Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,882,962 – 1,883,074 |
Length | 112 |
Max. P | 0.560358 |
Location | 1,882,962 – 1,883,074 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.74 |
Mean single sequence MFE | -44.82 |
Consensus MFE | -28.16 |
Energy contribution | -27.75 |
Covariance contribution | -0.41 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.560358 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1882962 112 + 22224390 GGCGGUGCGCCUGCGCUGGGUAAGAGCACCCAAGCGAUCCCAUUGGUCGCAGAUGCGCUGGCACCUGGCGUUCACAGACACACAGUCAUGGUACUCCAGAGUGCUGUG------GAUC .((((..((((.(((((((((......))))).((((((.....))))))....)))).)))..((((.((...(((((.....))).))..)).)))).)..)))).------.... ( -48.10) >DroVir_CAF1 7205 109 + 1 CGCAGUCCGACGACGCUGGGUCAGUGCGCCCAAGCGAUCCCACUGAUCGCAGAUGCGCUGGCAGCGCGCAUUCACCGACACACAAUCGUGGUACUCCAGAGUGCUGCAA--------- .(((.......(.((((..(((((((((.(...((((((.....)))))).).))))))))))))))((((((..(((.......)))(((....))))))))))))..--------- ( -39.90) >DroGri_CAF1 1274 114 + 1 UGCAGUGCGACGACGCUGGGUGAGUGCACCCAAGCGAUCCCACUGAUCGCAGAUGCGCUGACAACGUGCAUUCACCGACACACAGUCGUGAUACUCCAGAGUGCUGCAAG----CAUU (((((..(.......((((((((((((((...(((((((.....))))((....)))))......))))))))))((((.....)))).......)))).)..)))))..----.... ( -43.30) >DroWil_CAF1 2966 114 + 1 GGCGGUGCGACGGCGCUGCGUGAGGGCACCCAAGCGAUCCCAUUGAUCGCAGAUGCGCUGGCAACGAGCAUUUACCGAGACACAGUCAUGGUAUUCCAGGGUGCUAUACA----AAUC .(((((((....)))))))(((..(((((((..((((((.....))))))((((((..((....)).))))))((((.(((...))).))))......))))))).))).----.... ( -49.50) >DroMoj_CAF1 1270 114 + 1 AGCGGUGCGACGACGCUGGGUCAGGGCACCCAGGCGAUCCCACUGAUCGCAGAUGCGCUGGCAGCGCGCAUUCACCGACACGCAAUCGUGAUACUCCAGAGUGCUGCAAG----AAUC ..(((((((.(....((((((......))))))((((((.....)))))).).)))))))(((((((...........((((....))))..........)))))))...----.... ( -43.20) >DroAna_CAF1 1555 118 + 1 AGCGGUGCGUCGGCGCUGGGUGAGAGCACCGAGACGAUCCCACUGGUCACAGAUGCGCUGGCACCUGGAAUUCACCGACACGCAGUCAUGGUACUCCAGGGUGCUGUUUUUGAGGAUA (((((..(((((((((..((((....))))............(((....)))..)))))))).((((((....((((((.....)))..)))..)))))))..))))).......... ( -44.90) >consensus AGCGGUGCGACGACGCUGGGUGAGAGCACCCAAGCGAUCCCACUGAUCGCAGAUGCGCUGGCAACGCGCAUUCACCGACACACAGUCAUGGUACUCCAGAGUGCUGCAA_____AAUC ..(((((((.(.....(((((......))))).((((((.....)))))).).)))))))...........................((((((((....))))))))........... (-28.16 = -27.75 + -0.41)
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