Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,444,970 – 17,445,088 |
Length | 118 |
Max. P | 0.899345 |
Location | 17,444,970 – 17,445,088 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.42 |
Mean single sequence MFE | -32.78 |
Consensus MFE | -26.38 |
Energy contribution | -25.87 |
Covariance contribution | -0.50 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.66 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.899345 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 17444970 118 + 22224390 CAUCAAGCGCUCUCAUCCUUCGUGACAAGCCAUUAUUCAACCCCU--UGCCGGGCAGUAAAAACUAGUACUUGUGUACAGUCUAUUAAAUCCUCAAGGAUAUGAAUAAUGCUGCUGAGCG .......(((((((((.....))))..((((((((((((...(((--((..(((...(((..(((.((((....)))))))...)))...))))))))...)))))))))..)))))))) ( -32.10) >DroSec_CAF1 10102 118 + 1 CAUCAAGCGCUCUCAUCCUUCGUGACAAGCCAUUAUUCAACCGCU--UGCCGGGCAGUAAAAACUAGUACUUGUGUACAGUCUAUUAAAUCCUCAAGGAUAUGAAUAAUGGUGCUGAGCG .......(((((((((.....))))...(((((((((((......--....(((((((....))).((((....)))).)))).....((((....)))).)))))))))))...))))) ( -32.80) >DroEre_CAF1 9470 118 + 1 CAUCAAGCGCUCUCAUCCUUAGUGACACGCCAUUAUUCAACCCCU--UGCAGGGCAGUAAAAACUAGUACUUGUGUACAGUCUAUUAAGUCCUCAAGGAUAUGAAUAAUGCUUCUGAGCG .......(((((((((.....))))...((.((((((((...(((--((.(((((.......(((.((((....))))))).......))))))))))...))))))))))....))))) ( -35.54) >DroYak_CAF1 9826 120 + 1 CAUCAAGCGCUUUCAUCCUUCAUGAGAAGCCAUUAUUCAACCCCUUUUGCAGGGCAGUAAAAACUAGUACUAGUUUGCAGUCUAUUAAAUCCUCAAGGAUAUGAAUAAUGCUUCUGAGCG .......(((((((((.....))))(((((.((((((((.......(((((((..((((........))))..)))))))........((((....)))).))))))))))))).))))) ( -30.70) >consensus CAUCAAGCGCUCUCAUCCUUCGUGACAAGCCAUUAUUCAACCCCU__UGCAGGGCAGUAAAAACUAGUACUUGUGUACAGUCUAUUAAAUCCUCAAGGAUAUGAAUAAUGCUGCUGAGCG .......(((((((((.....)))).....(((((((((............(((((((....))).((((....)))).)))).....((((....)))).))))))))).....))))) (-26.38 = -25.87 + -0.50)
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