Locus 7150

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	17,948,804 – 17,948,909
Length	105
Max. P	0.996442

overview

Window 7

Location	17,948,804 – 17,948,909
Length	105
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.91
Mean single sequence MFE	-41.22
Consensus MFE	-22.70
Energy contribution	-23.20
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-3.45
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	2.70
SVM RNA-class probability	0.996442
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17948804 105 + 22224390
UCACCGGGGUACCACA-GUGCGUAUGCGCCAUAUUGCUGGCAUAUGCCGCAUAUUACGUAUACGCAGCAUUGGUUCACGCCGUAUAUGGGAGGACAACCCCAGCAA
....(((.((((((..-(((((((((((..((((.((.(((....)))))))))..)))))))))).)..))))..)).)))....((((.(.....))))).... ( -39.20)
>DroPse_CAF1 11932 102 + 1
CUAUCGGGG--CCACAUAUGCGUAUGCGCAAUGCAUAUAGCG--AGCGGCGUAUUACGUAUACGCAGCAUUUGCCCAUGCCGUAUAUGGGGGCACUGCUACUACAU
....(((.(--((.((((((((((((.(((((((.....)))--.((.((((((.....)))))).))..)))).)))).))))))))..))).)))......... ( -37.70)
>DroEre_CAF1 8740 102 + 1
UCACCGGGGUACCACA-GUGCGUAUGCGCAAUAUUGCUGGCUUAUGCCGCACAUUACGUAUACGCAGCAUUGGUCCACGCCGUAUAAGGG-GG-CAACCCCAGCA-
....(((.((((((..-(((((((((((.(((..(((.(((....)))))).))).)))))))))).)..))))..)).))).....(((-(.-...))))....- ( -44.30)
>DroYak_CAF1 8843 104 + 1
UUACCGGGGUACCACA-GUGCGUAUGCGCAAUAUUUCUGGCUUAUGCCGCACAUUACGUAUACGCAGCAUUGGUCCACUCCGUAUAUGGG-GGCCAACCCCAGCAA
....((((((((((..-(((((((((((.(((.....((((....))))...))).)))))))))).)..))))..))))))....((((-(.....))))).... ( -40.80)
>DroAna_CAF1 5627 97 + 1
UCUACGGCGUACCACA-GUGCGUAUGCGCAAUACUUAUGGC------GGCGUAUUACGUAUACGCACCGUUGCCUCAUGCCGUAUAUGGG-GG-CAGCCCCAGACA
..((((((((.(.((.-(((((((((((.(((((.......------...))))).))))))))))).)).)....))))))))..((((-(.-...))))).... ( -40.60)
>DroPer_CAF1 10257 102 + 1
CUAUCGGGG--CCACAUAUGCGUAUGCGCAAUGCAUAUAGCG--AGCGGCGUAUUACGUAUACGCAGCAUUUGCCCAUGCCGUAUAUGGGGGCCCUGCUACUACAU
....(((((--((.((((((((((((.(((((((.....)))--.((.((((((.....)))))).))..)))).)))).))))))))..)))))))......... ( -44.70)
>consensus
UCACCGGGGUACCACA_GUGCGUAUGCGCAAUACUUAUGGCG__UGCCGCAUAUUACGUAUACGCAGCAUUGGCCCACGCCGUAUAUGGG_GG_CAACCCCAGCAA
.....(((((........((((((((((.(((((.....((....))...))))).)))))))))).......((((.........))))......)))))..... (-22.70 = -23.20 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	17,948,804 – 17,948,909
Length	105
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.91
Mean single sequence MFE	-41.72
Consensus MFE	-21.34
Energy contribution	-22.07
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.24
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	2.55
SVM RNA-class probability	0.995147
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17948804 105 - 22224390
UUGCUGGGGUUGUCCUCCCAUAUACGGCGUGAACCAAUGCUGCGUAUACGUAAUAUGCGGCAUAUGCCAGCAAUAUGGCGCAUACGCAC-UGUGGUACCCCGGUGA
(..(((((((.......(((((....(((((.....(((((((((((.....)))))))))))..((((......))))...)))))..-))))).)))))))..) ( -44.20)
>DroPse_CAF1 11932 102 - 1
AUGUAGUAGCAGUGCCCCCAUAUACGGCAUGGGCAAAUGCUGCGUAUACGUAAUACGCCGCU--CGCUAUAUGCAUUGCGCAUACGCAUAUGUGG--CCCCGAUAG
.....((((((.(((((((......))...)))))..))))))((((.....))))(((((.--.((.....))..((((....))))...))))--)........ ( -33.40)
>DroEre_CAF1 8740 102 - 1
-UGCUGGGGUUG-CC-CCCUUAUACGGCGUGGACCAAUGCUGCGUAUACGUAAUGUGCGGCAUAAGCCAGCAAUAUUGCGCAUACGCAC-UGUGGUACCCCGGUGA
-.((((((((.(-((-.........(((((......)))))((((((.(((((((((((((....))).)).)))))))).))))))..-...))))))))))).. ( -46.70)
>DroYak_CAF1 8843 104 - 1
UUGCUGGGGUUGGCC-CCCAUAUACGGAGUGGACCAAUGCUGCGUAUACGUAAUGUGCGGCAUAAGCCAGAAAUAUUGCGCAUACGCAC-UGUGGUACCCCGGUAA
.(((((((((...((-(((......)).).))((((....(((((((.((((((((..(((....)))....)))))))).))))))).-..))))))))))))). ( -44.70)
>DroAna_CAF1 5627 97 - 1
UGUCUGGGGCUG-CC-CCCAUAUACGGCAUGAGGCAACGGUGCGUAUACGUAAUACGCC------GCCAUAAGUAUUGCGCAUACGCAC-UGUGGUACGCCGUAGA
....(((((...-.)-))))..((((((.....((.(((((((((((.((((((((...------.......)))))))).))))))))-))).))..)))))).. ( -45.00)
>DroPer_CAF1 10257 102 - 1
AUGUAGUAGCAGGGCCCCCAUAUACGGCAUGGGCAAAUGCUGCGUAUACGUAAUACGCCGCU--CGCUAUAUGCAUUGCGCAUACGCAUAUGUGG--CCCCGAUAG
.(((....)))(((((..(((((.((..(((.((((..((.((((((.....)))))).)).--.((.....)).)))).))).)).))))).))--)))...... ( -36.30)
>consensus
UUGCUGGGGCUG_CC_CCCAUAUACGGCAUGGACCAAUGCUGCGUAUACGUAAUACGCCGCA__AGCCAGAAAUAUUGCGCAUACGCAC_UGUGGUACCCCGGUAA
.................(((((...(((((......)))))((((((.((((((((...((....)).....)))))))).))))))...)))))........... (-21.34 = -22.07 +   0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

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