Locus 6820

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,976,508 – 16,976,628
Length	120
Max. P	0.889077

overview

Window 4

Location	16,976,508 – 16,976,628
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.56
Mean single sequence MFE	-49.68
Consensus MFE	-29.92
Energy contribution	-31.78
Covariance contribution	1.87
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.805150
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16976508 120 + 22224390
CUGGAUGGGGGCCAGCAGGUCCUCUGGCCGCCGGGAGCUCAUAUAGUUCGCCACAAAGCGGCCAGAGGAGACCUGGACCAGCUUGAGCAGCUGCGUCUGCCGGCAAAAGUGCUCAACCAA
.(((.((((.(((.(((((((((((((((((.(((((((.....))))).)).....))))))))))))..)))(((((((((.....))))).)))))).))).......)))).))). ( -57.40)
>DroVir_CAF1 4071 120 + 1
ACGCAGGGGCGCCAGCGCCUCCUCCGGUUUGCGCGUGCGCCUGUAGUUGCGCAGAAAGUUCUCGACGGUCCCUUCAAUCAAUUUCACUAGUUGCGUCGCCCGGCAAAAUUUCUCAAUUAA
..(((((((((....)))).))).(((((((((((.((.......)))))))))).......((((((......)...(((((.....)))))))))).)))))................ ( -32.70)
>DroSim_CAF1 3487 120 + 1
CUGGAUGGGGGCCAGCAGGUCCUCUGGCCGCCGGGAGCUCCUAUAGUUCGCCACAAAGCGGCCAGAGGAACCCUGGACCAGCUUGAGCAGCUGCGUCUGCCGGCAAUAGUGCUCCACUAA
.(((.((((((((.((.((((((((((((((.(((((((.....))))).)).....))))))))))).)))..(((((((((.....))))).)))))).))).......)))))))). ( -57.61)
>DroEre_CAF1 4731 120 + 1
CUGGAUGGGCGCCAGCAGGUCCUCUGGCCGCCGGGAGCUCCUAUAGUUCGCAACAAAGCGGCCAGAGGAGCCCUGGACCAGCUUGAGCAGCUGCGUCUGCCGGCAAAAGUUCUCCACCAA
.((((.(((((((.((.((((((((((((((.(.(((((.....))))).)......)))))))))))).))..(((((((((.....))))).)))))).)))....)))))))).... ( -56.60)
>DroYak_CAF1 5176 120 + 1
CUGGAUGGGGGCCAGCAGGUCCUCUGGCCGUCGGCUGCUCCUAUAGUUCGCCACAAAGCGGCCAGAGGAGCCCUGGACCAGCUUGAGCAACUGCGUCUGCCGGCAAAAGUGCUCCACCAG
((((.(((((.((((..((((((((((((((.(((.(((.....)))..))).....)))))))))))).)))))).((.((..((((....)).)).)).))........))))))))) ( -53.60)
>DroAna_CAF1 5830 120 + 1
CUGGACGGGUGCCAGCAGGUCCUCGGGACGACGGUGAGUCCUGUAGUUCUCCACAAACUUACCAGCAGAGCCCUCGAUCAGCUUCAGCAGCUGGGUCUCCCGGCAAUACUUCUCCACCAG
((((.((((..((....))..))))(((.((.(((((((..(((.(....).))).))))))).((.((((.........))))..)).((((((...))))))......))))).)))) ( -40.20)
>consensus
CUGGAUGGGGGCCAGCAGGUCCUCUGGCCGCCGGGAGCUCCUAUAGUUCGCCACAAAGCGGCCAGAGGAGCCCUGGACCAGCUUGAGCAGCUGCGUCUGCCGGCAAAAGUGCUCCACCAA
..........(((..((((((((((((((((..(..((...........))..)...))))))))))))..))))((((((((.....))))).)))....)))................ (-29.92 = -31.78 +   1.87)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	16,976,508 – 16,976,628
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.56
Mean single sequence MFE	-52.26
Consensus MFE	-33.99
Energy contribution	-37.02
Covariance contribution	3.03
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.889077
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16976508 120 - 22224390
UUGGUUGAGCACUUUUGCCGGCAGACGCAGCUGCUCAAGCUGGUCCAGGUCUCCUCUGGCCGCUUUGUGGCGAACUAUAUGAGCUCCCGGCGGCCAGAGGACCUGCUGGCCCCCAUCCAG
.(((.((.(.......((((((.(((.(((((.....)))))))).(((..(((((((((((((..(..((...........))..).))))))))))))))))))))))..))).))). ( -55.40)
>DroVir_CAF1 4071 120 - 1
UUAAUUGAGAAAUUUUGCCGGGCGACGCAACUAGUGAAAUUGAUUGAAGGGACCGUCGAGAACUUUCUGCGCAACUACAGGCGCACGCGCAAACCGGAGGAGGCGCUGGCGCCCCUGCGU
.................((((....(((.......((((.(..((((.(....).))))..).))))(((((........))))).)))....))))(((.((((....))))))).... ( -35.40)
>DroSim_CAF1 3487 120 - 1
UUAGUGGAGCACUAUUGCCGGCAGACGCAGCUGCUCAAGCUGGUCCAGGGUUCCUCUGGCCGCUUUGUGGCGAACUAUAGGAGCUCCCGGCGGCCAGAGGACCUGCUGGCCCCCAUCCAG
....((((........((((((.(((.(((((.....))))))))..((((.((((((((((((..(..((...(....)..))..).)))))))))))))))))))))).....)))). ( -60.32)
>DroEre_CAF1 4731 120 - 1
UUGGUGGAGAACUUUUGCCGGCAGACGCAGCUGCUCAAGCUGGUCCAGGGCUCCUCUGGCCGCUUUGUUGCGAACUAUAGGAGCUCCCGGCGGCCAGAGGACCUGCUGGCGCCCAUCCAG
.((((((.(......(((((((.(((.(((((.....))))))))..(((.(((((((((((((..(((.(........).)))....))))))))))))))))))))))))))).))). ( -61.30)
>DroYak_CAF1 5176 120 - 1
CUGGUGGAGCACUUUUGCCGGCAGACGCAGUUGCUCAAGCUGGUCCAGGGCUCCUCUGGCCGCUUUGUGGCGAACUAUAGGAGCAGCCGACGGCCAGAGGACCUGCUGGCCCCCAUCCAG
(((((((.(.......((((((.(((.(((((.....))))))))..(((.(((((((((((.....((((...((.....))..)))).))))))))))))))))))))).))).)))) ( -56.81)
>DroAna_CAF1 5830 120 - 1
CUGGUGGAGAAGUAUUGCCGGGAGACCCAGCUGCUGAAGCUGAUCGAGGGCUCUGCUGGUAAGUUUGUGGAGAACUACAGGACUCACCGUCGUCCCGAGGACCUGCUGGCACCCGUCCAG
(((((((.(......((((((.((.(((((((.....))))).(((.((((...((.(((.(((((((((....))))).)))).))))).)))))))))..)).)))))))))).)))) ( -44.30)
>consensus
UUGGUGGAGAACUUUUGCCGGCAGACGCAGCUGCUCAAGCUGGUCCAGGGCUCCUCUGGCCGCUUUGUGGCGAACUAUAGGAGCUCCCGGCGGCCAGAGGACCUGCUGGCCCCCAUCCAG
....((((........((((((((...(((((.....))))).........(((((((((((((.(((((....)))))((.....))))))))))))))).)))))))).....)))). (-33.99 = -37.02 +   3.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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