Locus 6765

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,809,577 – 16,809,707
Length	130
Max. P	0.998894

overview

Window 9

Location	16,809,577 – 16,809,667
Length	90
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.35
Mean single sequence MFE	-41.08
Consensus MFE	-24.33
Energy contribution	-25.63
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.81
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	2.87
SVM RNA-class probability	0.997501
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16809577 90 + 22224390
GAUUAUGCUGCCACUGGGCAAAGGGGCCAUUGUCGUGGUGCUAGCGCCGCUGGCACCAC---------UUGCGCCACUGGCACCACUGGGUGGUGGUGC
.........((((.(((((((...(((....)))(((((((((((...)))))))))))---------)))).))).))))((((((....)))))).. ( -44.00)
>DroPse_CAF1 4199 71 + 1
AAUGAUGCUGCCACUGGGCAGCGGCGCCAUGGUGCUUGUUGUGGC--UGCUGCU---------------------GCAG--ACGA--UGGUGGAGGUG-
.......(..(((.((.(((((((((((((..(....)..)))))--.))))))---------------------))..--.)).--)))..).....- ( -33.30)
>DroSec_CAF1 5952 90 + 1
GAUUAUGCUGCCACUGGGCAAAGGGGCCAUUGUCGUGGUGCUGGCGCCGCUGGCACCAU---------UUGCACCACUUGCACCACUGGGUGGUGGUGC
(((.(((..(((.((......)).)))))).)))((((((((((.(((...))).))).---------..)))))))..((((((((....)))))))) ( -41.00)
>DroEre_CAF1 3055 81 + 1
GAUUAUGCUGCCACUGGGCAGCGGGGCCAUUGUGGUGGUGCUGGCGCCGCUGGCAC------------------CGCUGGCACCACUGGGUGGUGGUGC
.....(((((((....)))))))..........((((((((..((...))..))))------------------)))).((((((((....)))))))) ( -43.90)
>DroYak_CAF1 2855 99 + 1
GAUUAUGCUGCCACUGGGCAGAGGGGCCAUUGUGGUGGUGCUGGCGCCGUUAGCACCACUGCCACCAUUGCCACCACUGGCACCACUGGGUGGUGGUGC
......((..((((..(((((.(((((......((((((((((((...))))))))))))))).)).))))).(((.((....)).)))))))..)).. ( -48.80)
>DroPer_CAF1 7606 71 + 1
AAUGAUGCUGCCACUGGGCAGCGGCGCCAUGGUGCUUGUUGUGGC--UGCUGCU---------------------GCAG--ACGA--CGGUGGAGGUG-
......(((.((((((.(((((((((((((..(....)..)))))--.))))))---------------------))..--....--)))))).))).- ( -35.50)
>consensus
GAUUAUGCUGCCACUGGGCAGAGGGGCCAUUGUGGUGGUGCUGGCGCCGCUGGCAC__________________CACUGGCACCACUGGGUGGUGGUGC
......(((((((((.(((......)))......((((((((((................................))))))))))..))))))))).. (-24.33 = -25.63 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	16,809,577 – 16,809,667
Length	90
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.35
Mean single sequence MFE	-33.62
Consensus MFE	-15.94
Energy contribution	-17.67
Covariance contribution	1.72
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	2.61
SVM RNA-class probability	0.995767
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16809577 90 - 22224390
GCACCACCACCCAGUGGUGCCAGUGGCGCAA---------GUGGUGCCAGCGGCGCUAGCACCACGACAAUGGCCCCUUUGCCCAGUGGCAGCAUAAUC
(((((((......)))))((((.(((.((((---------(((((((.(((...))).)))))))......(....).))))))).)))).))...... ( -40.80)
>DroPse_CAF1 4199 71 - 1
-CACCUCCACCA--UCGU--CUGC---------------------AGCAGCA--GCCACAACAAGCACCAUGGCGCCGCUGCCCAGUGGCAGCAUCAUU
-........(((--(.(.--..((---------------------(((.((.--((((............)))))).))))).).)))).......... ( -18.70)
>DroSec_CAF1 5952 90 - 1
GCACCACCACCCAGUGGUGCAAGUGGUGCAA---------AUGGUGCCAGCGGCGCCAGCACCACGACAAUGGCCCCUUUGCCCAGUGGCAGCAUAAUC
(((((((......)))))))..(((((((..---------.(((((((...)))))))))))))).............(((((....)))))....... ( -41.20)
>DroEre_CAF1 3055 81 - 1
GCACCACCACCCAGUGGUGCCAGCG------------------GUGCCAGCGGCGCCAGCACCACCACAAUGGCCCCGCUGCCCAGUGGCAGCAUAAUC
(((((((......)))))))..(((------------------(((((...)))))).)).(((......)))....((((((....))))))...... ( -36.30)
>DroYak_CAF1 2855 99 - 1
GCACCACCACCCAGUGGUGCCAGUGGUGGCAAUGGUGGCAGUGGUGCUAACGGCGCCAGCACCACCACAAUGGCCCCUCUGCCCAGUGGCAGCAUAAUC
(((((((......)))))))....((.(((..((((((...((((((.....))))))...)))))).....))))).(((((....)))))....... ( -44.90)
>DroPer_CAF1 7606 71 - 1
-CACCUCCACCG--UCGU--CUGC---------------------AGCAGCA--GCCACAACAAGCACCAUGGCGCCGCUGCCCAGUGGCAGCAUCAUU
-..........(--(.(.--((((---------------------....)))--)).)).....((.(....).)).((((((....))))))...... ( -19.80)
>consensus
GCACCACCACCCAGUGGUGCCAGCG__________________GUGCCAGCGGCGCCAGCACCACCACAAUGGCCCCGCUGCCCAGUGGCAGCAUAAUC
