Locus 7081

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	17,756,486 – 17,756,586
Length	100
Max. P	0.520767

overview

Window 2

Location	17,756,486 – 17,756,586
Length	100
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.27
Mean single sequence MFE	-46.23
Consensus MFE	-31.44
Energy contribution	-31.75
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.30
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.512678
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17756486 100 + 22224390
GGGCAAUCCCACGGUGGCCGUGCCCACCGAUGUGCCCGAUUCCAGUGUCCAGGAAUCCGGCUUG---GCGGCAUCGGUGGAUGGCGUGGAGAGCGCCAAACAG
.(((..((((((....(((((..(((((((((((((.((((((........)))))).)))...---...))))))))))))))))))).))..)))...... ( -48.20)
>DroPse_CAF1 13791 98 + 1
UGGCG--CCC---GCGCCCGCCUCCACGGAUGUGCCGGACUCCAGUGUCCAGGAGUCGGGCCUGAGCGCCGCUGCCGUCGACGGCGUGGAGAGUGUAAAGCAG
.((((--...---.))))(((((((((((.((((((.((((((........)))))).)))....)))))...((((....)))))))))).)))........ ( -47.80)
>DroSec_CAF1 15284 100 + 1
GGGCAAUCCGACGGUGGCAGUGCCCACCGAUGUGCCCGAUUCCAGUGUCCAGGAAUCUGGCUUG---GCGGCAUCGGUGGAUGGCGUGGAGAGCGCCAAGCAG
(((((...((.((((((......)))))).)))))))((((((........))))))..(((((---(((.((((....)))).)((.....))))))))).. ( -46.20)
>DroEre_CAF1 14021 100 + 1
GGGAAAUCCCACGGUGGCAGUGCCCACCGAUGUGCCCGAUUCCAGUGUCCAGGAAUCCGGCUUG---GCGGCAUCGGUGGAUGGGGUGGAGAGCGCCAAGCAA
(((....)))......((.....(((((((((((((.((((((........)))))).)))...---...)))))))))).(((.((.....)).))).)).. ( -42.80)
>DroYak_CAF1 13985 100 + 1
GGGAAAUCCCACGGUGGCCGUGCCCACCGAUGUGCCCGAUUCCAGUGUCCAGGAAUCCGGCUUG---GCAGCAUCGGUGGAUGGGGUGGAGAGCGCCAAGCAG
(((....)))((((...))))(((((((((((((((.((((((........)))))).)))...---...)))))))))).(((.((.....)).))).)).. ( -44.60)
>DroPer_CAF1 13590 98 + 1
UGGCG--CCC---GCGCCCGCCUCCACGGAUGUGCCGGACUCCAGUGUCCAGGAGUCGGGCCUGAGCGCCGCUGCCGUCGACGGCGUGGAGAGUGUAAAGCAG
.((((--...---.))))(((((((((((.((((((.((((((........)))))).)))....)))))...((((....)))))))))).)))........ ( -47.80)
>consensus
GGGCAAUCCCACGGUGGCCGUGCCCACCGAUGUGCCCGAUUCCAGUGUCCAGGAAUCCGGCUUG___GCGGCAUCGGUGGAUGGCGUGGAGAGCGCCAAGCAG
.............((........(((((((((((((.((((((........)))))).))).........)))))))))).((((((.....)))))).)).. (-31.44 = -31.75 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	17,756,486 – 17,756,586
Length	100
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.27
Mean single sequence MFE	-43.05
Consensus MFE	-26.99
Energy contribution	-26.88
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.56
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.520767
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17756486 100 - 22224390
CUGUUUGGCGCUCUCCACGCCAUCCACCGAUGCCGC---CAAGCCGGAUUCCUGGACACUGGAAUCGGGCACAUCGGUGGGCACGGCCACCGUGGGAUUGCCC
......((((.((.(((((((.((((((((((....---...(((.((((((........)))))).))).))))))))))...)))....)))))).)))). ( -46.10)
>DroPse_CAF1 13791 98 - 1
CUGCUUUACACUCUCCACGCCGUCGACGGCAGCGGCGCUCAGGCCCGACUCCUGGACACUGGAGUCCGGCACAUCCGUGGAGGCGGGCGC---GGG--CGCCA
..................((((....))))...(((((((..(((((.((((((((..((((...))))....)))).)))).)))))..---)))--)))). ( -46.70)
>DroSec_CAF1 15284 100 - 1
CUGCUUGGCGCUCUCCACGCCAUCCACCGAUGCCGC---CAAGCCAGAUUCCUGGACACUGGAAUCGGGCACAUCGGUGGGCACUGCCACCGUCGGAUUGCCC
..(((((((((.......))((((....))))..))---)))))..((((((........))))))((((((..((((((......))))))..)...))))) ( -41.40)
>DroEre_CAF1 14021 100 - 1
UUGCUUGGCGCUCUCCACCCCAUCCACCGAUGCCGC---CAAGCCGGAUUCCUGGACACUGGAAUCGGGCACAUCGGUGGGCACUGCCACCGUGGGAUUUCCC
....((((((..........((((....)))).)))---)))(((.((((((........)))))).)))....((((((......)))))).(((....))) ( -37.40)
>DroYak_CAF1 13985 100 - 1
CUGCUUGGCGCUCUCCACCCCAUCCACCGAUGCUGC---CAAGCCGGAUUCCUGGACACUGGAAUCGGGCACAUCGGUGGGCACGGCCACCGUGGGAUUUCCC
..((.....))..(((......((((((((((.(((---(......((((((........)))))).))))))))))))))(((((...))))))))...... ( -40.00)
>DroPer_CAF1 13590 98 - 1
CUGCUUUACACUCUCCACGCCGUCGACGGCAGCGGCGCUCAGGCCCGACUCCUGGACACUGGAGUCCGGCACAUCCGUGGAGGCGGGCGC---GGG--CGCCA
..................((((....))))...(((((((..(((((.((((((((..((((...))))....)))).)))).)))))..---)))--)))). ( -46.70)
>consensus
CUGCUUGGCGCUCUCCACGCCAUCCACCGAUGCCGC___CAAGCCGGAUUCCUGGACACUGGAAUCGGGCACAUCGGUGGGCACGGCCACCGUGGGAUUGCCC
......................((((((((((..(....)..(((.((((((........)))))).))).))))))))))...................... (-26.99 = -26.88 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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