-35.20
Consensus MFE	-26.06
Energy contribution	-26.99
Covariance contribution	0.94
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.52
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939488
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18009694 113 + 22224390
CG-------CAGCGGGCAGAGGCAGCGACAGAGGCGUCGACAUCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAAAAACACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUG
..-------(((...((((((.(.(((((......)))).)...((((((((((.(((((((..................)))))))))))...)))))).......).))))))..))) ( -33.57)
>DroSec_CAF1 21189 99 + 1
C-------------------GGCAGCGACAGAGGCGUCGGCAGCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA--ACACCAAAAUAGAUUUUGUAUCUG
.-------------------.((.(((((......))).)).))((((((((((.(((((((..................)))))))))).)))--)))).....(((((.....))))) ( -30.57)
>DroEre_CAF1 22085 117 + 1
CGACUGAGGCAGC-GGCAGCGGCAGCGGCAGAGGCGUCGGCAUCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA--ACACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUG
.(.((((.((..(-.((.((....)).)).)..)).)))))...((((((((((.(((((((..................)))))))))).)))--)))).....(((((.....))))) ( -39.07)
>DroYak_CAF1 9038 111 + 1
CG-------CAGUGGGCAGAGGCGGCGACAGAGGCGUCGGCAUGGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA--AAACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUG
..-------(((...((((((.(((((.......))))).).((((.(((((((.(((((((..................)))))))))).)))--).))))........)))))..))) ( -37.57)
>consensus
CG_______CAGC_GGCAGAGGCAGCGACAGAGGCGUCGGCAUCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA__ACACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUG
................((((.((((((((......)))).....((((..((((.(((((((..................))))))))))).....))))...........)))).)))) (-26.06 = -26.99 +   0.94)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	18,009,694 – 18,009,807
Length	113
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.14
Mean single sequence MFE	-34.90
Consensus MFE	-25.38
Energy contribution	-25.50
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.77
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	1.41
SVM RNA-class probability	0.951627
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18009694 113 - 22224390
CAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUGUUUUUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGAUGUCGACGCCUCUGUCGCUGCCUCUGCCCGCUG-------CG
..(((((((((....)))))((((((...((((((((((((...((((....)))).)))))))).))))))))))..))))((((....))))((.((........)).)-------). ( -34.80)
>DroSec_CAF1 21189 99 - 1
CAGAUACAAAAUCUAUUUUGGUGU--UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGCUGCCGACGCCUCUGUCGCUGCC-------------------G
......(((((....)))))((((--(((.(((((((((((...((((....)))).)))))))).))))))))))((.((.((((....)))))).)).-------------------. ( -34.40)
>DroEre_CAF1 22085 117 - 1
CAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUGU--UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGAUGCCGACGCCUCUGCCGCUGCCGCUGCC-GCUGCCUCAGUCG
......(((((....)))))((((--(((.(((((((((((...((((....)))).)))))))).)))))))))).....((((......((.((.((....)).-)).))....)))) ( -37.30)
>DroYak_CAF1 9038 111 - 1
CAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUUU--UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACCAUGCCGACGCCUCUGUCGCCGCCUCUGCCCACUG-------CG
(((...((((........((((.(--(((.(((((((((((...((((....)))).)))))))).))))))).)))).(((((((....)))))..)).))))....)))-------.. ( -33.10)
>consensus
CAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUGU__UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGAUGCCGACGCCUCUGUCGCUGCCUCUGCC_GCUG_______CG
......(((((....)))))((((.....((((((((((((...((((....)))).)))))))).))))..))))...(((((((....)))))..))..................... (-25.38 = -25.50 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	18,009,727 – 18,009,835
Length	108
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.05
Mean single sequence MFE	-32.99
Consensus MFE	-21.83
Energy contribution	-22.64
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-4.57
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.863677
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18009727 108 + 22224390
CAUCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAAAAACACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUGCAGCUGCAUCAUCUCUGGCU------------GUAUCUGU
....((((((((((.(((((((..................)))))))))))...))))))....((((((.........((((((...........))))------------)))))))) ( -28.87)
>DroSec_CAF1 21210 106 + 1
CAGCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA--ACACCAAAAUAGAUUUUGUAUCUGCAGCUGCAUCAUUUGUAGCU------------GUAUCUGU
..(.((((((((((.(((((((..................)))))))))).)))--)))))...((((((.........(((((((((.....)))))))------------)))))))) ( -37.87)
>DroEre_CAF1 22124 118 + 1
CAUCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA--ACACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUGCAGCUGCAUCAUCUGUAGUUGUAUCUCUAUCUGUAUCUGU
....((((((((((.(((((((..................)))))))))).)))--))))....((((((...(....((((((((((.....)))))))))).)...))))))...... ( -37.27)
>DroYak_CAF1 9071 100 + 1
CAUGGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA--AAACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUGCAGCUGCAUCAUCU------------------GUAUCUGU
..((((.(((((((.(((((((..................)))))))))).)))--).))))....((((.....))))((((.((((.....)------------------))).)))) ( -27.97)
>consensus
CAUCGUGUUUAUCUAGGCAGCCCAACUAUUUAUAAUAAAAGGCUGCCAGAUUAA__ACACCAAAAUAGAUUCUGUAUCUGCAGCUGCAUCAUCUGUAGCU____________GUAUCUGU
....((((..((((.(((((((..................))))))))))).....))))....((((((..((((.(....).))))..))))))........................ (-21.83 = -22.64 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	18,009,727 – 18,009,835
Length	108
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.05
Mean single sequence MFE	-31.90
Consensus MFE	-24.84
Energy contribution	-24.90
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-3.30
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.97
SVM RNA-class probability	0.984174
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 18009727 108 - 22224390
ACAGAUAC------------AGCCAGAGAUGAUGCAGCUGCAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUGUUUUUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGAUG
........------------.(((((((..(((....(((......))).)))..)))))))((((...((((((((((((...((((....)))).)))))))).))))))))...... ( -30.70)
>DroSec_CAF1 21210 106 - 1
ACAGAUAC------------AGCUACAAAUGAUGCAGCUGCAGAUACAAAAUCUAUUUUGGUGU--UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGCUG
.((((..(------------((((.((.....)).))))).((((.....))))..))))((((--(((.(((((((((((...((((....)))).)))))))).)))))))))).... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 22124 118 - 1
ACAGAUACAGAUAGAGAUACAACUACAGAUGAUGCAGCUGCAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUGU--UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGAUG
.......((((...((((.((.(....).)).(((....)))........))))..))))((((--(((.(((((((((((...((((....)))).)))))))).)))))))))).... ( -32.80)
>DroYak_CAF1 9071 100 - 1
ACAGAUAC------------------AGAUGAUGCAGCUGCAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUUU--UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACCAUG
..((((..------------------......(((....)))........))))....((((.(--(((.(((((((((((...((((....)))).)))))))).))))))).)))).. ( -28.89)
>consensus
ACAGAUAC____________AGCUACAGAUGAUGCAGCUGCAGAUACAGAAUCUAUUUUGGUGU__UUAAUCUGGCAGCCUUUUAUUAUAAAUAGUUGGGCUGCCUAGAUAAACACGAUG
................................(((....)))....(((((....)))))((((.....((((((((((((...((((....)))).)))))))).))))..)))).... (-24.84 = -24.90 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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