Locus 689

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,912,672 – 1,912,803
Length	131
Max. P	0.884228

overview

Window 3

Location	1,912,672 – 1,912,785
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.85
Mean single sequence MFE	-51.12
Consensus MFE	-37.41
Energy contribution	-36.87
Covariance contribution	-0.55
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-2.45
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.93
SVM RNA-class probability	0.884228
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1912672 113 + 22224390
GCUAGCUGCGCCUCCAGUGCGUACUGCUUCUGGAACAACUGACGCUUCUGCUGAAGCAGGCGGUGCUGCAGUAGCUGCUGCUGCAGCGGUGGCUUUUGCAUCGGGGACAUG--GG-----
((.(((..(((((((((.((.....))..))))).........(((((....))))).)))..(((((((((((...))))))))))))..)))...))...(....)...--..----- ( -49.60)
>DroVir_CAF1 4598 113 + 1
GCCAGUUGCGCCUCGAGGGCGUAUUGCUUCUGGAAUAGCUGGCGUUUCUGUUGCAACAGGCGAUGCUGCAGCAGCUGUUGCUGCAGCGGCGGCUUCUGCAUCGGCGACAUG--GC-----
((((((((((((.....)))))(((.(....).))))))))))(((.(((.((((..((.((.(((((((((((...))))))))))).)).))..)))).))).)))...--..----- ( -53.40)
>DroGri_CAF1 5439 120 + 1
GCCAGCUGUGCCUCCAGUGCGUAUUGUUUCUGGAACAGCUGACGCUUCUGCUGCAGCAGACGAUGCUGCAACAGCUGCUGUUGCAACGGUGGCUUCUGCAUGGGCGACAAAUGUUGCUGU
(((((((((...(((((.((.....))..)))))))))))).((((..((((((((((.....)))))))..(((..((((....))))..)))...)))..)))).........))... ( -50.10)
>DroWil_CAF1 3832 113 + 1
GCCAAUUGGGCCUCCAGAGCGUAUUGUUUCUGGAAGAGUUGACGCUUCUGUUGCAGCAGGCGAUGUUGCAGCAAUUGUUGCUGCAACGGUGGCUUCUGCAUUGGCGACAUU--GG-----
.(((((.(.(((..((((((((.....(((.....)))...)))).)))).(((((.((((.(((((((((((.....))))))))).)).)))))))))..)))..))))--))----- ( -46.10)
>DroAna_CAF1 6480 113 + 1
GCCAACUGGGCCUCCAGGGCGUACUGUUUCUGGAACAAUUGACGUUUCUGCUGCAGCAGUCGGUGUUGCAGGAGUUGCUGUUGCAGCGGCGGCUUCUGCAUCGGCGACAUG--GG-----
(((..((((....)))))))...((((..(.(((((.......))))).)..))))..((((.((.(((((((((((((((....))))))))))))))).)).))))...--..----- ( -50.00)
>DroPer_CAF1 4240 113 + 1
GCCAGCUGCGCCUCCAGAGCGUACUGCUUCUGGAAGAGCUGCCGCUUUUGCUGGAGCAGGCGAUGCUGGAGUAGCUGCUGCUGCAGCGGCGGCUUCUGCAUGGGCGACAUG--GG-----
.(((....(((((((((..(((.(((((((.(.((((((....)))))).).))))))))))...))))((.(((((((((....))))))))).))....)))))...))--).----- ( -57.50)
>consensus
GCCAGCUGCGCCUCCAGAGCGUACUGCUUCUGGAACAGCUGACGCUUCUGCUGCAGCAGGCGAUGCUGCAGCAGCUGCUGCUGCAGCGGCGGCUUCUGCAUCGGCGACAUG__GG_____
..((((((....((((((((.....)).)))))).)))))).((((.....(((((.((.((.(((((((((((...))))))))))).)).)).)))))..)))).............. (-37.41 = -36.87 +  -0.55)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	1,912,672 – 1,912,785
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.85
Mean single sequence MFE	-41.13
Consensus MFE	-23.58
Energy contribution	-24.12
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.578276
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1912672 113 - 22224390
-----CC--CAUGUCCCCGAUGCAAAAGCCACCGCUGCAGCAGCAGCUACUGCAGCACCGCCUGCUUCAGCAGAAGCGUCAGUUGUUCCAGAAGCAGUACGCACUGGAGGCGCAGCUAGC
-----..--.........(((((..........(((((((.((...)).))))))).....((((....))))..)))))(((((((((((..((.....)).)))))...))))))... ( -38.50)
