Locus 679

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,882,962 – 1,883,074
Length 112
Max. P 0.560358
window1091

overview

Window 1

Location 1,882,962 – 1,883,074
Length 112
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.74
Mean single sequence MFE -44.82
Consensus MFE -28.16
Energy contribution -27.75
Covariance contribution -0.41
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.560358
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1882962 112 + 22224390
GGCGGUGCGCCUGCGCUGGGUAAGAGCACCCAAGCGAUCCCAUUGGUCGCAGAUGCGCUGGCACCUGGCGUUCACAGACACACAGUCAUGGUACUCCAGAGUGCUGUG------GAUC
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>DroVir_CAF1 7205 109 + 1
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>DroGri_CAF1 1274 114 + 1
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>DroWil_CAF1 2966 114 + 1
GGCGGUGCGACGGCGCUGCGUGAGGGCACCCAAGCGAUCCCAUUGAUCGCAGAUGCGCUGGCAACGAGCAUUUACCGAGACACAGUCAUGGUAUUCCAGGGUGCUAUACA----AAUC
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>DroMoj_CAF1 1270 114 + 1
AGCGGUGCGACGACGCUGGGUCAGGGCACCCAGGCGAUCCCACUGAUCGCAGAUGCGCUGGCAGCGCGCAUUCACCGACACGCAAUCGUGAUACUCCAGAGUGCUGCAAG----AAUC
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>DroAna_CAF1 1555 118 + 1
AGCGGUGCGUCGGCGCUGGGUGAGAGCACCGAGACGAUCCCACUGGUCACAGAUGCGCUGGCACCUGGAAUUCACCGACACGCAGUCAUGGUACUCCAGGGUGCUGUUUUUGAGGAUA
(((((..(((((((((..((((....))))............(((....)))..)))))))).((((((....((((((.....)))..)))..)))))))..))))).......... ( -44.90)
>consensus
AGCGGUGCGACGACGCUGGGUGAGAGCACCCAAGCGAUCCCACUGAUCGCAGAUGCGCUGGCAACGCGCAUUCACCGACACACAGUCAUGGUACUCCAGAGUGCUGCAA_____AAUC
..(((((((.(.....(((((......))))).((((((.....)))))).).)))))))...........................((((((((....))))))))........... (-28.16 = -27.75 +  -0.41) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


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