Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,947,623 – 1,947,733 |
Length | 110 |
Max. P | 0.832410 |
Location | 1,947,623 – 1,947,733 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 70.58 |
Mean single sequence MFE | -29.54 |
Consensus MFE | -15.48 |
Energy contribution | -16.07 |
Covariance contribution | 0.59 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.68 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.72 |
SVM RNA-class probability | 0.832410 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1947623 110 - 22224390 UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGAGAAUG--UGCGGAUUAUGUUAAUCUGUGUAACUGGCAUCCAG------GA .......(((.((((((((((((((((.....))))))).)))))..)))).(((((....))))))))..((--..(((((((...)))))))..)).((((...))))------.. ( -35.80) >DroGri_CAF1 20238 103 - 1 UGAGCAUCUCCAUCUCCAUAUACAGCUCAUUCAGCUGUGUGCUGCUCAAGUAUUGCAAUUCUAAUG-----AGAAUUAGAAUUAUGUUUAUUA-----AUU-----CUAGUUUAUUGA ((((((............(((((((((.....))))))))).))))))..................-----.((((((((((((.......))-----)))-----)))))))..... ( -24.92) >DroSec_CAF1 10057 110 - 1 UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGUAGUUCUGCAAGAGAAAG--UGCGGAUUAUGUUCAUCUGUGUAACUGGCAUCCAG------GA ...(((((((.((((((((((((((((.....))))))).)))))..)))).(((((....))))))))...)--)))((((...(((((....)).)))....))))..------.. ( -32.00) >DroEre_CAF1 11178 110 - 1 UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGAGAAAA--CAGGGGUUUUGUACACCUUUACCAUUACCAUUCAG------GA .(((.(((.((((((((((((((((((.....))))))).)))))..)))).(((((....))))).......--..))))).)))................((.....)------). ( -29.90) >DroYak_CAF1 10459 106 - 1 UGAGCACCUCCAUCUCCAUAUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGGGAAAG--AGAAUGUUAGCUAUGAUCUUA--ACUGGCAUUUAG-------- ........(((((((((((((((((((.....)))))))).))))..)))).(((((....))))).)))...--.(((((((((.((......))--.)))))))))..-------- ( -31.40) >DroAna_CAF1 16515 106 - 1 UCAGGACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUUAGCUGUGUCGUGGUCAAGUACUGCAGUUCUGUGGGAAAAA----UAAUCAAAAUUUCAUUA--GUAAAUGGAUUAAAU------UA ........(((((..((((((((((((.....))))))).))))).......(..((....))..)......----.................--....)))))......------.. ( -23.20) >consensus UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGAGAAAG__UGAGGAUUAUGUUCAUCU_UGUAACUGGCAUCCAG______GA ...........((((((((((((((((.....))))))).)))))..)))).(((((....))))).................................................... (-15.48 = -16.07 + 0.59)
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