Locus 7075

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 17,739,554 – 17,739,714
Length 160
Max. P 0.998840
window11553 window11554 window11555

overview

Window 3

Location 17,739,554 – 17,739,674
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.83
Mean single sequence MFE -52.22
Consensus MFE -49.04
Energy contribution -49.12
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.25
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.765035
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17739554 120 + 22224390
UGAUUCAUCCGCCGCUGACCAAGGGCUAUAUGGUGCGGCCCGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGC
.......((((((((..((((.........)))))))))..((((((.....))))))((((.(((..(((...)))..))).))))(((((((((((......)))))))))))))).. ( -54.70)
>DroSec_CAF1 33674 120 + 1
UUAUUCAUCCGCCACUGACAAAGGGCUAUAUGGUGCGGCCCGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGC
.......(((............(((((.........)))))((((((.....))))))((((.(((..(((...)))..))).))))(((((((((((......)))))))))))))).. ( -50.80)
>DroSim_CAF1 34872 120 + 1
UGAUUCAUCCGCCACUGACCAAGGGCUAUAUGGUGCGGCCCGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGC
.......(((............(((((.........)))))((((((.....))))))((((.(((..(((...)))..))).))))(((((((((((......)))))))))))))).. ( -50.80)
>DroEre_CAF1 33450 120 + 1
UGAUUCAUCCGCCGCUGACCAAGGGCUACAUGGUGCGGCCCGGUGCCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGC
.......(((((((..(((((.(..((((.(((.(((((.((....))....))))).)))....)))).).)))))..)).))...(((((((((((......)))))))))))))).. ( -51.10)
>DroYak_CAF1 35337 120 + 1
UGAUUCAUCCGCCGCUGACCAAGGGCUAUAUGGUGAGGCCCGGCGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAACUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGCGAUGCGGAGC
.......(((((((((((.((.(((((.........)))))((((((.....))))))((((.(((..(((...)))..))).))))(((.(....))))..)).))))))..))))).. ( -53.70)
>consensus
UGAUUCAUCCGCCGCUGACCAAGGGCUAUAUGGUGCGGCCCGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGC
.......(((............((((..(.....)..))))((((((.....))))))((((.(((..(((...)))..))).))))(((((((((((......)))))))))))))).. (-49.04 = -49.12 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 17,739,554 – 17,739,674
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.83
Mean single sequence MFE -44.26
Consensus MFE -39.06
Energy contribution -39.70
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.26
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.545617
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17739554 120 - 22224390
GCUCCGCAUCUCCGAUCACCACACCGAAGAUGCCCAGCUCGGAGACCAUGUCCACGAUCUGGGGCGGCAUAUCGCCACCGGGCCGCACCAUAUAGCCCUUGGUCAGCGGCGGAUGAAUCA
..(((((((((.((..........)).))))))((((.(((..(((...)))..))).))))((.(((.....))).))..(((((((((.........))))..))))))))....... ( -44.60)
>DroSec_CAF1 33674 120 - 1
GCUCCGCAUCUCCGAUCACCACACCGAAGAUGCCCAGCUCGGAGACCAUGUCCACGAUCUGGGGCGGCAUAUCGCCACCGGGCCGCACCAUAUAGCCCUUUGUCAGUGGCGGAUGAAUAA
(((((((((((.((..........)).))))))((((.(((..(((...)))..))).)))))).)))...(((((((.((((...........)))).......)))))))........ ( -40.80)
>DroSim_CAF1 34872 120 - 1
