Locus 6956

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	17,419,770 – 17,419,873
Length	103
Max. P	0.860467

overview

Window 4

Location	17,419,770 – 17,419,873
Length	103
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.34
Mean single sequence MFE	-26.96
Consensus MFE	-17.14
Energy contribution	-17.66
Covariance contribution	0.52
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.860467
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17419770 103 + 22224390
UUAUGA--CUGCAUGAUAGACAUGAGAUGGCAAAUUGAUUAAGCACAAUUAAU-------UGUAAUUAAUUACAAGGA---GCCAUCGCCAUUAUGUCAUCCCGUCCAAUCAAUU-----
....((--(.(.((((((...(((.((((((.(((((........)))))..(-------(((((....))))))...---))))))..)))..)))))).).))).........----- ( -25.20)
>DroSec_CAF1 13310 103 + 1
UUAUGA--CUGCAUGAUAGACAUGAGAUGGCAAAUUGAUUAAGCACAAUUAAU-------UGUAAUUAAUUACAAGGA---GCCAUCACCAUUAUGUCAUCCCCUCCAAUCAAUU-----
...(((--.((...(((.(((((((((((((.(((((........)))))..(-------(((((....))))))...---))))))....)))))))))).....)).)))...----- ( -23.30)
>DroEre_CAF1 13348 108 + 1
UUAUGA--GUGCAUGGUAGACAUGAGAUGGCAAAUUGAUUAGGCACAAUUAAU-------UGUAAUUAAUUAGAAGGA---GCCAUCGCCAUUAUGUCAUACCGACCAAUCAAUUUGCCA
......--...((((.....))))...(((((((((((((.(((..(((((((-------....))))))).((.(..---..).))))).....(((.....))).))))))))))))) ( -29.50)
>DroYak_CAF1 13403 108 + 1
UUAUGU--CUGCAUGAUAGACAUGAGAUGGCAAAUUGAUUAAGCACAAUUAAU-------UGUAAUUAAUUACAAGGA---GCCAUCGCCAUUAUGUCACCCCGUCCAAUCAAUUUGCGA
((((((--(((.....)))))))))....(((((((((((..((........(-------(((((....))))))((.---.......)).............))..))))))))))).. ( -26.70)
>DroAna_CAF1 13561 118 + 1
UUAUGCUCUUGCAUGAUAGACAUGAGAUGGCAAAUUGAUUAAUCACAAUUAGUAAUUAGGGGUAAUUAAUUAGAGGGAAGUGGUAUAUCCAUUAUGUCACCCCGUCGAAUCAAUUUGC--
((((((....)))))).............(((((((((((............(((((((......)))))))(((((..(((..(((.....)))..)))))).)).)))))))))))-- ( -30.10)
>consensus
UUAUGA__CUGCAUGAUAGACAUGAGAUGGCAAAUUGAUUAAGCACAAUUAAU_______UGUAAUUAAUUACAAGGA___GCCAUCGCCAUUAUGUCAUCCCGUCCAAUCAAUUUGC__
(((((......)))))..(((((((((((((..(((((((......))))))).......(((((....))))).......))))))....)))))))...................... (-17.14 = -17.66 +   0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	17,419,770 – 17,419,873
Length	103
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.34
Mean single sequence MFE	-28.84
Consensus MFE	-13.46
Energy contribution	-14.90
Covariance contribution	1.44
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.17
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.555629
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17419770 103 - 22224390
-----AAUUGAUUGGACGGGAUGACAUAAUGGCGAUGGC---UCCUUGUAAUUAAUUACA-------AUUAAUUGUGCUUAAUCAAUUUGCCAUCUCAUGUCUAUCAUGCAG--UCAUAA
-----...((((((.(...(((((((...(((.((((((---...(((..(((((.((((-------(....))))).))))))))...))))))))))))).))).).)))--)))... ( -27.20)
>DroSec_CAF1 13310 103 - 1
-----AAUUGAUUGGAGGGGAUGACAUAAUGGUGAUGGC---UCCUUGUAAUUAAUUACA-------AUUAAUUGUGCUUAAUCAAUUUGCCAUCUCAUGUCUAUCAUGCAG--UCAUAA
-----...((((((.(...(((((((...(((.((((((---...(((..(((((.((((-------(....))))).))))))))...))))))))))))).))).).)))--)))... ( -28.30)
>DroEre_CAF1 13348 108 - 1
UGGCAAAUUGAUUGGUCGGUAUGACAUAAUGGCGAUGGC---UCCUUCUAAUUAAUUACA-------AUUAAUUGUGCCUAAUCAAUUUGCCAUCUCAUGUCUACCAUGCAC--UCAUAA
((((((((((((((((((.(((......))).))))(((---......((((((((....-------)))))))).)))))))))))))))))...((((.....))))...--...... ( -30.30)
>DroYak_CAF1 13403 108 - 1
UCGCAAAUUGAUUGGACGGGGUGACAUAAUGGCGAUGGC---UCCUUGUAAUUAAUUACA-------AUUAAUUGUGCUUAAUCAAUUUGCCAUCUCAUGUCUAUCAUGCAG--ACAUAA
..(((...((((.((((..(....)...((((.((((((---...(((..(((((.((((-------(....))))).))))))))...)))))))))))))))))))))..--...... ( -28.30)
>DroAna_CAF1 13561 118 - 1
--GCAAAUUGAUUCGACGGGGUGACAUAAUGGAUAUACCACUUCCCUCUAAUUAAUUACCCCUAAUUACUAAUUGUGAUUAAUCAAUUUGCCAUCUCAUGUCUAUCAUGCAAGAGCAUAA
--((((((((((.....(((((((..(((((((.........))).....)))).)))))))(((((((.....)))))))))))))))))..(((((((.....))))..)))...... ( -30.10)
>consensus
__GCAAAUUGAUUGGACGGGAUGACAUAAUGGCGAUGGC___UCCUUGUAAUUAAUUACA_______AUUAAUUGUGCUUAAUCAAUUUGCCAUCUCAUGUCUAUCAUGCAG__UCAUAA
..(((((((((((((..((((...(((.......))).....))))..((((((((...........))))))))...))))))))))))).....((((.....))))........... (-13.46 = -14.90 +   1.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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