Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,504,269 – 17,504,386 |
Length | 117 |
Max. P | 0.788230 |
Location | 17,504,269 – 17,504,386 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.65 |
Mean single sequence MFE | -41.91 |
Consensus MFE | -26.74 |
Energy contribution | -27.44 |
Covariance contribution | 0.70 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -2.26 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.58 |
SVM RNA-class probability | 0.788230 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 17504269 117 + 22224390 GUCCACGAUCCGCACAUAAACUGAAUGGGAAACAAAUUCUGGAUGAAGAAAACGUUGCGUACGGCAUUGAGUCGGCACAGCUCGUCCUGCGGAUCGGUUAUUUGCAUGACGGACACU ((((.(((((((((........((((.(....)..)))).((((((.......((((.((.((((.....)))))).)))))))))))))))))))(((((....)))))))))... ( -43.61) >DroSec_CAF1 17785 117 + 1 GUCCACGAUCCGCACAUAAUCUGAAUGGGAAACAGAUUCUGGAUGAAGAAAACGUUUCGUACGGCGUUGAGUCGGCACAGCUCGUCCUGCGGAUCGGUGAUUUGCAUGACGGACACU ((((.(((((((((........((((.(....)..)))).((((((.(((.....)))((.((((.....))))..))...)))))))))))))))((.((....)).))))))... ( -41.10) >DroSim_CAF1 13338 117 + 1 GUCCACGAUCCGCACAUAAUCUGAAUGGGAAACAGAUUCUGGAUGAAGAAAACGUUUCGUACGGCGUUGAGUCGGCACAGCUCGUCCUGCGGAUCGGUUAUUUGCAUGACGGACACU ((((.(((((((((........((((.(....)..)))).((((((.(((.....)))((.((((.....))))..))...)))))))))))))))(((((....)))))))))... ( -43.00) >DroEre_CAF1 17534 117 + 1 GUCCACGAUCCGCACAUAACCCCAAUGGGAAACAGAUUCUGGAUGAAGAAAAGGUUACGUACGGCGUGGCGUCGACACAGCUCGUCCUGCGGAUCGUUUAUAUGAAGCACGGACACU ((((..((((((((.....(((....)))...........((((((.......((((((.....))))))((....))...))))))))))))))((((.....))))..))))... ( -39.50) >DroYak_CAF1 17519 117 + 1 GUCCACGAUCCGCACAUCACCUGAAUGGGAAACAGGUUCUGGAUGAACAAAAAGUUGCGUACGGCGUUGCGACGGCACAGCUCGUCCUGCGGAUCGGUUAUAUGCAAAACGGACACU ((((.(((((((((....(((((.........)))))...((((((.......((((((........))))))........)))))))))))))))(((........)))))))... ( -42.06) >DroAna_CAF1 20181 117 + 1 GUCCAGGAGCCGCACAGCUCCACCACGGGAAAUAGGUUCUGCACGAAAAGCAGGUUGCGCCACCAGUGCCGGUGGCAGAUCUCGUCAUGUGGAACAGUCACGUAUAGCAGAGAGACU ((((.(((((......)))))...(((.((.....((((..((.((...(.(((((..((((((......)))))).)))))).)).))..))))..)).)))........).))). ( -42.20) >consensus GUCCACGAUCCGCACAUAACCUGAAUGGGAAACAGAUUCUGGAUGAAGAAAACGUUGCGUACGGCGUUGAGUCGGCACAGCUCGUCCUGCGGAUCGGUUAUUUGCAUGACGGACACU ((((.(((((((((........((((.(....)..)))).((((((.......(((..((.((((.....))))))..))))))))))))))))))((.....)).....))))... (-26.74 = -27.44 + 0.70)
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