GCUCCGCAUCUCCGAUCACCACACCGAAGAUGCCCAGCUCGGAGACCAUGUCCACGAUCUGGGGCGGCAUAUCGCCACCGGGCCGCACCAUAUAGCCCUUGGUCAGUGGCGGAUGAAUCA
(((((((((((.((..........)).))))))((((.(((..(((...)))..))).)))))).)))...(((((((..((((((........))....)))).)))))))........ ( -43.10)
>DroEre_CAF1 33450 120 - 1
GCUCCGCAUCUCCGAUCACCACACCGAAGAUGCCCAGCUCGGAGACCAUGUCCACGAUCUGGGGCGGCAUAUCGGCACCGGGCCGCACCAUGUAGCCCUUGGUCAGCGGCGGAUGAAUCA
......((((((((...((((..((((...(((((((.(((..(((...)))..))).)).))))).....))))....((((..(.....)..)))).))))...))).)))))..... ( -44.10)
>DroYak_CAF1 35337 120 - 1
GCUCCGCAUCGCCGAUCACCACACCGAAGAUGCCCAGUUCGGAGACCAUGUCCACGAUCUGGGGCGGCAUAUCGCCGCCGGGCCUCACCAUAUAGCCCUUGGUCAGCGGCGGAUGAAUCA
..(((((..(((.(((((...............((((.(((..(((...)))..))).))))((((((.....))))))((((...........)))).))))).))))))))....... ( -48.70)
>consensus
GCUCCGCAUCUCCGAUCACCACACCGAAGAUGCCCAGCUCGGAGACCAUGUCCACGAUCUGGGGCGGCAUAUCGCCACCGGGCCGCACCAUAUAGCCCUUGGUCAGCGGCGGAUGAAUCA
..(((((((((.((..........)).))))))((((.(((..(((...)))..))).))))((.(((.....))).))..(((((((((.........))))..))))))))....... (-39.06 = -39.70 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 17,739,594 – 17,739,714
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.33
Mean single sequence MFE -54.10
Consensus MFE -53.94
Energy contribution -54.18
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.12
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 3.25
SVM RNA-class probability 0.998840
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17739594 120 + 22224390
CGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGCACAUUGUGCACAACUACCAGGCGGGACACAUGCUGCGCAC
.((((((.....))))))......((..(.(((((((.(((..(((((((((((((((......)))))))))))...((((...)))).......)))).)))))).)))))..))... ( -56.00)
>DroSec_CAF1 33714 120 + 1
CGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGCACAUUGUGCACAACUACCAGGCGGGACACAUGCUGCGCAC
.((((((.....))))))......((..(.(((((((.(((..(((((((((((((((......)))))))))))...((((...)))).......)))).)))))).)))))..))... ( -56.00)
>DroSim_CAF1 34912 120 + 1
CGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGCACAUUGUGCACAACUACCAGGCGGGACACAUGCUGCGCAC
.((((((.....))))))......((..(.(((((((.(((..(((((((((((((((......)))))))))))...((((...)))).......)))).)))))).)))))..))... ( -56.00)
>DroEre_CAF1 33490 120 + 1
CGGUGCCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGCACAUUGUGCACAACUACCAGGCGGGACACAUGCUGCGCAC
..((((.(((.((......)).)))(..(.(((((((.(((..(((((((((((((((......)))))))))))...((((...)))).......)))).)))))).)))))..))))) ( -50.00)
>DroYak_CAF1 35377 120 + 1
CGGCGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAACUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGCGAUGCGGAGCACAUUGUGCACAAUUACCAGGCGGGACACAUGCUGCGCAC
.((((((.....))))))......((..(.(((((((.(((..(((((((((.(((((......))))).)))))...((((...)))).......)))).)))))).)))))..))... ( -52.50)
>consensus
CGGUGGCGAUAUGCCGCCCCAGAUCGUGGACAUGGUCUCCGAGCUGGGCAUCUUCGGUGUGGUGAUCGGAGAUGCGGAGCACAUUGUGCACAACUACCAGGCGGGACACAUGCUGCGCAC
.((((((.....))))))......((..(.(((((((.(((..(((((((((((((((......)))))))))))...((((...)))).......)))).)))))).)))))..))... (-53.94 = -54.18 +   0.24)

alignment

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