Locus 6876

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 17,183,255 – 17,183,351
Length 96
Max. P 0.923333
window11250

overview

Window 0

Location 17,183,255 – 17,183,351
Length 96
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.40
Mean single sequence MFE -40.35
Consensus MFE -27.23
Energy contribution -27.45
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.43
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.923333
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17183255 96 - 22224390
GGGCAAGGGUG--UUGUG-----GGGCGAGGG-GGCUAAGC--GGUGGGUACAAAGCGGCGUAUGCGUAAUUUGUAAUCGCUGCC-------AGCUGCUCUCGUGCCUCAGUG
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>DroSec_CAF1 28052 103 - 1
GGGUGUGGGUGGGUUGUGGCGAGGGGCGAGGG-GGCUAAGC--GGUGGGUACAAAGCGGCGUAUGCGUAAUUUGUAAUCGCUGCC-------AGCUGCUCUCGUGCCUCAGUG
....................((((.(((((((-((((..((--((((..((((((...(((....)))..))))))..)))))).-------)))).))))))).)))).... ( -44.30)
>DroSim_CAF1 34538 103 - 1
GGGUGUGGGUGGGUUGUGGCGAGGGGCGAGGG-GGCUAAGC--GGUGGGUACAAAGCGGCGUAUGCGUAAUUUGUAAUCGCUGCC-------AGCUGCUCUCGUGCCUCAGUG
....................((((.(((((((-((((..((--((((..((((((...(((....)))..))))))..)))))).-------)))).))))))).)))).... ( -44.30)
>DroEre_CAF1 36704 92 - 1
-------------C-----AGAGGGGCAGGGG-GGCUAAGC--GGUGGGUACAAAGCGGCGUAUGCGUAAUUUGUAAUCGCUGCCAGCUGCCAGCUGCUCUCGUGCCUCAGUG
-------------.-----...((((((.(((-(((...((--((((..((((((...(((....)))..))))))..)))))).(((.....))))))))).)))))).... ( -43.90)
>DroYak_CAF1 35142 96 - 1
GGGAGAGGGGG--G-----UGGGGGGGAGGGG-GUCUAAGC--GGUGGGUACAAAGCGGCGUAUGCGUAAUUUGUAAUCGCUGCC-------AGCUGCUCUCGUGCCUCAGUG
........(((--(-----((.(((((((..(-((...(((--(((...((((((...(((....)))..)))))))))))))))-------..)).))))).)))))).... ( -35.30)
>DroAna_CAF1 47398 95 - 1
GG-----GGGG-GUGGU-----GGGGCAGGAGGUACUAAGUAAGGUACGUACAAAGCGGCGUAUGCGUAAUUUGUAAUCGUUGCC-------AGCUGCUCUCGUGCCUCAGUG
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>consensus
GGG_G_GGGUG__UUGU___GAGGGGCAAGGG_GGCUAAGC__GGUGGGUACAAAGCGGCGUAUGCGUAAUUUGUAAUCGCUGCC_______AGCUGCUCUCGUGCCUCAGUG
......................((((((((((.((((......(((((.((((((...(((....)))..))))))....))))).......)))).))))..)))))).... (-27.23 = -27.45 +   0.22)

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