Locus 7088

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 17,775,530 – 17,775,633
Length 103
Max. P 0.658061
window11574

overview

Window 4

Location 17,775,530 – 17,775,633
Length 103
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.48
Mean single sequence MFE -46.05
Consensus MFE -30.13
Energy contribution -31.47
Covariance contribution 1.34
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.658061
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17775530 103 - 22224390
--------GUGCUGCAGCGCCGGUGGGUGGCAACCCUGUCGGUGGGGCAGCGGUAUACCGCAGUAUUGACAGCGGUGCCACAACCAACGU--GCACGUACUGUGUGUGUUUUG
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>DroPse_CAF1 44563 101 - 1
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>DroSec_CAF1 34287 103 - 1
--------GUGCUGCAGCGCCGGUGGGUGGCAACCCUGUCGGUGGGGCAGCGGUAUACCGCAGUAUUGACAGCGGUGCCACAACCAACGU--GCACGUACUGUGUGUGUUUUG
--------..(((((..((((((..((.(....)))..))))))..)))))(((..(((((.((....)).))))))))......((((.--.(((.....)))..))))... ( -48.10)
>DroSim_CAF1 35653 103 - 1
--------GUGCUGCAGCGCCGGUGGGUGGCAACCCUGUCGGUGGGGCAGCGGUAUACCGCAGUAUUGACAGCGGUGCCACAACCAACGU--GCACGUACUGUGUGUGUUUUG
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>DroEre_CAF1 32512 100 - 1
--------GUGCUGCAGCGCCGGUGGGUGGCAACCCUGUCGGUGGGGCAGCGGUAU---GUGGUAUUGACAGCAGUGCCACAACCAACGU--GCACGUACUGUGUGUGUUUUG
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>DroYak_CAF1 33101 100 - 1
--------GUGCUGCAGCGCCGGUGGGUGGCAACCCUGUCGGUGGGGCAGCGGUAU---GCGGUAUUGACAGCGGUGCCACAACUUACGU--GCACGUACUGUGUGUGUUUUG
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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