Locus 7000

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 17,531,244 – 17,531,356
Length 112
Max. P 0.577889
window11433

overview

Window 3

Location 17,531,244 – 17,531,356
Length 112
Sequences 5
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.82
Mean single sequence MFE -24.04
Consensus MFE -17.72
Energy contribution -17.56
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.577889
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17531244 112 + 22224390
UCAUUGAGUAAAACGAAUAGUUUGCUGAAUGAAGUGAUUAACGAACUAAUAAAAAUGUAUUUAUUGGCUAGUUUGUUCGAUCAAAUCAAUCAUGAAUUUAUAGAGCUGUGGA
(((((.((((((.(.....))))))).)))))..((((((((((((((.(...((((....)))).).))))))))).))))).............((((((....)))))) ( -22.00)
>DroSec_CAF1 23542 112 + 1
UCAUUGAGUAAAACGAAUAGUUUGCUGAAUGAAGUGAUUAACGAACUAAUAAAAAUGUAUUUAUUGGCUAGUUUGUUGGAUCAAAUCAAUCAUGAAUCUAUAGAGCUGUGGA
(((((.((((((.(.....))))))).)))))..((((((((((((((.(...((((....)))).).))))))))).))))).............((((((....)))))) ( -24.70)
>DroSim_CAF1 12962 112 + 1
UCAUUGAGUAAAACGAAUAGUUUGCUGAAUGAAGUGAUUAACGAACUAAUAAAAAUGUAUUUAUUGGCUAGUUUGUUGGAUCAAAUCAAUCAUGAAUCUAUAGAGCUGUGGA
(((((.((((((.(.....))))))).)))))..((((((((((((((.(...((((....)))).).))))))))).))))).............((((((....)))))) ( -24.70)
>DroEre_CAF1 19087 112 + 1
UCAUUGAGUAAAACGAAUAGUUUGGUGAAUGAAGUGAUGAACAAAACACUAAAAAUGUGUUUAUUGGCUAAUUCGUUGGACCAAAUCAAUCAUGAAUUUAUAGCCCAGUGGA
((((((.((.((((.....)))).((((((...(((((((...((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).)).)))))..)))))).)).)))))). ( -26.10)
>DroYak_CAF1 20080 112 + 1
UCAUUGAACGAAGCGAAUAGUUUGUUGAAUGAAGUGAUUAACGAACUAAUAAAAAUGUAUUUAUUGGCUAAUUUGUGGCUGCAAAUUAAUCAUCCAUCUAUAGAGUUGUGGA
(((((.(((.((((.....))))))).))))).((((((((....((((((((......))))))))....(((((....)))))))))))))...((((((....)))))) ( -22.70)
>consensus
UCAUUGAGUAAAACGAAUAGUUUGCUGAAUGAAGUGAUUAACGAACUAAUAAAAAUGUAUUUAUUGGCUAGUUUGUUGGAUCAAAUCAAUCAUGAAUCUAUAGAGCUGUGGA
(((((.(((((.((.....))))))).))))).((((((......((((((((......))))))))...(((((......))))).))))))...((((((....)))))) (-17.72 = -17.56 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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