Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,666,103 – 17,666,219 |
Length | 116 |
Max. P | 0.596406 |
Location | 17,666,103 – 17,666,219 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.82 |
Mean single sequence MFE | -26.94 |
Consensus MFE | -18.70 |
Energy contribution | -20.58 |
Covariance contribution | 1.88 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.83 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.596406 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 17666103 116 - 22224390 CACAAAUGUCAGCAAGUGCAUCUUAAUUACAUAUCUUGUUUAUCUAAGCAUCGCUAUAGAUAAGAUUCUCGGAAGAGG----ACGGAUUUUAAAAGAUAUGCAAAGAUGUUUGUAGAACU .(((((((((.((....))..........((((((((.(((((((((((...))).)))))))).(((((....))))----)..........))))))))....)))))))))...... ( -32.40) >DroSec_CAF1 788 116 - 1 CACAAAUGUCAGCAAGUGCAUCUUAAUU----AUCUUGUUUAUCUAAGCAUCGCUAUAGAUAAGAUUCUCGGAAGAGGGAACACGGAUUUUAAAAGAUAUGCAAAGAUGUUUGUAGAACU .(((((((((.((....))(((((....----(((((((((((((((((...))).))))))...(((((....))))))))).)))).....))))).......)))))))))...... ( -29.00) >DroSim_CAF1 1475 116 - 1 CACAAAUGUCAGCAAGUGCAUCUUAAUU----AUCUUGUUUAUCUAAGCAUCGCUAUAGAUAAGAUUCUCGGAAGAGGGAACACGGAUUUUAAAAGAUACGCAAAGAUGUUUGUACAGCU .(((((((((.....(((.(((((....----(((((((((((((((((...))).))))))...(((((....))))))))).)))).....))))).)))...)))))))))...... ( -29.20) >DroEre_CAF1 928 116 - 1 CACAAAUGUCAGGCAGUGCAUCUUAAUU----AUCUUGUUUAGAUAAGCAUCGCUAUAGAUAAGAUUCUCGGAAGAGGGAACUCGGAUUAUAAAUGAUUUUCAAAGAAGUUUAUAAAACU ......((((.(((.((((((((.(((.----.....))).))))..)))).)))...))))...(((((....))))).....(..((((((((..(((....))).))))))))..). ( -21.50) >DroYak_CAF1 1573 116 - 1 CACAAAUGGCAGCAAGUGCAUCUCAAUU----AUCUUGUUUAUCUCAGCUCCGCUAAAGAUAAGAUUCUUGGAAGGGGCAACACGGAUUACAAAAGAUAUUUAAAGAAGUUUUCGCAUCU ........((.((....)).(((....(----(((((....((((..(((((....((((......))))....))))).....)))).....)))))).....))).......)).... ( -22.60) >consensus CACAAAUGUCAGCAAGUGCAUCUUAAUU____AUCUUGUUUAUCUAAGCAUCGCUAUAGAUAAGAUUCUCGGAAGAGGGAACACGGAUUUUAAAAGAUAUGCAAAGAUGUUUGUACAACU .(((((((((.((....))(((((........(((((((((((...(((...))))))))))))))((((....))))...............))))).......)))))))))...... (-18.70 = -20.58 + 1.88)
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