Locus 6985

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 17,485,910 – 17,486,024
Length 114
Max. P 0.915898
window11409 window11410

overview

Window 9

Location 17,485,910 – 17,486,024
Length 114
Sequences 4
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.52
Mean single sequence MFE -45.00
Consensus MFE -37.60
Energy contribution -40.10
Covariance contribution 2.50
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.915898
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17485910 114 + 22224390
CAUCCGCCUAGCCAUCCCGCUCUGGCGCACACACUCCCAGCAGCGGGGCAUCUCGCUCUCUCUGCGUGCUCGCUGGCUGCGUGUGUGUGCGUGGGUUCUGUGUGUGUGAACAAU
((..(((.(((....(((((....((((((((((...((((((((((.((...(((.......))))))))))).)))).)))))))))))))))..))).)))..))...... ( -49.00)
>DroSec_CAF1 3799 114 + 1
CAUCCGCCUAGCCAUCCCGCUCUGGCACACACACUCCCAGCAGCGGGGCAUCUCGCUCUCUCUGCGUGCUCGCUGGCUGCGUGUGUGUGCGUGGGUUCUGUGUGUGUGAACAAU
((..(((.(((....(((((....((((((((((...((((((((((.((...(((.......))))))))))).)))).)))))))))))))))..))).)))..))...... ( -49.40)
>DroSim_CAF1 3589 106 + 1
CAUCCGCCUAGCCAUCCCGCUCUGGCACACACACUCCCAGCAGCGGGGCAUCUCGCUCUCUCUGCGUGCUCGCUGGCUGCGUGUGUGUG--------CUGUGUGUGUGAACAAU
((..(((..(((......)))..(((((((((((...((((((((((.((...(((.......))))))))))).)))).)))))))))--------))..)))..))...... ( -42.30)
>DroYak_CAF1 3945 112 + 1
CAUCCGCCUAACCAUCCCGCUCUAGCGCACACACUCCCAGCAUCACGGCAUCUCGCUCUC--UCCGUGCUCGCAUGCUGCGUGUGUGUGCGUGGGUUCUGUGUGUGUGAACAAU
..(((((.((.....(((((....((((((((((...(((((((((((............--.))))).....)))))).))))))))))))))).....)).))).))..... ( -39.32)
>consensus
CAUCCGCCUAGCCAUCCCGCUCUGGCACACACACUCCCAGCAGCGGGGCAUCUCGCUCUCUCUGCGUGCUCGCUGGCUGCGUGUGUGUGCGUGGGUUCUGUGUGUGUGAACAAU
((..(((.(((....(((((....((((((((((...((((((((.((((...(((.......))))))))))).)))).)))))))))))))))..))).)))..))...... (-37.60 = -40.10 +   2.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 17,485,910 – 17,486,024
Length 114
Sequences 4
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.52
Mean single sequence MFE -43.53
Consensus MFE -37.74
Energy contribution -38.05
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.36
Structure conservation index 0.87
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.520278
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17485910 114 - 22224390
AUUGUUCACACACACAGAACCCACGCACACACACGCAGCCAGCGAGCACGCAGAGAGAGCGAGAUGCCCCGCUGCUGGGAGUGUGUGCGCCAGAGCGGGAUGGCUAGGCGGAUG
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>DroSec_CAF1 3799 114 - 1
AUUGUUCACACACACAGAACCCACGCACACACACGCAGCCAGCGAGCACGCAGAGAGAGCGAGAUGCCCCGCUGCUGGGAGUGUGUGUGCCAGAGCGGGAUGGCUAGGCGGAUG
...((((.........))))((..((((((((.(.((((.((((.((((((.......)))...)))..)))))))).).))))))))(((..(((......))).)))))... ( -43.70)
>DroSim_CAF1 3589 106 - 1
AUUGUUCACACACACAG--------CACACACACGCAGCCAGCGAGCACGCAGAGAGAGCGAGAUGCCCCGCUGCUGGGAGUGUGUGUGCCAGAGCGGGAUGGCUAGGCGGAUG
...((((.........(--------(((((((.(.((((.((((.((((((.......)))...)))..)))))))).).))))))))(((..(((......))).))))))). ( -42.20)
>DroYak_CAF1 3945 112 - 1
AUUGUUCACACACACAGAACCCACGCACACACACGCAGCAUGCGAGCACGGA--GAGAGCGAGAUGCCGUGAUGCUGGGAGUGUGUGCGCUAGAGCGGGAUGGUUAGGCGGAUG
...((((.(..((.((...(((..((((((((.(.(((((((((.(((((..--.....))...)))))).)))))).).))))))))((....))))).))))...).)))). ( -41.80)
>consensus
AUUGUUCACACACACAGAACCCACGCACACACACGCAGCCAGCGAGCACGCAGAGAGAGCGAGAUGCCCCGCUGCUGGGAGUGUGUGCGCCAGAGCGGGAUGGCUAGGCGGAUG
...((((.................((((((((.(.((((.((((.((((((.......)))...)))..)))))))).).))))))))(((..(((......))).))))))). (-37.74 = -38.05 +   0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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