| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,741,230 – 17,741,344 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.927685 |
| Location | 17,741,230 – 17,741,344 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.73 |
| Mean single sequence MFE | -27.35 |
| Consensus MFE | -18.96 |
| Energy contribution | -20.60 |
| Covariance contribution | 1.64 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -2.15 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| SVM decision value | 1.18 |
| SVM RNA-class probability | 0.927685 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 17741230 114 + 22224390 UAUAUAAAUAUUUUAAUUGCGCGUAUCGAUAAUGUAUUAUUGUUAUCGAUUGUCAGAGCUAG---UGGAAAAAACGCUAAAAUCAGCUAUUUAUGGCGAUUAAAAUUUAUAGGAAUU--- ..(((((((..(((((((((.(((((((((((((......)))))))))......((..(((---((.......)))))...)).......))))))))))))))))))))......--- ( -27.10) >DroSec_CAF1 1118 114 + 1 UAUAUAAAUAUUUUAAUUGCGCGUUUCGAUAAUGUAUUAUUGUUAUCGAUUGUCAGAGCUGG---UGGAAAAAACGCUAGAAUCAGCUUUUUAUGGCGAUUACAUUUUAUAGGAAUU--- ..((((((.....((((((((((..(((((((((......))))))))).))).((((((((---(...............))))))))).....)))))))...))))))......--- ( -25.86) >DroSim_CAF1 1106 114 + 1 UAUAUAAAUAUUUUAAUUGCGCGAUUCGAUAAUGUAUUAUUGUUAUCGAUUGGCAGAGCUGG---UGGAAAAAACGCUAGAAUAAGCUAUUUAUGGCGAUUACAUUUUAUAGGAAUU--- ..((((((.....(((((((((.(.(((((((((......))))))))).).))....((((---((.......))))))...............)))))))...))))))......--- ( -28.00) >DroEre_CAF1 1127 102 + 1 UACAUAAACAUUUUAAUUGCGCGUAUCGAUAAUGUGUUAUCGUUAUCGAUUGCCAGCGCUGU-----GGAAAAAAGCUAAAGUCAGCUAUUAAUGGCGAUUACA-------------AUC .............(((((((((((((((((((((......)))))))))).....))))...-----.......((((......)))).......)))))))..-------------... ( -25.00) >DroYak_CAF1 1342 118 + 1 UACAUAAAUACCUUAAUUGCGCGUAUCGAUAG--GUCUAUCGUUAUCGAUUGCCAGAGCCGGAGGGGGAAAAAAAGCUAGAAUCGGCUAUUUAUGGCGAUUACAGUUUAUAGCAAUUAUC .............(((((((..(((.(((((.--...))))).))).((((((((.((((((....((........))....)))))).....))))))))..........))))))).. ( -30.80) >consensus UAUAUAAAUAUUUUAAUUGCGCGUAUCGAUAAUGUAUUAUUGUUAUCGAUUGCCAGAGCUGG___UGGAAAAAACGCUAGAAUCAGCUAUUUAUGGCGAUUACAUUUUAUAGGAAUU___ .............((((((((((.((((((((((......)))))))))))))...((((((...(((........)))...)))))).......))))))).................. (-18.96 = -20.60 + 1.64)
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