(((((((......)))))))...............................((.((((............)))).)).(((((....)))))....... (-15.94 = -17.67 +   1.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,809,616 – 16,809,707
Length	91
Sequences	5
Columns	100
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.32
Mean single sequence MFE	-48.78
Consensus MFE	-31.86
Energy contribution	-30.62
Covariance contribution	-1.24
Combinations/Pair	1.44
Mean z-score	-2.78
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	3.27
SVM RNA-class probability	0.998894
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16809616 91 + 22224390
GCUAGCGCCGCUGGCACCAC---------UUGCGCCACUGGCACCACUGGGUGGUGGUGCUCCAAGCGGUGGCGGCGGAUUCGCUGGCGCCCACACCACG
(((((((((((((.((((.(---------(((.(.....(((((((((....)))))))))))))).)))).))))))...)))))))............ ( -50.30)
>DroSec_CAF1 5991 91 + 1
GCUGGCGCCGCUGGCACCAU---------UUGCACCACUUGCACCACUGGGUGGUGGUGCUCCAAGCGGUGGCGGCGGAUUCGCUGGCGCCCACACCACG
((..(((((((((.((((.(---------(.(((((((...((((....)))))))))))...))..)))).))))))...)))..))............ ( -46.50)
>DroEre_CAF1 3094 82 + 1
GCUGGCGCCGCUGGCAC------------------CGCUGGCACCACUGGGUGGUGGUGCUCCAAGCGGUGGCGGCGGAUUCGCUGGCGCCCACACCACG
((..(((((((((.(((------------------(((((((((((((....)))))))))...))))))).))))))...)))..))............ ( -52.50)
>DroYak_CAF1 2894 100 + 1
GCUGGCGCCGUUAGCACCACUGCCACCAUUGCCACCACUGGCACCACUGGGUGGUGGUGCUCCAAGCGGCGGCGGCGGAUUCGCUGGCGCCCACACCACG
...(((((((((((((((((..((.....(((((....)))))......))..))))))))...))))))(.(((((....))))).))))......... ( -51.80)
>DroAna_CAF1 5126 85 + 1
GGUGGUAGGACUGGCAAG---------------GACACUGCCCGGGGGAGGUGGUGGCGCCGCCAGGGGUGGUGGUGGGUUGGCCGGUGCCCAUACCACG
.((((((((((((((...---------------..(((..(((....).))..))).((((((((....)))))))).....)))))).))..)))))). ( -42.80)
>consensus
GCUGGCGCCGCUGGCACCA__________U__CACCACUGGCACCACUGGGUGGUGGUGCUCCAAGCGGUGGCGGCGGAUUCGCUGGCGCCCACACCACG
((((((...))))))......................((((.....))))((((((..((.....))((((.(((((....))))).))))..)))))). (-31.86 = -30.62 +  -1.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	16,809,616 – 16,809,707
Length	91
Sequences	5
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.32
Mean single sequence MFE	-43.85
Consensus MFE	-27.16
Energy contribution	-29.48
Covariance contribution	2.32
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.08
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.62
SVM RNA-class probability	0.968046
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16809616 91 - 22224390
CGUGGUGUGGGCGCCAGCGAAUCCGCCGCCACCGCUUGGAGCACCACCACCCAGUGGUGCCAGUGGCGCAA---------GUGGUGCCAGCGGCGCUAGC
.(((.(((.((((((((((....)))((((((......(.(((((((......)))))))).))))))...---------.))))))).))).))).... ( -44.70)
>DroSec_CAF1 5991 91 - 1
CGUGGUGUGGGCGCCAGCGAAUCCGCCGCCACCGCUUGGAGCACCACCACCCAGUGGUGCAAGUGGUGCAA---------AUGGUGCCAGCGGCGCCAGC
..((((((.((((((((((....))).((.(((((((...(((((((......))))))))))))))))..---------.)))))))....)))))).. ( -47.40)
>DroEre_CAF1 3094 82 - 1
CGUGGUGUGGGCGCCAGCGAAUCCGCCGCCACCGCUUGGAGCACCACCACCCAGUGGUGCCAGCG------------------GUGCCAGCGGCGCCAGC
(((((((....))))).))....(((((((((((((..(.(((((((......))))))))))))------------------)))...))))))..... ( -42.80)
>DroYak_CAF1 2894 100 - 1
CGUGGUGUGGGCGCCAGCGAAUCCGCCGCCGCCGCUUGGAGCACCACCACCCAGUGGUGCCAGUGGUGGCAAUGGUGGCAGUGGUGCUAACGGCGCCAGC
..((((((.(((((((.(....((((((((((((((..(.(((((((......)))))))))))))))))...)))))..))))))))....)))))).. ( -54.30)
>DroAna_CAF1 5126 85 - 1
CGUGGUAUGGGCACCGGCCAACCCACCACCACCCCUGGCGGCGCCACCACCUCCCCCGGGCAGUGUC---------------CUUGCCAGUCCUACCACC
.((((((.((((....((((...............))))((((....(((..((....))..)))..---------------..)))).)))))))))). ( -30.06)
>consensus
CGUGGUGUGGGCGCCAGCGAAUCCGCCGCCACCGCUUGGAGCACCACCACCCAGUGGUGCCAGUGGCG__A__________UGGUGCCAGCGGCGCCAGC
..((((((.((((((((((....))).....(((((....(((((((......))))))).)))))...............)))))))....)))))).. (-27.16 = -29.48 +   2.32)

alignment

secondary structure

dotplot

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