Locus 6933

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	17,348,580 – 17,348,727
Length	147
Max. P	0.988663

overview

Window 4

Location	17,348,580 – 17,348,700
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.40
Mean single sequence MFE	-32.48
Consensus MFE	-25.80
Energy contribution	-26.16
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.78
SVM RNA-class probability	0.977128
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17348580 120 - 22224390
AAUGGCCACAGAUGCAGGUGGGAGACACUUGAAUAUUAUGCAUUUGUAAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUUGGCUAACUGGUUAUGUGGUUAUGUUAUUCUGAAAUCUAAUAAUAACAAAG
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>DroSec_CAF1 65603 120 - 1
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>DroSim_CAF1 55575 120 - 1
AAUGGCCACAGAUGCAGGUGGGAGACACUUGAAUAUUAUGCAUUUGUGAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUUGGCUAACUGGUUAUGUGGUUAUGUUAUUCUAAAAGCUAAUAAUAACAAAG
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>DroEre_CAF1 66168 100 - 1
AAUGGCCACAGUUGCAGGUGGGAGACACUUGACUAUUAUGCAUUUGUAAAAGCUAGUUGGUUUUCGGCUUUC-CAUUUGGCUAUCUGGCGAUGU-------------------GGCCAUG
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>DroYak_CAF1 57186 119 - 1
AAUGGCCACAAAUGCAGGUGGGAGACACUUGACUAUUAUGCAUUUGUUAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUAGG-UAUUUGGUUAUGUGGUAAUGUUAUUCUGAACGCUAAUGAUAACAAUG
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>consensus
AAUGGCCACAGAUGCAGGUGGGAGACACUUGAAUAUUAUGCAUUUGUAAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUUGGCUAACUGGUUAUGUGGUUAUGUUAUUCUAAAAGCUAAUAAUAACAAAG
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	17,348,620 – 17,348,727
Length	107
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.65
Mean single sequence MFE	-32.70
Consensus MFE	-29.24
Energy contribution	-28.68
Covariance contribution	-0.56
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.13
SVM RNA-class probability	0.988663
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17348620 107 - 22224390
CUGCCAGCGGUAGUGGAGCAUCUAAUAAAUGGCCACAGAUGCAGGUGGGAGACACUUGAAUAUUAUGCAUUUGUAAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUUGGCUAACUGG
...((((.(((.((((((.(((((((...((((.(((((((((((((.....)))).........)))))))))....)))))))))))))))))...)))..)))) ( -35.30)
>DroSec_CAF1 65643 107 - 1
CUGCCAGCGUUAGUGGAGCAUCUAAUAAAUGGCCACAAAUGCAGGUGGGAGACACUUGAAUAUUAUGCAUUGGUAAAAGUCAGUUGGAUUUCCAUUUGGCUAACUGG
.((((((((((.((((..(((.......))).)))).)))))(((((.....))))).............)))))..((((((.(((....))).))))))...... ( -31.20)
>DroSim_CAF1 55615 107 - 1
CUGCCAGCGGUAGUGGAGCACCUAAUAAAUGGCCACAGAUGCAGGUGGGAGACACUUGAAUAUUAUGCAUUUGUGAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUUGGCUAACUGG
..((((....(((.(.....)))).....))))((((((((((((((.....)))).........))))))))))..((((((.(((....))).))))))...... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 66189 106 - 1
CUGCCAGCGGCAGUGGAGCAACUAAUAAAUGGCCACAGUUGCAGGUGGGAGACACUUGACUAUUAUGCAUUUGUAAAAGCUAGUUGGUUUUCGGCUUUC-CAUUUGG
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>DroYak_CAF1 57226 106 - 1
CUGCCAGCGGUAGUGGAGCAUCUAAUAAAUGGCCACAAAUGCAGGUGGGAGACACUUGACUAUUAUGCAUUUGUUAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUAGG-UAUUUGG
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>consensus
CUGCCAGCGGUAGUGGAGCAUCUAAUAAAUGGCCACAGAUGCAGGUGGGAGACACUUGAAUAUUAUGCAUUUGUAAAAGCCAGUUGGAUUUCCAUUUGGCUAACUGG
...((((....(((((((.(((((((...((((.(((((((((((((.....)))).........)))))))))....)))))))))))))))))).......)))) (-29.24 = -28.68 +  -0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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