Locus 6882

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	17,204,900 – 17,205,001
Length	101
Max. P	0.999838

overview

Window 6

Location	17,204,900 – 17,205,001
Length	101
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.56
Mean single sequence MFE	-35.86
Consensus MFE	-31.02
Energy contribution	-31.38
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.62
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	4.21
SVM RNA-class probability	0.999838
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17204900 101 + 22224390
AUUGAGCAAUAUCCAGCCAAGGGGUGAACGUAUCUAGAUUGCUGCCAAGUGGCUGCAAUCAAUGCCUCACAAUGGCGCAUAUGCUCGAUAUAUCGGCAAUA
((((((((.(((...((((....((((..((((...((((((.(((....))).)))))).)))).))))..))))..)))))))))))............ ( -35.30)
>DroSec_CAF1 50441 101 + 1
AUUGAGCAAUAUCCAGCCAAGGGGUGAACGUAUCUAGAUUGCUGCCAAGUGGCUGCAAUCAAUGCCUCACAAUAGCGCAUAUGCUCGAUAUAUCGGCCAUA
((((((((...(((......)))((((..((((...((((((.(((....))).)))))).)))).))))...........))))))))............ ( -30.50)
>DroSim_CAF1 55123 101 + 1
AUUGAGCAAUAUCCAGCCAAGGGGUGAACGUAUCUAGAUUGCUGCCAAGUGGCUGCAAUCAAUGCCUCACAAUGGCGCAUAUGCUCGAUAUAUCGGCCAUA
((((((((.(((...((((....((((..((((...((((((.(((....))).)))))).)))).))))..))))..)))))))))))............ ( -35.30)
>DroEre_CAF1 57398 101 + 1
AUUGAGCAAUAUCCAGCCAAGGGGUGAACGUAUCUAGAUUGCUGCCAAGUGGCUGCAAUCAAUGCCUCGCAAUGGCGCAUAUGUUCGCUAUAUUGGCAAUA
...............(((((..((((((((((((..((((((.(((....))).))))))...(((.......)))).)))))))))))...))))).... ( -41.10)
>DroYak_CAF1 57214 94 + 1
AUUGAGCAAUAUCCAGCCAAGGGGUGAACGCAUCUAGAUUGCUGCCAAGUGGCUGCAAUCAAUGCCGCUCAAUGGCGCAUAUGUUCGAUAUAUC-------
((((((((.(((...((((..(((((...((((...((((((.(((....))).)))))).)))))))))..))))..))))))))))).....------- ( -37.10)
>consensus
AUUGAGCAAUAUCCAGCCAAGGGGUGAACGUAUCUAGAUUGCUGCCAAGUGGCUGCAAUCAAUGCCUCACAAUGGCGCAUAUGCUCGAUAUAUCGGCAAUA
((((((((.(((...((((.(((((((.....))..((((((.(((....))).))))))...)))))....))))..)))))))))))............ (-31.02 = -31.38 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	17,204,900 – 17,205,001
Length	101
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.56
Mean single sequence MFE	-30.84
Consensus MFE	-26.58
Energy contribution	-27.42
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.10
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	2.40
SVM RNA-class probability	0.993457
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17204900 101 - 22224390
UAUUGCCGAUAUAUCGAGCAUAUGCGCCAUUGUGAGGCAUUGAUUGCAGCCACUUGGCAGCAAUCUAGAUACGUUCACCCCUUGGCUGGAUAUUGCUCAAU
...............((((((((.(((((..((((((.(((((((((.(((....))).))))))..))).).)))))....)))).).))).)))))... ( -32.40)
>DroSec_CAF1 50441 101 - 1
UAUGGCCGAUAUAUCGAGCAUAUGCGCUAUUGUGAGGCAUUGAUUGCAGCCACUUGGCAGCAAUCUAGAUACGUUCACCCCUUGGCUGGAUAUUGCUCAAU
...............((((((((.(((((..((((((.(((((((((.(((....))).))))))..))).).)))))....)))).).))).)))))... ( -30.10)
>DroSim_CAF1 55123 101 - 1
UAUGGCCGAUAUAUCGAGCAUAUGCGCCAUUGUGAGGCAUUGAUUGCAGCCACUUGGCAGCAAUCUAGAUACGUUCACCCCUUGGCUGGAUAUUGCUCAAU
...............((((((((.(((((..((((((.(((((((((.(((....))).))))))..))).).)))))....)))).).))).)))))... ( -32.40)
>DroEre_CAF1 57398 101 - 1
UAUUGCCAAUAUAGCGAACAUAUGCGCCAUUGCGAGGCAUUGAUUGCAGCCACUUGGCAGCAAUCUAGAUACGUUCACCCCUUGGCUGGAUAUUGCUCAAU
....(((((....(.((((......(((.......)))...((((((.(((....))).)))))).......)))).)...)))))............... ( -28.00)
>DroYak_CAF1 57214 94 - 1
-------GAUAUAUCGAACAUAUGCGCCAUUGAGCGGCAUUGAUUGCAGCCACUUGGCAGCAAUCUAGAUGCGUUCACCCCUUGGCUGGAUAUUGCUCAAU
-------........((.(((((.(((((.((((((.((((((((((.(((....))).))))))..)))))))))).....)))).).))).)).))... ( -31.30)
>consensus
UAUGGCCGAUAUAUCGAGCAUAUGCGCCAUUGUGAGGCAUUGAUUGCAGCCACUUGGCAGCAAUCUAGAUACGUUCACCCCUUGGCUGGAUAUUGCUCAAU
...............((((((((.(((((..((((((.(((((((((.(((....))).))))))..))).).)))))....)))).).))).)))))... (-26.58 = -27.42 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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