Locus 7143

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	17,929,510 – 17,929,626
Length	116
Max. P	0.771291

overview

Window 5

Location	17,929,510 – 17,929,626
Length	116
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.63
Mean single sequence MFE	-38.10
Consensus MFE	-28.75
Energy contribution	-29.33
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.97
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.551248
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17929510 116 + 22224390
CUGAAAACCAGACCCAACAAGCUGGCUCUGCUCAAGAGCAGCAGCAGCAAGGAUCUGACCCGCCUGUUCCUGGACGAUUCAACCAACACAGCCGUGCUGGUGUCCAACACCAGUAU
........((((.((.....((((.(((((((....))))).))))))..)).))))...((.((((...(((.........)))..)))).))((((((((.....)))))))). ( -37.30)
>DroSec_CAF1 6036 116 + 1
CUGAAAACCAGACCCAACAAGCUGGCGCUGCUCAAGAGCAGCAGCAGCAAGGAUCUGACCCGCCUGUUUCUGGACGAUUCAACCAACACAGCCGUGCUGGUGUCCAACACCAGCAU
.((((..(((((..((....((((..((((((....))))))..))))..((.......))...))..)))))....))))............(((((((((.....))))))))) ( -41.70)
>DroSim_CAF1 5192 116 + 1
CUGAAAACCAGACCCAACAAGCUGGCGCUGCUCAAGAGCAGCAGCAGCAAGGAUCUGACCCGCCUGUACCUGGACGAUUCAACCAACACAGCUGUGCUGGUGUCCAACACCAGCAU
(((.....)))........(((((((((((((....)))))).)).....((...(((..((((.......)).))..))).))....)))))(((((((((.....))))))))) ( -41.90)
>DroEre_CAF1 5971 116 + 1
CUGAAAACCAGACCCAACAAGCUGGCGCUGCUUAAGAGCAGCAGCACCAAAGAUCUGACCCGCCUGUUCCUGGACGAUUCAACCAACACAGCUGUGCUGGUGUCCAACACCAGUCU
(((.....))).....(((.((((((((((((....)))))).))..........(((..((((.......)).))..))).......)))))))(((((((.....))))))).. ( -36.00)
>DroYak_CAF1 5851 116 + 1
CUGAAAACCAGACCCAACAAGCUGGCGCUGCUCAAGAGCAGCAGCACCAAGGAUCUGACCCGCCUGUUCCUGGACGACUCAACCAACACAGCUGUACUGGUGUCCAACACCAGUCU
(((.....))).....(((.((((((((((((....)))))).)).....((...(((..((((.......)).))..))).))....)))))))(((((((.....))))))).. ( -37.80)
>DroAna_CAF1 5335 116 + 1
UUGAAAUCCAAACCCAAUAAGCUGGCCCUGCUCAAGAGCAGCAGCACCAAGGAUCUCACCAGACUCUUCAUCGACGAAGGCACCAACACGACUCUGGUGGUGUCCAACACCAGCCU
....................(((((..(((((....))))).........((((..(((((((.(((((......)))(....).....)).)))))))..))))....))))).. ( -33.90)
>consensus
CUGAAAACCAGACCCAACAAGCUGGCGCUGCUCAAGAGCAGCAGCACCAAGGAUCUGACCCGCCUGUUCCUGGACGAUUCAACCAACACAGCUGUGCUGGUGUCCAACACCAGCAU
(((.....))).........((((((((((((....)))))).)).....((...(((..((((.......)).))..))).))....))))...(((((((.....))))))).. (-28.75 = -29.33 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	17,929,510 – 17,929,626
Length	116
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.63
Mean single sequence MFE	-49.53
Consensus MFE	-38.70
Energy contribution	-39.45
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.95
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.53
SVM RNA-class probability	0.771291
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17929510 116 - 22224390
AUACUGGUGUUGGACACCAGCACGGCUGUGUUGGUUGAAUCGUCCAGGAACAGGCGGGUCAGAUCCUUGCUGCUGCUGCUCUUGAGCAGAGCCAGCUUGUUGGGUCUGGUUUUCAG
...(((.(.((((((((((((((....))))))))......)))))).).)))(..(..(((((((..((((((.(((((....))))))).)))).....)))))))..)..).. ( -48.90)
>DroSec_CAF1 6036 116 - 1
AUGCUGGUGUUGGACACCAGCACGGCUGUGUUGGUUGAAUCGUCCAGAAACAGGCGGGUCAGAUCCUUGCUGCUGCUGCUCUUGAGCAGCGCCAGCUUGUUGGGUCUGGUUUUCAG
.((((((((.....))))))))((.((((.((((.........))))..)))).))(..(((((((..((((.(((((((....))))))).)))).....)))))))..)..... ( -53.70)
>DroSim_CAF1 5192 116 - 1
AUGCUGGUGUUGGACACCAGCACAGCUGUGUUGGUUGAAUCGUCCAGGUACAGGCGGGUCAGAUCCUUGCUGCUGCUGCUCUUGAGCAGCGCCAGCUUGUUGGGUCUGGUUUUCAG
...(((...((((((((((((((....))))))))......))))))...)))(..(..(((((((..((((.(((((((....))))))).)))).....)))))))..)..).. ( -51.80)
>DroEre_CAF1 5971 116 - 1
AGACUGGUGUUGGACACCAGCACAGCUGUGUUGGUUGAAUCGUCCAGGAACAGGCGGGUCAGAUCUUUGGUGCUGCUGCUCUUAAGCAGCGCCAGCUUGUUGGGUCUGGUUUUCAG
...(((.(.((((((((((((((....))))))))......)))))).).)))(..(..((((((((((((((((((.......)))))))))))......)))))))..)..).. ( -50.60)
>DroYak_CAF1 5851 116 - 1
AGACUGGUGUUGGACACCAGUACAGCUGUGUUGGUUGAGUCGUCCAGGAACAGGCGGGUCAGAUCCUUGGUGCUGCUGCUCUUGAGCAGCGCCAGCUUGUUGGGUCUGGUUUUCAG
..(((((((.....))))))).(((((.....))))).(....((((((((((((((((...)))).((((((((((.(....))))))))))))))))))...)))))....).. ( -48.70)
>DroAna_CAF1 5335 116 - 1
AGGCUGGUGUUGGACACCACCAGAGUCGUGUUGGUGCCUUCGUCGAUGAAGAGUCUGGUGAGAUCCUUGGUGCUGCUGCUCUUGAGCAGGGCCAGCUUAUUGGGUUUGGAUUUCAA
.....((((.....))))((((((.((..((((..(....)..))))...)).))))))(((((((.((((.(((((.(....)))))).))))(((.....)))..))))))).. ( -43.50)
>consensus
AGACUGGUGUUGGACACCAGCACAGCUGUGUUGGUUGAAUCGUCCAGGAACAGGCGGGUCAGAUCCUUGCUGCUGCUGCUCUUGAGCAGCGCCAGCUUGUUGGGUCUGGUUUUCAG
...(((...((((((((((((((....))))))))......))))))...)))(..(..(((((((.....(((((((((....)))))...)))).....)))))))..)..).. (-38.70 = -39.45 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

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