>DroVir_CAF1 4598 113 - 1
-----GC--CAUGUCGCCGAUGCAGAAGCCGCCGCUGCAGCAACAGCUGCUGCAGCAUCGCCUGUUGCAACAGAAACGCCAGCUAUUCCAGAAGCAAUACGCCCUCGAGGCGCAACUGGC
-----((--((((.(((((.(((((.((.((..(((((((((.....)))))))))..)).)).))))).)..........(((........))).............))))))..)))) ( -41.00)
>DroGri_CAF1 5439 120 - 1
ACAGCAACAUUUGUCGCCCAUGCAGAAGCCACCGUUGCAACAGCAGCUGUUGCAGCAUCGUCUGCUGCAGCAGAAGCGUCAGCUGUUCCAGAAACAAUACGCACUGGAGGCACAGCUGGC
...(((((.....((((....)).)).......)))))....((..(((((((((((.....)))))))))))..))((((((((((((((............)))))...))))))))) ( -47.30)
>DroWil_CAF1 3832 113 - 1
-----CC--AAUGUCGCCAAUGCAGAAGCCACCGUUGCAGCAACAAUUGCUGCAACAUCGCCUGCUGCAACAGAAGCGUCAACUCUUCCAGAAACAAUACGCUCUGGAGGCCCAAUUGGC
-----((--(((...(((..(((((..((....(((((((((.....)))))))))...))...))))).((((.((((....((.....))......))))))))..)))...))))). ( -41.30)
>DroAna_CAF1 6480 113 - 1
-----CC--CAUGUCGCCGAUGCAGAAGCCGCCGCUGCAACAGCAACUCCUGCAACACCGACUGCUGCAGCAGAAACGUCAAUUGUUCCAGAAACAGUACGCCCUGGAGGCCCAGUUGGC
-----..--......((((((......(((.((((((((.((((...............).))).)))))).....(((..((((((.....)))))))))....)).)))...)))))) ( -30.66)
>DroPer_CAF1 4240 113 - 1
-----CC--CAUGUCGCCCAUGCAGAAGCCGCCGCUGCAGCAGCAGCUACUCCAGCAUCGCCUGCUCCAGCAAAAGCGGCAGCUCUUCCAGAAGCAGUACGCUCUGGAGGCGCAGCUGGC
-----..--......(((...((....(((((.((((.((((((.(((.....)))...).))))).))))....))))).((.((((((((.((.....)))))))))).)).)).))) ( -48.00)
>consensus
_____CC__CAUGUCGCCGAUGCAGAAGCCACCGCUGCAGCAGCAGCUGCUGCAGCAUCGCCUGCUGCAGCAGAAGCGUCAGCUGUUCCAGAAACAAUACGCACUGGAGGCGCAGCUGGC
...........(((.((....((((..((....(((((((.........)))))))...)))))).)).))).....(((((((.((((((............))))))....))))))) (-23.58 = -24.12 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	1,912,712 – 1,912,803
Length	91
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.07
Mean single sequence MFE	-43.65
Consensus MFE	-32.95
Energy contribution	-33.53
Covariance contribution	0.58
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.58
SVM RNA-class probability	0.787881
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1912712 91 + 22224390
GACGCUUCUGCUGAAGCAGGCGGUGCUGCAGUAGCUGCUGCUGCAGCGGUGGCUUUUGCAUCGGGGACAUGGGCACGGCCAUACCCACGCC---------------
...(((((....))))).(((.(((((((((.(((..((((....))))..))).))))...(....)...))))).)))...........--------------- ( -43.80)
>DroPse_CAF1 4631 88 + 1
GCCGCUUUUGCUGGAGCAGGCGAUGCUGGAGUAGCUGCUGCUGCAGCGGCGGCUUCUGCAUGGGCGACAUGGGCACCGCCAUACCGAG------------------
...(((((....))))).((((.((((..((.(((((((((....))))))))).)).((((.....)))))))).))))........------------------ ( -38.60)
>DroSec_CAF1 8122 91 + 1
GACGCUUCUGCUGCAGCAGACGGUGCUGCAGGAGCUGCUGCUGCAGCGGUGGCUUUUGCAUCGGGGACAUGGGCACUGCCAUGCCCACGCC---------------
...(((.((((((((((((.((((.(.....).)))))))))))))))).)))........(((((.(((((......)))))))).))..--------------- ( -46.10)
>DroEre_CAF1 5957 106 + 1
GACGCUUCUGCUGCAGCAGGCGGUGCUGGAGUAGCUGCUGCUGCAGCGGUGGCUUUUGCAUCGGCGACAUGGGCACGGCCAUGCCCACACCCACACCCACACCCAC
