Locus 7069

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	17,721,118 – 17,721,224
Length	106
Max. P	0.942175

overview

Window 6

Location	17,721,118 – 17,721,208
Length	90
Sequences	5
Columns	90
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.63
Mean single sequence MFE	-32.00
Consensus MFE	-21.40
Energy contribution	-22.52
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.41
SVM RNA-class probability	0.725068
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17721118 90 + 22224390
GAGCUGGGUUAGCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGACAGCCACAAUCGGGGCAUCGGUUG
.((((((....(((.(.(.((((.(((((((....))))))))))).).)...((((.(((((.....))))).)))).))).)))))). ( -32.30)
>DroSec_CAF1 25478 90 + 1
GAGCUGGGUUAGCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGCUAGCCACUAUCGGGGCAUCGGUUG
.((((((....(((.(.(.((((.(((((((....))))))))))).).)...((((((((((.....)))))))))).))).)))))). ( -36.50)
>DroSim_CAF1 27553 90 + 1
GAGCUGGGUUAGCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGAUAGCCACUAUCGGGGCAUCGGUUG
.((((((....(((.(.(.((((.(((((((....))))))))))).).)...((((((((((.....)))))))))).))).)))))). ( -36.50)
>DroEre_CAF1 26704 82 + 1
GAGCUGGGUUAGCCACUCGCGAGGAUAUCGAUGUA--------UCGGGUGAAAUGGUGGUGGUUGCCUGGCUCUAUCGGGGUUUCGUGUU
((((..(((.((((((.(((.(.....((((....--------))))......).))))))))))))..))))................. ( -30.10)
>DroYak_CAF1 26703 82 + 1
GAGCUGGGUUAGCCACUAGCGAUGAUAUCGAUGUA--------UCGGGUGGAGUGGUGGUGGUUGCUAGGCACUAUCGGCGUUUUGGUUU
((((..((...((((((.((..((((((....)))--------))).))..)))(((((((.(.....).))))))))))..))..)))) ( -24.60)
>consensus
GAGCUGGGUUAGCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGCUAGCCACUAUCGGGGCAUCGGUUG
(((.(((.....)))))).(((((...((((((........))))))......((((((((((.....))))))))))...))))).... (-21.40 = -22.52 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	17,721,129 – 17,721,224
Length	95
Sequences	5
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.48
Mean single sequence MFE	-36.06
Consensus MFE	-22.73
Energy contribution	-24.69
Covariance contribution	1.96
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.942175
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17721129 95 + 22224390
GCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGACAGCCACAAUCGGGGCAUCGGUUGCAAUAGUAGCCGAUGG
(((.(.(.((((.(((((((....))))))))))).).)...((((.(((((.....))))).)))).)))(((((((((....))))))))).. ( -40.40)
>DroSec_CAF1 25489 95 + 1
GCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGCUAGCCACUAUCGGGGCAUCGGUUGCGAUAGUAGCCGAUAU
(((.(.(.((((.(((((((....))))))))))).).)...((((((((((.....)))))))))).)))(((((((((....))))))))).. ( -45.30)
>DroSim_CAF1 27564 95 + 1
GCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGAUAGCCACUAUCGGGGCAUCGGUUGCGAUAGUAGACGAUGG
(((.(.(.((((.(((((((....))))))))))).).)...((((((((((.....)))))))))).)))((((.((((....)))).)))).. ( -38.40)
>DroEre_CAF1 26715 87 + 1
GCCACUCGCGAGGAUAUCGAUGUA--------UCGGGUGAAAUGGUGGUGGUUGCCUGGCUCUAUCGGGGUUUCGUGUUCGAUAGUAGCCGAUGG
(((((.(((.(.....((((....--------))))......).))))))))....(((((((((((((........)))))))).))))).... ( -28.00)
>DroYak_CAF1 26714 87 + 1
GCCACUAGCGAUGAUAUCGAUGUA--------UCGGGUGGAGUGGUGGUGGUUGCUAGGCACUAUCGGCGUUUUGGUUUCGAUAGUAGCCGAUGA
(((((((.((......((((....--------))))......)).))))))).....(((((((((((..(....)..)))))))).)))..... ( -28.20)
>consensus
GCCACUCGCGAUGAUAUCGAUGUAUCGGUGUAUCGGGCGGAACGGUGGUGGUAGCUAGCCACUAUCGGGGCAUCGGUUGCGAUAGUAGCCGAUGG
(((..((((.......((((((........))))))))))..((((((((((.....)))))))))).))).((((((((....))))))))... (-22.73 = -24.69 +   1.96)

alignment

secondary structure

dotplot

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