Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,922,706 – 1,922,824 |
Length | 118 |
Max. P | 0.980520 |
Location | 1,922,706 – 1,922,824 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.58 |
Mean single sequence MFE | -27.29 |
Consensus MFE | -24.48 |
Energy contribution | -23.84 |
Covariance contribution | -0.64 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.74 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.86 |
SVM RNA-class probability | 0.980520 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1922706 118 - 22224390 AUAUUUUCAUGCAAUCGUUGAGUAUUUAUUA--UGGGUACUCGUAUGCAAAACUCUAUAAACGUGUAACUAUAUCUGUGUAUAUUUAUAAUUGUAGUUGUGGGGACUUCCUUGAGUUCCC .........((((.....(((((((((....--.)))))))))..))))................((((((((..((((......))))..)))))))).((((((((....)))))))) ( -27.70) >DroSec_CAF1 6605 120 - 1 AUAUUUUCAUGCAAUCGUUGAGUAUUUAUUAUAUGGGUACUCGUAUGCAAAACUCUAUAAACGUGUAAAUUUAUGUGUGUAUAUUUAUAAUUGUAGUUGUGGGGACUUCCUUGAGUUCCC .........((((.....(((((((((((...)))))))))))..))))..((.((((((...(((((((.(((....))).))))))).))))))..))((((((((....)))))))) ( -29.00) >DroSim_CAF1 6911 120 - 1 AUAUUUUCAUGCAAUCGUUGAGUAUUUAUUACAUGGGUACUCGUAUGCAAAACUCUAUAAACGUGUAACUUUAUGUGUGUAUAUUUAUAAUUGUAGUUGUGGGGACUUCCUUGAGUUCCC .........((((((..(.((((((((((...))))))))))(((((((...........(((((......))))).)))))))..)..)))))).....((((((((....)))))))) ( -27.00) >DroEre_CAF1 6742 120 - 1 AUAUAUUCAUGCAAUCGUUGAGUAUUUAUUAUAUGGAUACUCGUAUGCAAAAUUCUAUAAACGUGUAACUUUAUCUGUGUAUAUUUAUAAUUGUAGUUGUGGGGACUUCCUUGAGUUCCC .........((((.....(((((((((((...)))))))))))..)))).....((((((...(((((...(((....)))...))))).))))))....((((((((....)))))))) ( -24.80) >DroYak_CAF1 6821 120 - 1 AUAUUUUCAUGCAAUCGUUGAGUAUUUAUUAUAUGGGUACUCGUACGCAAAACUCUAUAAACGUGUAACUUUAUCUGUGUAUAAUUAUAAUUGUAGUUGCGGGAACUUCCUUGAGUUCCC ..........(((((..(...(((.((((.(((((((((....(((((..............)))))....))))))))))))).)))....)..)))))((((((((....)))))))) ( -27.94) >consensus AUAUUUUCAUGCAAUCGUUGAGUAUUUAUUAUAUGGGUACUCGUAUGCAAAACUCUAUAAACGUGUAACUUUAUCUGUGUAUAUUUAUAAUUGUAGUUGUGGGGACUUCCUUGAGUUCCC ..........((((.(((((((((((((.....)))))))))).))).......((((((...(((((...(((....)))...))))).))))))))))((((((((....)))))))) (-24.48 = -23.84 + -0.64)
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