Locus 7144

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 17,930,196 – 17,930,316
Length 120
Max. P 0.746869
window11667

overview

Window 7

Location 17,930,196 – 17,930,316
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.56
Mean single sequence MFE -43.09
Consensus MFE -34.18
Energy contribution -34.41
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.68
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.746869
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17930196 120 + 22224390
GCAGUGCGGCGACUACAAUAAAAUCCAAACGCUGCGCUUCAGCAUCGACGCCAACGACUACGAUUCACUGCGUCAGCCGGACGUCGAUAUACACACGUUGACCGGUGUGCUUAAGCUCUU
(.(((((((((..................))))))))).)((((((((((((..((....)).......((....)).)).)))))))...(((((........))))).....)))... ( -35.47)
>DroSec_CAF1 6722 120 + 1
GCAGUGCGGUGACUACAAUAAAAUCCAAACGCUGCGCUUCAGCAUCGACGCCAUCGACUACGAUUCACUGCGUCAGCCGGACGUCGAUAUACACACGUUGACCGGCGUGCUGAAGCUCUU
((((((.((...............))...))))))((((((((((.(((((.((((....)))).....))))).(((((...(((((........)))))))))))))))))))).... ( -45.96)
>DroSim_CAF1 5878 120 + 1
GCAGUGCGGCGACUACAAUAAAAUCCAAACGCUACGCUUCAGCAUCGACGCCAACGAUUACGAUUCACUGCGUCAGCCGGACGUCGAUAUACACACGUUGACCGGCGUGCUGAAGCUCUU
...(((((.....................))).))((((((((((.(((((....((.......))...))))).(((((...(((((........)))))))))))))))))))).... ( -39.10)
>DroEre_CAF1 6657 120 + 1
GCAGUGUGGCGAUUACAAUAAAAUCCAAACGCUGCGCUUCAGCAUCGACGCCAAUGACUAUGAUUCACUGCGUCAGCCGGACGUGGAUAUACACACGUUGACCGGUGUGCUGAAGCUUUU
(((((((...((((.......))))...)))))))((((((((((.(((((...(((.......)))..))))).((((((((((........)))))...))))))))))))))).... ( -51.60)
>DroYak_CAF1 6537 120 + 1
GCAGUGCGGCGAUUACAAUAAAAUCCAAACGCUGCGCUUCAGCAUCGACGCCAAUGACUAUGAUUCACUGCGUCAGCCGGACGUGGACAUACACACGUUGACCGGUGUGCUGAAGCUCUU
((((((..(.((((.......)))))...))))))((((((((((.(((((...(((.......)))..))))).((((((((((........)))))...))))))))))))))).... ( -49.30)
>DroAna_CAF1 6045 120 + 1
ACAGUGCGGUGACUACAACAAGAUCCAGACCCUGCGCUUCGAUAUCGAUGCCAACGACUACGAGGCACUGCGUCAGCCGGAUGUGGAUAUCCAUACGCUGACCGGAGUGCUCAAGCUGUU
...(((.(....)))).........(((.....((((((((.......((((..((....)).))))....((((((....(((((....))))).)))))))))))))).....))).. ( -37.10)
>consensus
GCAGUGCGGCGACUACAAUAAAAUCCAAACGCUGCGCUUCAGCAUCGACGCCAACGACUACGAUUCACUGCGUCAGCCGGACGUCGAUAUACACACGUUGACCGGUGUGCUGAAGCUCUU
.....((((((..................))))))((((((((((.(((((..................))))).(((((((((..........))))...))))))))))))))).... (-34.18 = -34.41 +   0.23)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:31:12 2006