...(((.((((((((((((.((((((....))).))))))))))))))).)))..((((....))))..((((((......))))))................... ( -44.60)
>DroYak_CAF1 8814 91 + 1
GACGCUUCUGCUGCAGCAGGCGGUGCUGCAGGAGUUGCUGCUGCAGCGGUGGCUUUUGCAUCGGCGACAUGGGCACGGCCAUGCCCACACC---------------
..((((..(((.((((((.....))))))((((((..((((....))))..)))))))))..))))...((((((......))))))....--------------- ( -42.10)
>DroAna_CAF1 6520 106 + 1
GACGUUUCUGCUGCAGCAGUCGGUGUUGCAGGAGUUGCUGUUGCAGCGGCGGCUUCUGCAUCGGCGACAUGGGCAUGGCCACGCCCACCCCCACACCAACGCCCAC
..((((.((((....))))..((((((((((((((((((((....)))))))))))))))..((.(...(((((........)))))..))))))))))))..... ( -46.70)
>consensus
GACGCUUCUGCUGCAGCAGGCGGUGCUGCAGGAGCUGCUGCUGCAGCGGUGGCUUUUGCAUCGGCGACAUGGGCACGGCCAUGCCCACACC_______________
...((..((((((((((((.((((.........))))))))))))))))..)).........(....).((((((......))))))................... (-32.95 = -33.53 +   0.58)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,912,712 – 1,912,803
Length	91
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.07
Mean single sequence MFE	-42.37
Consensus MFE	-31.19
Energy contribution	-33.25
Covariance contribution	2.06
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.71
SVM RNA-class probability	0.830638
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1912712 91 - 22224390
---------------GGCGUGGGUAUGGCCGUGCCCAUGUCCCCGAUGCAAAAGCCACCGCUGCAGCAGCAGCUACUGCAGCACCGCCUGCUUCAGCAGAAGCGUC
---------------(((((((((((....)))))))))))...(((((..........(((((((.((...)).))))))).....((((....))))..))))) ( -40.60)
>DroPse_CAF1 4631 88 - 1
------------------CUCGGUAUGGCGGUGCCCAUGUCGCCCAUGCAGAAGCCGCCGCUGCAGCAGCAGCUACUCCAGCAUCGCCUGCUCCAGCAAAAGCGGC
------------------.((.((((((((..(....)..)).)))))).)).(((((.((((.((((((.(((.....)))...).))))).))))....))))) ( -33.80)
>DroSec_CAF1 8122 91 - 1
---------------GGCGUGGGCAUGGCAGUGCCCAUGUCCCCGAUGCAAAAGCCACCGCUGCAGCAGCAGCUCCUGCAGCACCGUCUGCUGCAGCAGAAGCGUC
---------------(((((((((((....)))))))))))...(((((..........(((((....)))))..((((((((.....)))))))).....))))) ( -45.60)
>DroEre_CAF1 5957 106 - 1
GUGGGUGUGGGUGUGGGUGUGGGCAUGGCCGUGCCCAUGUCGCCGAUGCAAAAGCCACCGCUGCAGCAGCAGCUACUCCAGCACCGCCUGCUGCAGCAGAAGCGUC
((((.(....((((.(((((((((((....)))))))...)))).))))...).)))).(((((((((((.(((.....)))...).))))))))))......... ( -49.40)
>DroYak_CAF1 8814 91 - 1
---------------GGUGUGGGCAUGGCCGUGCCCAUGUCGCCGAUGCAAAAGCCACCGCUGCAGCAGCAACUCCUGCAGCACCGCCUGCUGCAGCAGAAGCGUC
---------------((..(((((((....)))))))..))...(((((..........((((...))))..((.((((((((.....)))))))).))..))))) ( -41.10)
>DroAna_CAF1 6520 106 - 1
GUGGGCGUUGGUGUGGGGGUGGGCGUGGCCAUGCCCAUGUCGCCGAUGCAGAAGCCGCCGCUGCAACAGCAACUCCUGCAACACCGACUGCUGCAGCAGAAACGUC
...(((((((((((((((((((((((....)))))).....((.(.(((((.........))))).).)).))))))...)))))..((((....)))).)))))) ( -43.70)
>consensus
_______________GGCGUGGGCAUGGCCGUGCCCAUGUCGCCGAUGCAAAAGCCACCGCUGCAGCAGCAGCUACUGCAGCACCGCCUGCUGCAGCAGAAGCGUC
...............(((((((((((....)))))))))))...(((((..........(((((....)))))..((((((((.....)))))))).....))))) (-31.19 = -33.25 +   2.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:51:13 2006